seq1 = pF1KE6643.tfa, 978 bp
seq2 = pF1KE6643/gi568815591f_137976519.tfa (gi568815591f:137976519_138216659), 240141 bp

>pF1KE6643 978
>gi568815591f:137976519_138216659 (Chr7)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-261  (112083-112250)   100% ->
262-378  (115250-115366)   100% ->
379-456  (121348-121425)   100% ->
457-579  (128789-128911)   100% ->
580-689  (130090-130199)   100% ->
690-855  (130897-131062)   100% ->
856-938  (137172-137254)   100% ->
939-978  (140102-140141)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTCAGTGCTGCAAGTCACCGCATACCTCTAAGTGATGGAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTCAGTGCTGCAAGTCACCGCATACCTCTAAGTGATGGAAACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTCCCATCATCGGACTTGGTACCTACTCAGAACCTAAATCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 CATTCCCATCATCGGACTTGGTACCTACTCAGAACCTAAATCGGTA...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   ACCCCTAAGGGAGCCTGTGCAACATCGGTGAAGGTTGCTATTGACACA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112081 AGACCCCTAAGGGAGCCTGTGCAACATCGGTGAAGGTTGCTATTGACACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGTACCGACATATTGATGGGGCCTACATCTACCAAAATGAACACGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112131 GGGTACCGACATATTGATGGGGCCTACATCTACCAAAATGAACACGAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGGAGGCCATCAGGGAGAAGATAGCAGAAGGAAAGGTGCGGAGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112181 TGGGGAGGCCATCAGGGAGAAGATAGCAGAAGGAAAGGTGCGGAGGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATATCTTCTACTGTGGAAAG         CTATGGGCTACAAATCATGTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112231 ATATCTTCTACTGTGGAAAGGTG...CAGCTATGGGCTACAAATCATGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGAGATGGTCCGCCCAACCCTGGAGAGGACACTCAGGGTCCTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115271 CCAGAGATGGTCCGCCCAACCCTGGAGAGGACACTCAGGGTCCTCCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGATTATGTGGATCTTTACATCATTGAAGTACCCATGGCCTTTAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115321 AGATTATGTGGATCTTTACATCATTGAAGTACCCATGGCCTTTAAGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      CCAGGAGATGAAATATACCCTAGAGATGAGAATGGCAAATGGTTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115371 ..CAGCCAGGAGATGAAATATACCCTAGAGATGAGAATGGCAAATGGTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TATCACAAGTCAAATCTGTGTGCCACTTGGGAG         GCGATGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 121393 TATCACAAGTCAAATCTGTGTGCCACTTGGGAGGTA...CAGGCGATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCTTGCAAAGACGCTGGCTTGGTGAAATCCCTGGGAGTGTCCAATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128797 AGCTTGCAAAGACGCTGGCTTGGTGAAATCCCTGGGAGTGTCCAATTTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCGCAGGCAGCTGGAGCTCATCCTGAACAAGCCAGGACTCAAACACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128847 ACCGCAGGCAGCTGGAGCTCATCCTGAACAAGCCAGGACTCAAACACAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGTCAGCAACCAG         GTTGAGTGCCATCCGTATTTCACCCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 128897 CCAGTCAGCAACCAGGTA...TAGGTTGAGTGCCATCCGTATTTCACCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCAAAACTCTTGAAATTTTGCCAACAACATGACATTGTCATTACTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130116 GCCAAAACTCTTGAAATTTTGCCAACAACATGACATTGTCATTACTGCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATAGCCCTTTGGGGACCAGTAGGAATCCAATCTG         GGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 130166 ATAGCCCTTTGGGGACCAGTAGGAATCCAATCTGGTA...AAGGGTGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTTTCTTCTCCACCTTTGTTAAAGGATGCACTTCTAAACTCATTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130904 GTTTCTTCTCCACCTTTGTTAAAGGATGCACTTCTAAACTCATTGGGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGGTACAATAAGACAGCAGCTCAAATTGTTTTGCGTTTCAACATCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130954 AAGGTACAATAAGACAGCAGCTCAAATTGTTTTGCGTTTCAACATCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAGGGGTGGTTGTCATTCCTAAAAGCTTTAATCTTGAAAGGATCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131004 GAGGGGTGGTTGTCATTCCTAAAAGCTTTAATCTTGAAAGGATCAAAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AATTTTCAG         ATCTTTGACTTTTCTCTCACTGAAGAAGAAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 131054 AATTTTCAGGTA...CAGATCTTTGACTTTTCTCTCACTGAAGAAGAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAGGACATTGAAGCCTTGAATAAAAATGTCCGCTTTGTAGAATTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137204 GAAGGACATTGAAGCCTTGAATAAAAATGTCCGCTTTGTAGAATTGCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 T         GTGGCGCGATCATCCTGAATACCCATTTCATGATGAATAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137254 TGTA...CAGGTGGCGCGATCATCCTGAATACCCATTTCATGATGAATAC