seq1 = pF1KE6622.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KE6622/gi568815595f_191229675.tfa (gi568815595f:191229675_191489604), 259930 bp

>pF1KE6622 918
>gi568815595f:191229675_191489604 (Chr3)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-112  (127414-127476)   100% ->
113-239  (128324-128450)   100% ->
240-330  (131395-131485)   100% ->
331-448  (140245-140362)   100% ->
449-564  (150485-150600)   100% ->
565-609  (151013-151057)   100% ->
610-714  (151154-151258)   100% ->
715-794  (153072-153151)   100% ->
795-901  (159822-159928)   100% ->
902-918  (162067-162083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAAGTCAGCATCGACCAGTCCAAGCTGCCTGGAGTCAAGGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGCTGAAGTCAGCATCGACCAGTCCAAGCTGCCTGGAGTCAAGGAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         TATGCCGAGATTTTGCTGTCCTGGAGGACCACACCCTGGCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...TAGTATGCCGAGATTTTGCTGTCCTGGAGGACCACACCCTGGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGCCTGCAGGAACAAGAGA         TTGAGCATCATTTGGCATCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127456 ACAGCCTGCAGGAACAAGAGAGTG...CAGTTGAGCATCATTTGGCATCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AACGTTCAGCGGAACCGTTTGGTCCAGCATGATCTCCAGGTGGCTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128344 AACGTTCAGCGGAACCGTTTGGTCCAGCATGATCTCCAGGTGGCTAAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTCCAAGAGGAAGATCTGAAAGCGCAGGCCCAGCTCCAGAAGCGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128394 GCTCCAAGAGGAAGATCTGAAAGCGCAGGCCCAGCTCCAGAAGCGCTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGACCT         TGAACAACAAGACTGTGAAATTGCTCAGGAAATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128444 AAGACCTGTG...TAGTGAACAACAAGACTGTGAAATTGCTCAGGAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGGAGAAGCTGGCTATTGAGGCAGAGAGACGACGCATTCAGGAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131429 CAGGAGAAGCTGGCTATTGAGGCAGAGAGACGACGCATTCAGGAGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGATGAG         GACATAGCTCGCCTTTTGCAAGAAAAGGAGTTAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131479 GGATGAGGTA...CAGGACATAGCTCGCCTTTTGCAAGAAAAGGAGTTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGAAGAGAAAAAGAGAAAGAAACACTTTCCAGAGTTCCCTGCAACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140279 AGGAAGAGAAAAAGAGAAAGAAACACTTTCCAGAGTTCCCTGCAACCCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCTTATGCAGATAGTTACTATTATGAAGATGGAG         GAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 140329 GCTTATGCAGATAGTTACTATTATGAAGATGGAGGTA...AAGGAATGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCCAAGAGTGATGAAAGAAGCTGTATCTACTCCATCACGAATGGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150492 GCCAAGAGTGATGAAAGAAGCTGTATCTACTCCATCACGAATGGCCCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGGATCAGGAATGGTATGATGCTGAAATTGCCAGAAAACTGCAAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150542 GGGATCAGGAATGGTATGATGCTGAAATTGCCAGAAAACTGCAAGAAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAACTTTTG         GCTACCCAGGTGGACATGAGAGCCGCTCAAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 150592 GAACTTTTGGTG...TAGGCTACCCAGGTGGACATGAGAGCCGCTCAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGCTCAAGATGAA         GAAATCGCTCGACTTCTAATGGCTGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 151045 AGCTCAAGATGAAGTA...TAGGAAATCGCTCGACTTCTAATGGCTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AAAAGAAAGCTTACAAAAAAGCCAAGGAGCGGGAGAAATCATCTTTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151182 AAAAGAAAGCTTACAAAAAAGCCAAGGAGCGGGAGAAATCATCTTTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAAAGAAAGCAAGACCCCGAGTGGAAG         CCAAAAACAGCTAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 151232 AAAAGAAAGCAAGACCCCGAGTGGAAGGTA...TAGCCAAAAACAGCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCAGCAAATTCCAAGTCAAAAGAGAGTGATGAACCTCACCATTCTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153086 AGCAGCAAATTCCAAGTCAAAAGAGAGTGATGAACCTCACCATTCTAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ATGAAAGGCCAGCACG         GCCACCACCACCTATCATGACAGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 153136 ATGAAAGGCCAGCACGGTA...TAGGCCACCACCACCTATCATGACAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGTGAAGATGCGGATTACACTCATTTTACAAACCAGCAGAGTTCCACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159847 GGTGAAGATGCGGATTACACTCATTTTACAAACCAGCAGAGTTCCACACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GCATTTCTCAAAATCAGAGTCCTCTCATAAAG         GTTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 159897 GCATTTCTCAAAATCAGAGTCCTCTCATAAAGGTA...CAGGTTTTCATT

   1000     .
    911 ACAAACAT
        ||||||||
 162076 ACAAACAT