seq1 = pF1KE6615.tfa, 867 bp
seq2 = pF1KE6615/gi568815592f_150269032.tfa (gi568815592f:150269032_150498234), 229203 bp

>pF1KE6615 867
>gi568815592f:150269032_150498234 (Chr6)

1-178  (100001-100178)   100% ->
179-370  (120321-120512)   100% ->
371-530  (123314-123473)   100% ->
531-687  (125068-125224)   100% ->
688-867  (129024-129203)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTATTTCCTGACTCCCATCTTGGTAGCCATTCTCTGCATTTTGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTATTTCCTGACTCCCATCTTGGTAGCCATTCTCTGCATTTTGGTTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGATCTTTAAAAATGCCGACAGAAGCATGGAGAAAAAGAAGGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGGATCTTTAAAAATGCCGACAGAAGCATGGAGAAAAAGAAGGGGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTAGAACCAGGGCCGAAGCTCGCCCCTGGGTGGATGAAGACTTAAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTAGAACCAGGGCCGAAGCTCGCCCCTGGGTGGATGAAGACTTAAAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCAGTGACCTGCACCAAGCAGAAGAAG         ATGCTGATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100151 AGCAGTGACCTGCACCAAGCAGAAGAAGGTA...CAGATGCTGATGAATG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAAGAATCAGAAGAAAATGTTGAACACATCCCCTTCTCTCATAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120334 GCAAGAATCAGAAGAAAATGTTGAACACATCCCCTTCTCTCATAACCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATCCTGAGAAGGAAATGGTTAAGAGGTCTCAGGAATTTTATGAACTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120384 ATCCTGAGAAGGAAATGGTTAAGAGGTCTCAGGAATTTTATGAACTTCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATAAGAGACGGTCAGTCAGGTTCATAAGTAATGAGCAAGTCCCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120434 AATAAGAGACGGTCAGTCAGGTTCATAAGTAATGAGCAAGTCCCAATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTCATTGATAATGTCATCAGAACGGCAG         GAACAGCCCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120484 AGTCATTGATAATGTCATCAGAACGGCAGGTT...CAGGAACAGCCCCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTGGGGCTCACACAGAGCCCTGGACCTTCGTGGTTGTGAAGGACCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123326 GTGGGGCTCACACAGAGCCCTGGACCTTCGTGGTTGTGAAGGACCCAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGAAGCACAAGATTCGAAAGATCATTGAGGAGGAAGAGGAGATCAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123376 GTGAAGCACAAGATTCGAAAGATCATTGAGGAGGAAGAGGAGATCAACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATGAAAAGGATGGGACATCGCTGGGTCACAGACCTCAAGAAACTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 123426 CATGAAAAGGATGGGACATCGCTGGGTCACAGACCTCAAGAAACTGAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    531        AACCAACTGGATTAAAGAGTACTTGGATACTGCCCCTATTTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123476 A...CAGAACCAACTGGATTAAAGAGTACTTGGATACTGCCCCTATTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATTCTCATTTTCAAACAAGTACATGGTTTCGCCGCAAATGGCAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125111 ATTCTCATTTTCAAACAAGTACATGGTTTCGCCGCAAATGGCAAGAAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGTCCACTACTACAATGAGATCAGTGTTTCCATCGCTTGTGGCATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125161 AGTCCACTACTACAATGAGATCAGTGTTTCCATCGCTTGTGGCATCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAGCTGCCCTGCAG         AATGCAGGTCTGGTGACTGTCACTACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 125211 TAGCTGCCCTGCAGGTA...TAGAATGCAGGTCTGGTGACTGTCACTACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACTCCTCTCAACTGTGGCCCTCGACTGAGGGTGCTCCTGGGCCGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129051 ACTCCTCTCAACTGTGGCCCTCGACTGAGGGTGCTCCTGGGCCGCCCCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACATGAAAAGCTGCCGATGCTGCTCCCCGTGGGGTACCCCAGCAAGGAGG
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129101 ACATGAAAAGCTGCTGATGCTGCTCCCCGTGGGGTACCCCAGCAAGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCACGGTGCCTGACCTCAAGCGCAAACCTCTGGACCAGATCATGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129151 CCACGGTGCCTGACCTCAAGCGCAAACCTCTGGACCAGATCATGGTGACA

    900 
    865 GTG
        |||
 129201 GTG