seq1 = pF1KE6607.tfa, 804 bp
seq2 = pF1KE6607/gi568815575f_11012061.tfa (gi568815575f:11012061_11221807), 209747 bp

>pF1KE6607 804
>gi568815575f:11012061_11221807 (ChrX)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-252  (102775-102926)   100% ->
253-401  (105207-105355)   100% ->
402-521  (106441-106560)   100% ->
522-608  (108847-108933)   100% ->
609-804  (109552-109747)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTTGTCTCCATCTGCTCCTGCTGTTGCAGTTCAGGCCTCAAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTTTGTCTCCATCTGCTCCTGCTGTTGCAGTTCAGGCCTCAAATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCAGCGTCCCCACCTTCAGGATGCCCGATGCATGAAGGGAAAATGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCAGCGTCCCCACCTTCAGGATGCCCGATGCATGAAGGGAAAATGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          GCTGTCCAGTGAATACAGAGCCATCTGGCCCAACCTGTGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGGCTGTCCAGTGAATACAGAGCCATCTGGCCCAACCTGTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAAAACATACTCTGTGCCTGCCCACCAGGAACGCGCCTATGAGTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102816 AAGAAAACATACTCTGTGCCTGCCCACCAGGAACGCGCCTATGAGTACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGTGTCCCATTAGGGGCACTGCGGCTGAGAATAAGGAGAACCTAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102866 GGAGTGTCCCATTAGGGGCACTGCGGCTGAGAATAAGGAGAACCTAGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTCAAATCTG         ATGCCACCACCAAATCAAACACCAGCTCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102916 CTTCAAATCTGGTA...TAGATGCCACCACCAAATCAAACACCAGCTCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATCAGCCATTTGCATTGTCTACTGTCAGAGAAGAGTCATCCATTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105237 GATCAGCCATTTGCATTGTCTACTGTCAGAGAAGAGTCATCCATTCCGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCAGATTCAGAGAAAAAGTGGGTTTACCCTTCTGAGCAGATGTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105287 AGCAGATTCAGAGAAAAAGTGGGTTTACCCTTCTGAGCAGATGTTCTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGCAATGTTAAAGAAAGG         GTGGAAGTGGAAGGATGAGGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105337 ATGCAATGTTAAAGAAAGGGTG...TAGGTGGAAGTGGAAGGATGAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCAGTCAGAAGGATATGTATAATATCATTAGAATTCACAATCAGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106463 ATCAGTCAGAAGGATATGTATAATATCATTAGAATTCACAATCAGAATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGAGCAGGCTTGGAAGGAGATTTTGAAGTGGGAAGCCCTTCATGCTGC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106513 CGAGCAGGCTTGGAAGGAGATTTTGAAGTGGGAAGCCCTTCATGCTGCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522        AGAGTGTCCTTGTGGTCCATCATTGATCCGGTTTGGAGGGAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106563 A...TAGAGAGTGTCCTTGTGGTCCATCATTGATCCGGTTTGGAGGGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAAAAGAGTATTCACCAAGGGCACGAATTCGTTCCTGGATGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108890 GCAAAAGAGTATTCACCAAGGGCACGAATTCGTTCCTGGATGGGGTG...

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    609    GTATGAGTTGCCTTTTGATAGGCACGATTGGATCATAAACCGTTGCG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109549 CAGGTATGAGTTGCCTTTTGATAGGCACGATTGGATCATAAACCGTTGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGACAGAAGTTAGATATGTGATTGATTATTATGATGGTGGTGAAGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109599 GGACAGAAGTTAGATATGTGATTGATTATTATGATGGTGGTGAAGTCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGGACTACCAGTTCACCATCCTGGACGTCCGTCCTGCCTTAGATTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109649 AAGGACTACCAGTTCACCATCCTGGACGTCCGTCCTGCCTTAGATTCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    756 TTCGGCAGTATGGGACAGAATGAAAGTCGCTTGGTGGCGTTGGACCTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109699 TTCGGCAGTATGGGACAGAATGAAAGTCGCTTGGTGGCGTTGGACCTCG