seq1 = pF1KE6636.tfa, 858 bp
seq2 = pF1KE6636/gi568815596f_171422546.tfa (gi568815596f:171422546_171654824), 232279 bp

>pF1KE6636 858
>gi568815596f:171422546_171654824 (Chr2)

1-193  (100001-100193)   100% ->
194-402  (119040-119248)   100% ->
403-557  (130801-130955)   100% ->
558-858  (131979-132279)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATGGAGGGCTACTGGCGCTTCCTGGCGCTGCTGGGGTCGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCATGGAGGGCTACTGGCGCTTCCTGGCGCTGCTGGGGTCGGCACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCGTCGGCTTCCTGTCGGTGATCTTCGCCCTCGTCTGGGTCCTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCGTCGGCTTCCTGTCGGTGATCTTCGCCCTCGTCTGGGTCCTCCACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGAGAGGGGCTTGGCTGGGATGGGAGCGCACTAGAGTTTAACTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGAGAGGGGCTTGGCTGGGATGGGAGCGCACTAGAGTTTAACTGGCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGTGCTCATGGTCACCGGCTTCGTCTTCATCCAGGGCATCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100151 CCAGTGCTCATGGTCACCGGCTTCGTCTTCATCCAGGGCATCGGTA...T

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194   CCATCATCGTCTACAGACTGCCGTGGACCTGGAAATGCAGCAAGCTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119038 AGCCATCATCGTCTACAGACTGCCGTGGACCTGGAAATGCAGCAAGCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGATGAAATCCATCCATGCAGGGTTAAATGCAGTTGCTGCCATTCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119088 TGATGAAATCCATCCATGCAGGGTTAAATGCAGTTGCTGCCATTCTTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTATCTCTGTGGTGGCCGTGTTTGAGAACCACAATGTTAACAATATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119138 ATTATCTCTGTGGTGGCCGTGTTTGAGAACCACAATGTTAACAATATAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAATATGTACAGTCTGCACAGCTGGGTTGGACTGATAGCTGTCATATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119188 CAATATGTACAGTCTGCACAGCTGGGTTGGACTGATAGCTGTCATATGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATTTGTTACAG         CTTCTTTCAGGTTTTTCAGTCTTTCTGCTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119238 ATTTGTTACAGGTC...TAGCTTCTTTCAGGTTTTTCAGTCTTTCTGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCATGGGCTCCGCTTTCTCTCCGAGCATTTCTCATGCCCATACATGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130831 CCATGGGCTCCGCTTTCTCTCCGAGCATTTCTCATGCCCATACATGTTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTCTGGAATTGTCATCTTTGGAACAGTGATTGCAACAGCACTTATGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130881 TTCTGGAATTGTCATCTTTGGAACAGTGATTGCAACAGCACTTATGGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGACAGAGAAACTGATTTTTTCCCT         GAGAGATCCTGCATAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 130931 TGACAGAGAAACTGATTTTTTCCCTGTA...TAGGAGAGATCCTGCATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGTACATTCCCGCCAGAAGGTGTTTTCGTAAATACGCTTGGCCTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131995 AGTACATTCCCGCCAGAAGGTGTTTTCGTAAATACGCTTGGCCTTCTGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTGGTGTTCGGGGCCCTCATTTTTTGGATAGTCACCAGACCGCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132045 CCTGGTGTTCGGGGCCCTCATTTTTTGGATAGTCACCAGACCGCAATGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AACGTCCTAAGGAGCCAAATTCTACCATTCTTCATCCAAATGGAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132095 AACGTCCTAAGGAGCCAAATTCTACCATTCTTCATCCAAATGGAGGCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAACAGGGAGCAAGAGGTTCCATGCCAGCCTACTCTGGCAACAACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132145 GAACAGGGAGCAAGAGGTTCCATGCCAGCCTACTCTGGCAACAACATGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAAATCAGATTCAGAGTTAAACAATGAAGTAGCAGCAAGGAAAAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 132195 CAAATCAGATTCAGAGTTAAACAGTGAAGTAGCAGCAAGGAAAAGAAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .
    824 TAGCTCTGGATGAGGCTGGGCAGAGATCTACCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132245 TAGCTCTGGATGAGGCTGGGCAGAGATCTACCATG