seq1 = pF1KE6626.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE6626/gi568815578r_3090656.tfa (gi568815578r:3090656_3304627), 213972 bp

>pF1KE6626 942
>gi568815578r:3090656_3304627 (Chr20)

(complement)

1-91  (100001-100091)   100% ->
92-295  (101212-101415)   100% ->
296-408  (104174-104286)   100% ->
409-510  (104526-104627)   100% ->
511-633  (109275-109397)   100% ->
634-672  (109760-109798)   100% ->
673-729  (112807-112863)   100% ->
730-778  (113390-113438)   100% ->
779-942  (113809-113972)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGCGCCTGTGTGGTACTTGGTAGCGGCGGCTCTGCTAGTCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGCGCCTGTGTGGTACTTGGTAGCGGCGGCTCTGCTAGTCGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATCCTCTTCCTGACTCGCAGCCGGGGCCGGGCGGCATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100051 TATCCTCTTCCTGACTCGCAGCCGGGGCCGGGCGGCATCAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGGCCAAGAGCCACTGCACAATGAGGAGCTGGCAGGAGCAGGCCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101212 CCGGCCAAGAGCCACTGCACAATGAGGAGCTGGCAGGAGCAGGCCGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCAGCCTGGGCCCCTGGAGCCTGAGGAGCCGAGAGCTGGAGGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101262 GCCCAGCCTGGGCCCCTGGAGCCTGAGGAGCCGAGAGCTGGAGGCAGGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGGCGCCGGAGGGACCTGGGCAGCCGCCTACAGGCCCAGCGTCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101312 TCGGCGCCGGAGGGACCTGGGCAGCCGCCTACAGGCCCAGCGTCGAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCGGGTGGCCTGGGCAGAAGCAGATGAGAACGAGGAGGAAGCTGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101362 AGCGGGTGGCCTGGGCAGAAGCAGATGAGAACGAGGAGGAAGCTGTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTAG         CCCAGGAGGAGGAAGGTGTCGAGAAGCCAGCGGAAAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101412 CTAGGTG...CAGCCCAGGAGGAGGAAGGTGTCGAGAAGCCAGCGGAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCACCTGTCGGGGAAAATTGGAGCTAAGAAACTGCGGAAGCTGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104211 TCACCTGTCGGGGAAAATTGGAGCTAAGAAACTGCGGAAGCTGGAGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACAAGCGCGAAAGGCCCAGCGTGAG         GCAGAGGAGGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104261 AACAAGCGCGAAAGGCCCAGCGTGAGGCA...CAGGCAGAGGAGGCTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGTGAGGAGCGGAAACGACTCGAGTCCCAGCGCGAAGCTGAGTGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104541 CGTGAGGAGCGGAAACGACTCGAGTCCCAGCGCGAAGCTGAGTGGAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGAGGAGCGGCTTCGCCTGGAGGAGGAGCAGAAG         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104591 GGAGGAGGAGCGGCTTCGCCTGGAGGAGGAGCAGAAGGTG...CAGGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGAGGAGAGGAAGGCCCGCGAGGAGCAGGCCCAGCGGGAGCATGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109279 AGGAGGAGAGGAAGGCCCGCGAGGAGCAGGCCCAGCGGGAGCATGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACCTGAAACTGAAGGAGGCCTTTGTGGTGGAGGAGGAAGGCGTAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109329 TACCTGAAACTGAAGGAGGCCTTTGTGGTGGAGGAGGAAGGCGTAGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACCATGACTGAGGAACAG         TCCCAGAGCTTCCTGACAGAGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109379 GACCATGACTGAGGAACAGGTG...TAGTCCCAGAGCTTCCTGACAGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCATCAACTACATCAAG         CAGTCCAAGGTTGTGCTCTTGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109782 TCATCAACTACATCAAGGTA...TAGCAGTCCAAGGTTGTGCTCTTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACCTGGCTTCCCAGGTGGGCCTACGCACTCAG         GACACCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 112831 GACCTGGCTTCCCAGGTGGGCCTACGCACTCAGGTA...TAGGACACCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAATCGCATCCAGGACCTGCTGGCTGAGGGGACTATAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113398 AAATCGCATCCAGGACCTGCTGGCTGAGGGGACTATAACAGGTG...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTGTGATTGACGACCGGGGCAAGTTCATCTACATAACCCCAGAGGAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113809 GTGTGATTGACGACCGGGGCAAGTTCATCTACATAACCCCAGAGGAACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCCGCCGTGGCCAACTTCATCCGACAGCGGGGCCGGGTGTCCATCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113859 GCCGCCGTGGCCAACTTCATCCGACAGCGGGGCCGGGTGTCCATCGCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTTGCCCAAGCCAGCAACTCCCTCATCACCTGGGGCCGGGAGTCCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 113909 GCTTGCCCAAGCCAGCAACTCCCTCATCGCCTGGGGCCGGGAGTCCCCTG

   1000     .    :
    929 CCCAAGCCCCAGCC
        ||||||||||||||
 113959 CCCAAGCCCCAGCC