seq1 = pF1KE6623.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KE6623/gi568815582f_57347506.tfa (gi568815582f:57347506_57560104), 212599 bp

>pF1KE6623 954
>gi568815582f:57347506_57560104 (Chr16)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-242  (103535-103703)   100% ->
243-378  (105296-105431)   100% ->
379-521  (108999-109141)   100% ->
522-606  (109426-109510)   100% ->
607-711  (110741-110845)   100% ->
712-867  (112060-112215)   100% ->
868-921  (112546-112599)   100% ->
922-954  (113084-113116)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCGGTATCTGGTGCGCTTGGCCGGGCGGGCTGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCGGCGGTATCTGGTGCGCTTGGCCGGGCGGGCTGGAGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCAGCTGCGATGCCTGCCCG         TGGCCCGTTGCCGACAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CCTGCAGCTGCGATGCCTGCCCGGTG...CAGTGGCCCGTTGCCGACAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTGGTGCCGCGTGCCTTCCATGCTTCAGCTGTGGGGCTAAGGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103553 CCCTGGTGCCGCGTGCCTTCCATGCTTCAGCTGTGGGGCTAAGGTCTTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGAGCAGAAGCAGCAGCCTCCCAACTCATTTTCTCAGCAGCATTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103603 GATGAGCAGAAGCAGCAGCCTCCCAACTCATTTTCTCAGCAGCATTCTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACACAGGGGGCAGAAAAACCTGATCCAGAGTCTTCTCATTCACCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103653 GACACAGGGGGCAGAAAAACCTGATCCAGAGTCTTCTCATTCACCCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 G         GTATACAGACCAGGGCGGCGAGGAGGAGGAGGACTATGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103703 GGTA...CAGGTATACAGACCAGGGCGGCGAGGAGGAGGAGGACTATGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTGAGGAGCAGTTGCAGCACCGCATCCTGACGGCAGCCCTTGAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105336 AGTGAGGAGCAGTTGCAGCACCGCATCCTGACGGCAGCCCTTGAGTTTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCCGCCCACGGGTGGACAGCAGAGGCGATTGCAGAAGGAGCCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105386 GCCCGCCCACGGGTGGACAGCAGAGGCGATTGCAGAAGGAGCCCAGGTG.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      TCTCTGGGTCTCTCCAGTGCAGCAGCCAGCATGTTCGGGAAGGAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105436 ..TAGTCTCTGGGTCTCTCCAGTGCAGCAGCCAGCATGTTCGGGAAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCAGTGAGCTAATACTGCATTTTGTGACCCAGTGCAATACCCGGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109044 GGCAGTGAGCTAATACTGCATTTTGTGACCCAGTGCAATACCCGGCTCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACGTGTGCTAGAAGAGGAGCAGAAGCTGGTACAGTTGGGCCAGGCGGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109094 ACGTGTGCTAGAAGAGGAGCAGAAGCTGGTACAGTTGGGCCAGGCGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522        GAAGAGGAAGACAGACCAGTTCCTGAGGGATGCAGTGGAAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109144 A...CAGGAAGAGGAAGACAGACCAGTTCCTGAGGGATGCAGTGGAAACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGACTGAGAATGCTGATCCCATACATTGAGCACTGGCCCCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109469 AGACTGAGAATGCTGATCCCATACATTGAGCACTGGCCCCGGGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    607  GCCCTCAGCATCCTCATGCTCCCTCACAACATCCCGTCCAGCCTGAGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110740 GGCCCTCAGCATCCTCATGCTCCCTCACAACATCCCGTCCAGCCTGAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTCACCAGCATGGTGGATGACATGTGGCATTACGCTGGGGACCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110790 TGCTCACCAGCATGGTGGATGACATGTGGCATTACGCTGGGGACCAGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTGAT         TTTAACTGGTACACCCGCCGAGCCATGCTGGCTGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110840 ACTGATGTG...CAGTTTAACTGGTACACCCGCCGAGCCATGCTGGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATCTACAACACAACAGAGCTGGTGATGATGCAGGACTCCTCTCCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112095 CATCTACAACACAACAGAGCTGGTGATGATGCAGGACTCCTCTCCAGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGAGGACACTTGGCGCTTCCTGGAAAACCGGGTTAATGATGCAATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112145 TTGAGGACACTTGGCGCTTCCTGGAAAACCGGGTTAATGATGCAATGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGGCCACACTGCCAAGCAG         GTAAAGTCCACAGGAGAGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112195 ATGGGCCACACTGCCAAGCAGGTA...TAGGTAAAGTCCACAGGAGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTGGTGCAAGGACTCATGGGTGCAGCAGTGACG         CTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112566 ACTGGTGCAAGGACTCATGGGTGCAGCAGTGACGGTG...CAGCTCAAGA

   1000     .    :    .    :    .
    929 ACTTGACAGGTCTAAACCAGCGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||
 113091 ACTTGACAGGTCTAAACCAGCGTCGG