seq1 = pF1KE6641.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KE6641/gi568815594r_106823957.tfa (gi568815594r:106823957_107135591), 311635 bp

>pF1KE6641 777
>gi568815594r:106823957_107135591 (Chr4)

(complement)

1-222  (100001-100222)   100% ->
223-373  (209643-209793)   100% ->
374-529  (210892-211047)   99% ->
530-777  (211388-211635)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGTTGATGCGGAGCAAGGATTCGTCCTGCTGCCTGCTCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCGTTGATGCGGAGCAAGGATTCGTCCTGCTGCCTGCTCCTACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCGGTGCTGATGGTGGAGAGCTCACAGATCGGCAGTTCGCGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCGGTGCTGATGGTGGAGAGCTCACAGATCGGCAGTTCGCGGGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTCAACTCCATCAAGTCCTCTCTGGGCGGGGAGACGCCTGGTCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTCAACTCCATCAAGTCCTCTCTGGGCGGGGAGACGCCTGGTCAGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAATCGATCTGCGGGCATGTACCAAGGACTGGCATTCGGCGGCAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAATCGATCTGCGGGCATGTACCAAGGACTGGCATTCGGCGGCAGTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAGGGCAAAAACCTGGGGCAG         GCCTACCCTTGTAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100201 GAAGGGCAAAAACCTGGGGCAGGTA...CAGGCCTACCCTTGTAGCAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATAAGGAGTGTGAAGTTGGGAGGTATTGCCACAGTCCCCACCAAGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209662 ATAAGGAGTGTGAAGTTGGGAGGTATTGCCACAGTCCCCACCAAGGATCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCGGCCTGCATGGTGTGTCGGAGAAAAAAGAAGCGCTGCCACCGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209712 TCGGCCTGCATGGTGTGTCGGAGAAAAAAGAAGCGCTGCCACCGAGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATGTGCTGCCCCAGTACCCGCTGCAATAATG         GCATCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 209762 CATGTGCTGCCCCAGTACCCGCTGCAATAATGGTA...CAGGCATCTGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCCAGTTACTGAAAGCATCTTAACCCCTCACATCCCGGCTCTGGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210901 TCCCAGTTACTGAAAGCATCTTAACCCCTCACATCCCGGCTCTGGATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTCAGCACAGAGATCGAAACCACGGTCATTACTCAAACCATGACTTGGG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210951 ACTCGGCACAGAGATCGAAACCACGGTCATTACTCAAACCATGACTTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATGGCAGAATCTAGGAAGACCACACACTAAGATGTCACATATAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 211001 ATGGCAGAATCTAGGAAGACCACACACTAAGATGTCACATATAAAAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530       GGCATGAAGGAGACCCCTGCCTACGATCATCAGACTGCATTGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211051 ...CAGGGCATGAAGGAGACCCCTGCCTACGATCATCAGACTGCATTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGGTTTTGCTGTGCTCGTCATTTCTGGACCAAAATCTGCAAACCAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211432 GGGTTTTGCTGTGCTCGTCATTTCTGGACCAAAATCTGCAAACCAGTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCATCAGGGGGAAGTCTGTACCAAACAACGCAAGAAGGGTTCTCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211482 CCATCAGGGGGAAGTCTGTACCAAACAACGCAAGAAGGGTTCTCATGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGAAATTTTCCAGCGTTGCGACTGTGCGAAGGGCCTGTCTTGCAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211532 TGGAAATTTTCCAGCGTTGCGACTGTGCGAAGGGCCTGTCTTGCAAAGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TGGAAAGATGCCACCTACTCCTCCAAAGCCAGACTCCATGTGTGTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211582 TGGAAAGATGCCACCTACTCCTCCAAAGCCAGACTCCATGTGTGTCAGAA

    800 
    774 AATT
        ||||
 211632 AATT