seq1 = pF1KE6633.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE6633/gi568815584f_67622643.tfa (gi568815584f:67622643_67833845), 211203 bp

>pF1KE6633 948
>gi568815584f:67622643_67833845 (Chr14)

1-68  (100001-100068)   100% ->
69-187  (101831-101949)   100% ->
188-343  (102457-102612)   100% ->
344-448  (103409-103513)   100% ->
449-658  (104339-104548)   99% ->
659-848  (106549-106738)   100% ->
849-948  (111104-111203)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGTCACCTTGGGACTGCTCACCTCCTTCTTCTCGTTCCTGTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGTCACCTTGGGACTGCTCACCTCCTTCTTCTCGTTCCTGTATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTAGCTCCATCCATCAG         GAAGTTCTTTGCTGGTGGAGTGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100051 GGTAGCTCCATCCATCAGGTT...TAGGAAGTTCTTTGCTGGTGGAGTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAGAACAAATGTGCAGCTTCCTGGCAAGGTAGTGGTGATCACTGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101854 GTAGAACAAATGTGCAGCTTCCTGGCAAGGTAGTGGTGATCACTGGCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACACGGGCATTGGCAAGGAGACGGCCAGAGAGCTCGCTAGCCGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101904 AACACGGGCATTGGCAAGGAGACGGCCAGAGAGCTCGCTAGCCGAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GAGCCCGAGTCTATATTGCCTGCAGAGATGTACTGAAGGGGGAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101954 ..CAGGAGCCCGAGTCTATATTGCCTGCAGAGATGTACTGAAGGGGGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGCTGCCAGTGAAATCCGAGTGGATACAAAGAACTCCCAGGTGCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102502 CTGCTGCCAGTGAAATCCGAGTGGATACAAAGAACTCCCAGGTGCTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGAAATTGGACCTATCCGACACCAAATCTATCCGAGCCTTTGCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102552 CGGAAATTGGACCTATCCGACACCAAATCTATCCGAGCCTTTGCTGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTTCTGGCAG         AGGAAAAGCAGCTCCATATTCTGATCAACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102602 CTTTCTGGCAGGTG...TAGAGGAAAAGCAGCTCCATATTCTGATCAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCGGGAGTAATGATGTGTCCATATTCCAAGACAGCTGATGGCTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103439 ATGCGGGAGTAATGATGTGTCCATATTCCAAGACAGCTGATGGCTTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCCACCTGGGAGTCAACCACCTGG         GCCACTTCCTCCTCAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103489 ACCCACCTGGGAGTCAACCACCTGGGTA...CAGGCCACTTCCTCCTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACCTGCTCCTGGAGCAGCTAAAGGTGTCTGCCCCTGCACGGGTGGTTA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 104355 CTACCTGCTCCTGGAGCGGCTAAAGGTGTCTGCCCCTGCACGGGTGGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTGTCCTCGGTGGCTCACCACATTGGCAAGATTCCCTTCCACGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104405 ATGTGTCCTCGGTGGCTCACCACATTGGCAAGATTCCCTTCCACGACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGAGCGAGAAGCGCTACAGCAGGGGTTTTGCCTATTGCCACAGCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104455 CAGAGCGAGAAGCGCTACAGCAGGGGTTTTGCCTATTGCCACAGCAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCCAATGTGCTTTTTACTCGTGAGCTGGCCAAGAGGCTCCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104505 GGCCAATGTGCTTTTTACTCGTGAGCTGGCCAAGAGGCTCCAAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    GCACCGGGGTCACCACCTACGCAGTGCACCCAGGCGTCGTCCGCTCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106546 CAGGCACCGGGGTCACCACCTACGCAGTGCACCCAGGCGTCGTCCGCTCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGCTGGTCCGGCACTCCTCCCTGCTCTGCCTGCTCTGGCGGCTCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106596 GAGCTGGTCCGGCACTCCTCCCTGCTCTGCCTGCTCTGGCGGCTCTTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCCTTTGTCAAGACGGCACGGGAGGGGGCGCAGACCAGCCTGCACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106646 CCCCTTTGTCAAGACGGCACGGGAGGGGGCGCAGACCAGCCTGCACTGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCTGGCTGAGGGCCTGGAGCCCCTGAGTGGCAAGTACTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 106696 CCCTGGCTGAGGGCCTGGAGCCCCTGAGTGGCAAGTACTTCAGGTG...C

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    849   TGACTGCAAGAGGACCTGGGTGTCTCCAAGGGCCCGAAATAACAAAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111102 AGTGACTGCAAGAGGACCTGGGTGTCTCCAAGGGCCCGAAATAACAAAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGCTGAGCGCCTATGGAATGTCAGCTGTGAGCTTCTAGGAATCCGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111152 AGCTGAGCGCCTATGGAATGTCAGCTGTGAGCTTCTAGGAATCCGGTGGG

   1000 
    947 AG
        ||
 111202 AG