seq1 = pF1KE6635.tfa, 741 bp
seq2 = pF1KE6635/gi568815589f_104647793.tfa (gi568815589f:104647793_104859335), 211543 bp

>pF1KE6635 741
>gi568815589f:104647793_104859335 (Chr9)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-271  (103164-103374)   100% ->
272-430  (105114-105272)   100% ->
431-580  (106759-106908)   100% ->
581-667  (111293-111379)   100% ->
668-741  (111470-111543)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCGTCCTCAGAAGCGCCCTGACTCGGGCGCTGGCCTCACGGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTCGTCCTCAGAAGCGCCCTGACTCGGGCGCTGGCCTCACGGACGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCCTCAG         ATGTGCTCATCTTTTGCTACGGGACCCAGAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGCCTCAGGTA...CAGATGTGCTCATCTTTTGCTACGGGACCCAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATACGATGGAATATTCTATGAATTTCGTTCTTATTACCTTAAGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103195 AATACGATGGAATATTCTATGAATTTCGTTCTTATTACCTTAAGCCCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATGAATGAGTTCCTGGAAAATTTTGAGAAAAACGCTCATCTTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103245 AAGATGAATGAGTTCCTGGAAAATTTTGAGAAAAACGCTCATCTTCGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCTCACTCTGAATTGGTTGGATACTGGAGTGTAGAATTTGGAGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103295 AGCTCACTCTGAATTGGTTGGATACTGGAGTGTAGAATTTGGAGGCAGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAATACAGTGTTTCATATTTGGAAGTATG         ATAATTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103345 TGAATACAGTGTTTCATATTTGGAAGTATGGTA...CAGATAATTTTGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATCGAACTGAAGTTCGGAAAGCCTTGGCCAAAGATAAGGAATGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105125 CATCGAACTGAAGTTCGGAAAGCCTTGGCCAAAGATAAGGAATGGCAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACAATTCCTCATTCCAAATTTGGCTCTCATTGATAAACAAGAGAGTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105175 ACAATTCCTCATTCCAAATTTGGCTCTCATTGATAAACAAGAGAGTGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTACTTATCTGGTACCATGGTGCAAATTAGAAAAACCTCCAAAAGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 105225 TTACTTATCTGGTACCATGGTGCAAATTAGAAAAACCTCCAAAAGAAGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        GAGTCTATGAACTGGCCACTTTTCAGATGAAACCTGGTGGGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105275 A...CAGGAGTCTATGAACTGGCCACTTTTCAGATGAAACCTGGTGGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCTCTGTGGGGTGATGCATTTAAAAGGGCAGTTCATGCTCATGTCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106802 AGCTCTGTGGGGTGATGCATTTAAAAGGGCAGTTCATGCTCATGTCAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TAGGCTACACAAAACTAGTTGGAGTGTTCCACACAGAGTACGGAGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106852 TAGGCTACACAAAACTAGTTGGAGTGTTCCACACAGAGTACGGAGCACTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AACAGAG         TTCATGTTCTTTGGTGGAATGAGAGTGCAGATAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106902 AACAGAGGTA...CAGTTCATGTTCTTTGGTGGAATGAGAGTGCAGATAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCGTGCAGCTGGGAGACATAAGTCCCATGAGGATCCCAGAGTTGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111327 TCGTGCAGCTGGGAGACATAAGTCCCATGAGGATCCCAGAGTTGTGGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTG         TTCGGGAAAGTGTCAACTACCTAGTATCTCAGCAGAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111377 CTGGTA...CAGTTCGGGAAAGTGTCAACTACCTAGTATCTCAGCAGAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .
    706 ATGCTTCTGATTCCTACATCGTTTTCACCACTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111508 ATGCTTCTGATTCCTACATCGTTTTCACCACTGAAA