seq1 = pF1KE6614.tfa, 726 bp
seq2 = pF1KE6614/gi568815581f_44800999.tfa (gi568815581f:44800999_45002814), 201816 bp

>pF1KE6614 726
>gi568815581f:44800999_45002814 (Chr17)

1-143  (100001-100143)   100% ->
144-276  (100522-100654)   100% ->
277-726  (101367-101816)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAGGAATGACATCATCAACTTCAAGGCTTTGGAGAAAGAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAGGAATGACATCATCAACTTCAAGGCTTTGGAGAAAGAGCTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGCACTCACTGCTGATGAGAAGTACAAACGGGAGAATGCTGCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGCACTCACTGCTGATGAGAAGTACAAACGGGAGAATGCTGCCAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACGGGCAGTGGAACAGAGGGTGGCTTCCTATGAGGAGTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100101 TACGGGCAGTGGAACAGAGGGTGGCTTCCTATGAGGAGTTCAGGTT...C

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    144   GGGTATTGTCCTTGCATCACATCTGAAGCCACTGGAGCGGAAGGATAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100520 AGGGGTATTGTCCTTGCATCACATCTGAAGCCACTGGAGCGGAAGGATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGGGAGGAAAGAGAACTGTGCCCTGGAACTGTCACACTATTCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100570 GATGGGAGGAAAGAGAACTGTGCCCTGGAACTGTCACACTATTCAGGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGACCTTCCAGGATGTGGCCACTGAAATCTCCCCG         GAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100620 GGACCTTCCAGGATGTGGCCACTGAAATCTCCCCGGTA...CAGGAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCCCCCTCCAGCCCGAGACGTCTGCTGACTTCTATCGTGATTGGCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101373 GCCCCCCTCCAGCCCGAGACGTCTGCTGACTTCTATCGTGATTGGCGACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACACTTGCCAAGTGGGCCAGAGCGCTACCAGGCTCTACTGCAGCTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101423 ACACTTGCCAAGTGGGCCAGAGCGCTACCAGGCTCTACTGCAGCTTGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTCCAAGGCTCGGCTGCCTCTTCCAGACAGATGTGGGATTTGGACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101473 GTCCAAGGCTCGGCTGCCTCTTCCAGACAGATGTGGGATTTGGACTTCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGGAGCTGCTGGTGGCACTGGCTGATCACGTGGGGCCGGCTGACCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101523 GGGGAGCTGCTGGTGGCACTGGCTGATCACGTGGGGCCGGCTGACCGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCGGTGCTGGGGATCCTATGCAGCCTGGCGAGCACTGGGCGCTTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101573 AGCGGTGCTGGGGATCCTATGCAGCCTGGCGAGCACTGGGCGCTTCACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGAACCTAAGCCTGCTGAGCCGGGCAGAGAGAGAGAGCTGCAAGGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101623 TGAACCTAAGCCTGCTGAGCCGGGCAGAGAGAGAGAGCTGCAAGGGCTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTCAGAAGCTGCAAGCCATGGGCAACCCCAGATCCGTGAAGGAGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101673 TTTCAGAAGCTGCAAGCCATGGGCAACCCCAGATCCGTGAAGGAGGGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAGCTGGGAGGAGCAGGGTCTGGAGGAGCAGTCTGGTGGGCTCCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101723 CAGCTGGGAGGAGCAGGGTCTGGAGGAGCAGTCTGGTGGGCTCCAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGGAGAGGCTCCTGCAGGAGCTGCTGGAGCTGTACCAGGTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101773 AGGAGAGGCTCCTGCAGGAGCTGCTGGAGCTGTACCAGGTTGAC