seq1 = pF1KE6631.tfa, 948 bp
seq2 = pF1KE6631/gi568815587f_131811482.tfa (gi568815587f:131811482_132414717), 603236 bp

>pF1KE6631 948
>gi568815587f:131811482_132414717 (Chr11)

1-167  (100001-100167)   100% ->
168-400  (334801-335033)   100% ->
401-526  (400541-400666)   100% ->
527-661  (496208-496342)   99% ->
662-782  (498631-498751)   100% ->
783-948  (503071-503236)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGTCTGTGGGTACCTGTTCCTGCCCTGGAAGTGCCTCGTGGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGTCTGTGGGTACCTGTTCCTGCCCTGGAAGTGCCTCGTGGTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTCTCAGGCTGCTGTTCCTTGTACCCACAGGAGTGCCCGTGCGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCTCTCAGGCTGCTGTTCCTTGTACCCACAGGAGTGCCCGTGCGCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGATGCCACCTTCCCCAAAGCTATGGACAACGTGACGGTCCGGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGATGCCACCTTCCCCAAAGCTATGGACAACGTGACGGTCCGGCAGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGAGCGCCACCCTCAG         GTGCACTATTGACAACCGGGTCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGAGCGCCACCCTCAGGTA...CAGGTGCACTATTGACAACCGGGTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGGTGGCCTGGCTAAACCGCAGCACCATCCTCTATGCTGGGAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334825 CCGGGTGGCCTGGCTAAACCGCAGCACCATCCTCTATGCTGGGAATGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTGGTGCCTGGATCCTCGCGTGGTCCTTCTGAGCAACACCCAAACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334875 AGTGGTGCCTGGATCCTCGCGTGGTCCTTCTGAGCAACACCCAAACGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACAGCATCGAGATCCAGAACGTGGATGTGTATGACGAGGGCCCTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334925 TACAGCATCGAGATCCAGAACGTGGATGTGTATGACGAGGGCCCTTACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTGCTCGGTGCAGACAGACAACCACCCAAAGACCTCTAGGGTCCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334975 CTGCTCGGTGCAGACAGACAACCACCCAAAGACCTCTAGGGTCCACCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGTGCAAG         TATCTCCCAAAATTGTAGAGATTTCTTCAGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 335025 TTGTGCAAGGTA...CAGTATCTCCCAAAATTGTAGAGATTTCTTCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATCTCCATTAATGAAGGGAACAATATTAGCCTCACCTGCATAGCAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 400573 ATCTCCATTAATGAAGGGAACAATATTAGCCTCACCTGCATAGCAACTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAGACCAGAGCCTACGGTTACTTGGAGACACATCTCTCCCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 400623 TAGACCAGAGCCTACGGTTACTTGGAGACACATCTCTCCCAAAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527    CGGTTGGCTTTGTGAGTGAAGACGAATACTTGGAAATTCAGGGCATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 496205 CAGCGGTTGGCTTTGTGAGTGAAGACGAATACTTGGAAATTCAGGGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCCGGGAGCAGTCAGGGGACTACGAGTGCAGTGCCTCCAATGACGTGGC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 496255 ACCAGGGAGCAGTCAGGGGACTACGAGTGCAGTGCCTCCAATGACGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGCGCCCGTGGTACGGAGAGTAAAGGTCACCGTGAACT         ATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 496305 CGCGCCCGTGGTACGGAGAGTAAAGGTCACCGTGAACTGTA...CAGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CACCATACATTTCAGAAGCCAAGGGTACAGGTGTCCCCGTGGGACAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 498634 CACCATACATTTCAGAAGCCAAGGGTACAGGTGTCCCCGTGGGACAAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGACACTGCAGTGTGAAGCCTCAGCAGTCCCCTCAGCAGAATTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 498684 GGGACACTGCAGTGTGAAGCCTCAGCAGTCCCCTCAGCAGAATTCCAGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTACAAGGATGACAAAAG         ACTGATTGAAGGAAAGAAAGGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 498734 GTACAAGGATGACAAAAGGTA...CAGACTGATTGAAGGAAAGAAAGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGAAAGTGGAAAACAGACCTTTCCTCTCAAAACTCATCTTCTTCAATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 503094 TGAAAGTGGAAAACAGACCTTTCCTCTCAAAACTCATCTTCTTCAATGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTGAACATGACTATGGGAACTACACTTGCGTGGCCTCCAACAAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 503144 TCTGAACATGACTATGGGAACTACACTTGCGTGGCCTCCAACAAGCTGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCACACCAATGCCAGCATCATGCTATTTGGTGAGACTGTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 503194 CCACACCAATGCCAGCATCATGCTATTTGGTGAGACTGTGCTC