seq1 = pF1KE6630.tfa, 771 bp
seq2 = pF1KE6630/gi568815592f_162628236.tfa (gi568815592f:162628236_163414984), 786749 bp

>pF1KE6630 771
>gi568815592f:162628236_163414984 (Chr6)

1-158  (100001-100158)   100% ==
285-463  (433908-434086)   98% ->
464-613  (461024-461173)   100% ->
614-771  (686592-686749)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCAGAAAAAGAGACCCTGAGCTTAAACAAATGCCCAGACAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCAGAAAAAGAGACCCTGAGCTTAAACAAATGCCCAGACAAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGAAGAGGACCAAGCTGCTGGCACAACAGCCGCTCCCGGTGCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGAAGAGGACCAAGCTGCTGGCACAACAGCCGCTCCCGGTGCACCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCACTCTCTGGTTTCTGAGGGTTTCACAGTCAAAGCCATGATGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCACTCTCTGGTTTCTGAGGGTTTCACAGTCAAAGCCATGATGAAAAAC

    150     .
    151 TCAGTCGT
        ||||||||
 100151 TCAGTCGT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285 CTGGAAGGTAGAAATTGAGAAGCTGGATTACCATCATTATCTGCCTCTGT
        ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433908 CTTTCAGGTAGAAATTGAGAAGCTGGATTACCATCATTATCTGCCTCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335 TTTTTGATGGGCTTTGTGAAATGACATTTCCCTATGAGTTTTTTGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 433958 TTTTTGATGGGCTTTGTGAAATGACATTTCCCTATGAGTTTTTTGCTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385 CAAGGAATCCACGACATGCTGGAACACGGTGGGAACAAGATCCTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 434008 CAAGGAATCCACGACATGCTGGAACACGGTGGGAACAAGATCCTACCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435 CCTTCCACAGCTCATTATCCCGATAAAAA         ATGCCTTGAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 434058 CCTTCCACAGCTCATTATCCCGATAAAAAGTA...TAGATGCCTTGAACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    476 TCCGAAACCGACAGGTCATCTGTGTCACTCTCAAGGTCCTCCAGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 461036 TCCGAAACCGACAGGTCATCTGTGTCACTCTCAAGGTCCTCCAGCATCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    526 GTTGTGTCAGCTGAGATGGTGGGCAAGGCCTTGGTGCCTTATTACCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 461086 GTTGTGTCAGCTGAGATGGTGGGCAAGGCCTTGGTGCCTTATTACCGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    576 AATCCTCCCTGTCCTGAACATCTTTAAGAATATGAATG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 461136 AATCCTCCCTGTCCTGAACATCTTTAAGAATATGAATGGTG...CAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617 ACTCCGGAGACGGCATTGACTACAGCCAGCAGAAGAGGGAGAACATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 686595 ACTCCGGAGACGGCATTGACTACAGCCAGCAGAAGAGGGAGAACATTGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667 GACTTGATCCAGGAGACACTGGAGGCCTTCGAGCGCTACGGAGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 686645 GACTTGATCCAGGAGACACTGGAGGCCTTCGAGCGCTACGGAGGAGAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    717 TGCCTTTATCAACATTAAGTACGTGGTCCCAACCTACGAGTCTTGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 686695 TGCCTTTATCAACATTAAGTACGTGGTCCCAACCTACGAGTCTTGCTTGC

    500     .
    767 TAAAC
        |||||
 686745 TAAAC