seq1 = pF1KE6617.tfa, 1008 bp
seq2 = pF1KE6617/gi568815587r_45810257.tfa (gi568815587r:45810257_46017811), 207555 bp

>pF1KE6617 1008
>gi568815587r:45810257_46017811 (Chr11)

(complement)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-148  (100319-100354)   100% ->
149-225  (101509-101585)   100% ->
226-359  (101976-102109)   99% ->
360-460  (102244-102344)   100% ->
461-541  (103128-103208)   100% ->
542-694  (103344-103496)   100% ->
695-767  (103609-103681)   100% ->
768-887  (103874-103993)   99% ->
888-952  (106850-106914)   100% ->
953-1008  (107500-107555)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAAGCTGCGGCTCCTGGGCCTCCGCTACCAGGAGTACGTGACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAAGCTGCGGCTCCTGGGCCTCCGCTACCAGGAGTACGTGACTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACCCGGCCGCCACGGCCCAGCTGGAGACAGCAGTGCGGGGCTTCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACCCGGCCGCCACGGCCCAGCTGGAGACAGCAGTGCGGGGCTTCAGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGCTGGCAG         GTCGATTCGCCGATTCGCACGAGCTGTCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTGCTGGCAGGTG...CAGGTCGATTCGCCGATTCGCACGAGCTGTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTGG         TGTACTCTGCCTCTAACCTGCTTGTGCTGCTCAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 GAGCTGGGTG...CAGTGTACTCTGCCTCTAACCTGCTTGTGCTGCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGACGGGATCCTACGGAAGGAGCTTCGGAAAAAGTTGCCTGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101543 TGACGGGATCCTACGGAAGGAGCTTCGGAAAAAGTTGCCTGTGGTG...C

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    226   TCGCTGTCCCAGCAGAAGCTGCTGACATGGCTGAGCGTGCTGGAGTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101974 AGTCGCTGTCCCAGCAGAAGCTGCTGACATGGCTGAGCGTGCTGGAGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGGAGGTGTTCATGGAGATGGGAGCTGCCAAGGTGTGGGGTGAAGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102024 GTGGAGGTGTTCATGGAGATGGGAGCTGCCAAGGTGTGGGGTGAAGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGCTGGCTTGTCATCGCCCTCATCCAGCTGGCCAA         GGCTG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||>>>...>>>|||||
 102074 CCGCTGGCTTGTCATCGCCCTCGTCCAGCTGGCCAAGTA...CAGGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TACTGCGGATGCTCCTGCTGCTCTGGTTCAAGGCTGGCCTCCAGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102249 TACTGCGGATGCTCCTGCTGCTCTGGTTCAAGGCTGGCCTCCAGACTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCCCCTATCGTTCCACTGGACAGAGAGACCCAGGCACAGCCCCCGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102299 CCCCCTATCGTTCCACTGGACAGAGAGACCCAGGCACAGCCCCCGGGTG.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461      ATGGTGACCACAGCCCTGGCAACCATGAGCAGTCCTACGTGGGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102349 ..TAGATGGTGACCACAGCCCTGGCAACCATGAGCAGTCCTACGTGGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCGGTCAAACCGGGTGGTGCGAACCCTCCAGAACA         CGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 103173 AGCGGTCAAACCGGGTGGTGCGAACCCTCCAGAACAGTA...TAGCGCCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCCCTGCACTCCAGGCACTGGGGAGCTCCCCAGCAGCGGGAGGGACGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103349 TCCCTGCACTCCAGGCACTGGGGAGCTCCCCAGCAGCGGGAGGGACGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCAGCAGCATCACGAGGAGCTGAGTGCGACCCCCACCCCCCTGGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103399 GCAGCAGCATCACGAGGAGCTGAGTGCGACCCCCACCCCCCTGGGGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGGAGACCATCGCAGAGTTTTTGTACATTGCCCGGCCGCTGCTGCACT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103449 AGGAGACCATCGCAGAGTTTTTGTACATTGCCCGGCCGCTGCTGCACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695        TGCTCAGCCTGGGCCTGTGGGGTCAGAGGTCGTGGAAACCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103499 A...CAGTGCTCAGCCTGGGCCTGTGGGGTCAGAGGTCGTGGAAACCCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GCTCTTGGCTGGTGTTGTGGACGTGACCAG         CCTGAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103652 GCTCTTGGCTGGTGTTGTGGACGTGACCAGGTG...CAGCCTGAGCCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TGAGTGACAGAAAGGGCCTGACCCGGAGGGAGCGGCGGGAGCTGCGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103885 TGAGTGACAGAAAGGGCCTGACCCGGAGGGAGCGGCGGGAGCTGCGGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGGACCATCCTGCTGCTCTACTACCTGCTGCGCTCTCCTTTCTACGACCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 103935 CGGACCATCCTGCTGCTCTACTACCTGCTGCGCTCTCCTTTCTATGACCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTTCTCCGA         GGCCAGGATCCTCTTCCTGCTCCAGTTGCTGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103985 CTTCTCCGAGTA...CAGGGCCAGGATCCTCTTCCTGCTCCAGTTGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCGACCACGTCCCTGGCGTTGGCCTGGTCACAA         GGCCGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106882 CCGACCACGTCCCTGGCGTTGGCCTGGTCACAAGTA...CAGGGCCGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    961 ATGGATTACTTGCCCACCTGGCAGAAAATCTACTTCTACAGTTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107508 ATGGATTACTTGCCCACCTGGCAGAAAATCTACTTCTACAGTTGGGGC