seq1 = pF1KE6621.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KE6621/gi568815595r_160985762.tfa (gi568815595r:160985762_161186754), 200993 bp

>pF1KE6621 993
>gi568815595r:160985762_161186754 (Chr3)

(complement)

1-993  (100001-100993)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGGCTCTCTGGACTGTCCTTCCGAGTAGGATGTCACTGAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGGCTCTCTGGACTGTCCTTCCGAGTAGGATGTCACTGAGATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCAAATGGAGCCTCCTGCTGCTGTCACTCCTGAGTTTCTTTGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCAAATGGAGCCTCCTGCTGCTGTCACTCCTGAGTTTCTTTGTGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTACCTCAGCCTTCCCCACTACAATGTGATAGAACGCGTGAACTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTACCTCAGCCTTCCCCACTACAATGTGATAGAACGCGTGAACTGGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TACTTCTATGAGTATGAGCCGATTTACAGACAAGACTTTCACTTCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TACTTCTATGAGTATGAGCCGATTTACAGACAAGACTTTCACTTCACACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCGAGAGCATTCAAACTGCTCTCATCAAAATCCATTTCTGGTCATTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCGAGAGCATTCAAACTGCTCTCATCAAAATCCATTTCTGGTCATTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGACCTCCCACCCTTCAGATGTGAAAGCCAGGCAGGCCATTAGAGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGACCTCCCACCCTTCAGATGTGAAAGCCAGGCAGGCCATTAGAGTTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGGGTGAAAAAAAGTCTTGGTGGGGATATGAGGTTCTTACATTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGGGTGAAAAAAAGTCTTGGTGGGGATATGAGGTTCTTACATTTTTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ATTAGGCCAAGAGGCTGAAAAGGAAGACAAAATGTTGGCATTGTCCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ATTAGGCCAAGAGGCTGAAAAGGAAGACAAAATGTTGGCATTGTCCTTAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGGATGAACACCTTCTTTATGGTGACATAATCCGACAAGATTTTTTAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGATGAACACCTTCTTTATGGTGACATAATCCGACAAGATTTTTTAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACATATAATAACCTGACCTTGAAAACCATTATGGCATTCAGGTGGGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACATATAATAACCTGACCTTGAAAACCATTATGGCATTCAGGTGGGTAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAGTTTTGCCCCAATGCCAAGTACGTAATGAAGACAGACACTGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGAGTTTTGCCCCAATGCCAAGTACGTAATGAAGACAGACACTGATGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCATCAATACTGGCAATTTAGTGAAGTATCTTTTAAACCTAAACCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCATCAATACTGGCAATTTAGTGAAGTATCTTTTAAACCTAAACCACTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGAAGTTTTTCACAGGTTATCCTCTAATTGATAATTATTCCTATAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGAAGTTTTTCACAGGTTATCCTCTAATTGATAATTATTCCTATAGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATTTTACCAAAAAACCCATATTTCTTACCAGGAGTATCCTTTCAAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATTTTACCAAAAAACCCATATTTCTTACCAGGAGTATCCTTTCAAGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCCTCCATACTGCAGTGGGTTGGGTTATATAATGTCCAGAGATTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCCCTCCATACTGCAGTGGGTTGGGTTATATAATGTCCAGAGATTTGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCAAGGATCTATGAAATGATGGGTCACGTAAAACCCATCAAGTTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCAAGGATCTATGAAATGATGGGTCACGTAAAACCCATCAAGTTTGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTTTATGTCGGGATCTGTTTGAATTTATTAAAAGTGAACATTCATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTTTATGTCGGGATCTGTTTGAATTTATTAAAAGTGAACATTCATATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGAAGACACAAATCTTTTCTTTCTATATAGAATCCATTTGGATGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGAAGACACAAATCTTTTCTTTCTATATAGAATCCATTTGGATGTCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CAACTGAGACGTGTGATTGCAGCCCATGGCTTTTCTTCCAAGGAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAACTGAGACGTGTGATTGCAGCCCATGGCTTTTCTTCCAAGGAGATCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CACTTTTTGGCAGGTCATGCTAAGGAACACCACATGCCATTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CACTTTTTGGCAGGTCATGCTAAGGAACACCACATGCCATTAT