seq1 = pF1KE6613.tfa, 756 bp
seq2 = pF1KE6613/gi568815581f_16117227.tfa (gi568815581f:16117227_16425895), 308669 bp

>pF1KE6613 756
>gi568815581f:16117227_16425895 (Chr17)

1-235  (100001-100235)   100% ->
236-335  (116745-116844)   100% ->
336-426  (182662-182752)   100% ->
427-494  (196321-196388)   100% ->
495-526  (199455-199486)   100% ->
527-660  (200549-200682)   100% ->
661-756  (208574-208669)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGCAATGTGGCTCCTGTGTGTGGCGTTGGCGGTCTTGGCATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGCAATGTGGCTCCTGTGTGTGGCGTTGGCGGTCTTGGCATGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCTCTGGGTTTGGGACTCCTCAGAACGAATGAAGAGTCGGGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCTCTGGGTTTGGGACTCCTCAGAACGAATGAAGAGTCGGGAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGACGGCTGGGAGCCGAAAGCCGGACCCTGCTGGTCATAGCGCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGGACGGCTGGGAGCCGAAAGCCGGACCCTGCTGGTCATAGCGCACCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACGATGAAGCCATGTTTTTTGCTCCCACAGTGCTAGGCTTGGCCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACGATGAAGCCATGTTTTTTGCTCCCACAGTGCTAGGCTTGGCCCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGGCACTGGGTGTACCTGCTTTGCTTCTCTGCAG         GAAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100201 AAGGCACTGGGTGTACCTGCTTTGCTTCTCTGCAGGTA...CAGGAAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTACAATCAAGGAGAGACTCGTAAGAAAGAACTTTTGCAGAGCTGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116751 ACTACAATCAAGGAGAGACTCGTAAGAAAGAACTTTTGCAGAGCTGTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTTTGGGGATTCCACTCTCCAGTGTAATGATTATTGACAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116801 GTTTTGGGGATTCCACTCTCCAGTGTAATGATTATTGACAACAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336    GGATTTCCCAGATGACCCAGGCATGCAGTGGGACACAGAGCACGTGG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182659 TAGGGATTTCCCAGATGACCCAGGCATGCAGTGGGACACAGAGCACGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAGAGTCCTCCTTCAGCACATAGAAGTGAATGGCATCAATCTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 182709 CCAGAGTCCTCCTTCAGCACATAGAAGTGAATGGCATCAATCTGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GTGGTGACTTTCGATGCAGGGGGAGTAAGTGGCCACAGCAATCACAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196318 CAGGTGGTGACTTTCGATGCAGGGGGAGTAAGTGGCCACAGCAATCACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCTCTGTATGCAGCTGTGAG         GGCCCTGCACTCAGAAGGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 196368 TGCTCTGTATGCAGCTGTGAGGTA...CAGGGCCCTGCACTCAGAAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTTACCTAAAG         GGTGCTCTGTGCTCACGCTTCAGTCTGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 199475 AGTTACCTAAAGGTA...CAGGGTGCTCTGTGCTCACGCTTCAGTCTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGTGCTGCGCAAGTACATCTCCCTTCTGGATCTGCCCTTGTCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200578 AATGTGCTGCGCAAGTACATCTCCCTTCTGGATCTGCCCTTGTCTCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCATACGCAGGATGTCCTCTTCGTGCTCAACAGCAAAGAAGTGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200628 TCATACGCAGGATGTCCTCTTCGTGCTCAACAGCAAAGAAGTGGCACAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAAG         AAAGCCATGTCCTGCCACCGCAGCCAGCTCCTCTGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200678 CCAAGGTG...TAGAAAGCCATGTCCTGCCACCGCAGCCAGCTCCTCTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCCGCCGCCTCTACATTATCTTCTCCCGGTACATGAGAATCAACTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 208610 TTCCGCCGCCTCTACATTATCTTCTCCCGGTACATGAGAATCAACTCACT

    800     .    :
    747 GAGCTTCCTC
        ||||||||||
 208660 GAGCTTCCTC