seq1 = pF1KE6625.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE6625/gi568815595f_158022162.tfa (gi568815595f:158022162_158644272), 622111 bp

>pF1KE6625 1002
>gi568815595f:158022162_158644272 (Chr3)

1-194  (99944-100137)   100% ->
195-320  (101705-101830)   100% ->
321-495  (180911-181085)   100% ==
583-652  (438773-438842)   100% ->
653-759  (514931-515037)   100% ->
760-912  (521174-521326)   100% ->
913-1002  (522022-522111)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACGTCGGTCATCAGATACTGAAGAAGAAAGCAGAAGCAAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99944 ATGGGACGTCGGTCATCAGATACTGAAGAAGAAAGCAGAAGCAAGAGAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGAAACACCGTAGACGGTCCTCCTCGAGCAGTTCTTCAGATAGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 AAAGAAACACCGTAGACGGTCCTCCTCGAGCAGTTCTTCAGATAGTAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATACAGCCGAAAGAAAGGAGGAAGGAAATCAAGATCAAAGTCAAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 CATACAGCCGAAAGAAAGGAGGAAGGAAATCAAGATCAAAGTCAAGATCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGTCCAGAGATCTTCAGCCTCGTTCACATTCTTATGATAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100094 TGGTCCAGAGATCTTCAGCCTCGTTCACATTCTTATGATAGAAGGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195    ACGCAGGCATCGATCAAGCAGTAGCTCTTCTTATGGCTCCAGAAGGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 CAGACGCAGGCATCGATCAAGCAGTAGCTCTTCTTATGGCTCCAGAAGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACGAAGTCGAAGTCGTTCAAGGGGTCGAGGGAAATCCTATAGAGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101752 AACGAAGTCGAAGTCGTTCAAGGGGTCGAGGGAAATCCTATAGAGTTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGTCTAGGTCAAAAAGCAGAACAAGAAG         GTCCAGGTCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101802 AGGTCTAGGTCAAAAAGCAGAACAAGAAGGTA...TAGGTCCAGGTCAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCTCGTCTCCGTTCTCATAGTCGTAGCAGTGAAAGGTCCAGTCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180923 ACCTCGTCTCCGTTCTCATAGTCGTAGCAGTGAAAGGTCCAGTCACAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAACGCGTAGTCGGTCTCGGGATAGAGAACGACGTAAGGGCAGAGATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180973 GAACGCGTAGTCGGTCTCGGGATAGAGAACGACGTAAGGGCAGAGATAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAAAAGAGAAAAGGAGAAGGATAAAGGGAAGGACAAGGAATTACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181023 GAGAAAAGAGAAAAGGAGAAGGATAAAGGGAAGGACAAGGAATTACATAA

    500     .    :
    483 CATCAAACGTGGG
        |||||||||||||
 181073 CATCAAACGTGGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCAAAAGCTGATGAAGCATTGAAAGCCAAAGAAAGAAATGAGGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 438773 GCAAAAGCTGATGAAGCATTGAAAGCCAAAGAAAGAAATGAGGAAGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAAGAGAAGAAAGGAGGAAG         ACCAAGCCACCCTGGTAGAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 438823 AAAGAGAAGAAAGGAGGAAGGTA...CAGACCAAGCCACCCTGGTAGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAGTAAAAAGAGTAAAAGAAATTGAAGCTATTGAAAGTGATTCTTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 514952 AAGTAAAAAGAGTAAAAGAAATTGAAGCTATTGAAAGTGATTCTTTTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CAGCAGACATTCAGATCAAGTAAAGAAGTCAAAAAG         TCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 515002 CAGCAGACATTCAGATCAAGTAAAGAAGTCAAAAAGGTA...CAGTCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAACCTAGTGAAGTGAAACAAGCAACTTCAACATCAGGACCAGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 521179 GGAACCTAGTGAAGTGAAACAAGCAACTTCAACATCAGGACCAGCATCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CAGTTGCTGATCCACCCAGTACTGAAAAAGAAATAGATCCTACCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 521229 CAGTTGCTGATCCACCCAGTACTGAAAAAGAAATAGATCCTACCAGCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCTACTGCTATCAAGTACCAAGATGACAATTCCCTGGCCCATCCAAAT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 521279 CCTACTGCTATCAAGTACCAAGATGACAATTCCCTGGCCCATCCAAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    913        TTATTTATCGAGAAAGCTGATGCTGAGGAAAAATGGTTCAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 521329 A...CAGTTATTTATCGAGAAAGCTGATGCTGAGGAAAAATGGTTCAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    956 GATTAATTGCTCTCCGACAAGAAAGACTAATGGGCAGTCCTGTGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522065 GATTAATTGCTCTCCGACAAGAAAGACTAATGGGCAGTCCTGTGGCC