seq1 = pF1KE6605.tfa, 813 bp
seq2 = pF1KE6605/gi568815596f_3504341.tfa (gi568815596f:3504341_3744115), 239775 bp

>pF1KE6605 813
>gi568815596f:3504341_3744115 (Chr2)

1-130  (100001-100130)   99% ->
131-202  (108971-109042)   100% ->
203-274  (133193-133264)   100% ->
275-328  (135938-135991)   100% ->
329-424  (139104-139199)   100% ->
425-813  (139387-139775)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGGGCAATCTGGCCCTGGTGGGCGTTCTAATCAGCCTGGCCTTCCT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGGGGAATCTGGCCCTGGTGGGCGTTCTAATCAGCCTGGCCTTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCACTGCTGCCATCTGGACATCCTCAGCCGGCTGGCGATGACGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCACTGCTGCCATCTGGACATCCTCAGCCGGCTGGCGATGACGCCTGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTGCAGATCCTCGTCCCTGGCCTCAAAG         GGGATGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 CTGTGCAGATCCTCGTCCCTGGCCTCAAAGGTA...CAGGGGATGCGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGAAGGGAGACAAAGGCGCCCCCGGACGGCCTGGAAGAGTCGGCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108982 GAGAAGGGAGACAAAGGCGCCCCCGGACGGCCTGGAAGAGTCGGCCCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGAGAAAAAG         GAGACATGGGGGACAAAGGACAGAAAGGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 109032 GGGAGAAAAAGGTA...CAGGAGACATGGGGGACAAAGGACAGAAAGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGTGGGTCGTCATGGAAAAATTGGTCCCATTGGCTCTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 133223 GTGTGGGTCGTCATGGAAAAATTGGTCCCATTGGCTCTAAAGGTA...CA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    275  GTGAGAAAGGAGATTCCGGTGACATAGGACCCCCTGGTCCTAATGGAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135937 GGTGAGAAAGGAGATTCCGGTGACATAGGACCCCCTGGTCCTAATGGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACCAG         GCCTCCCATGTGAGTGCAGCCAGCTGCGCAAGGCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135987 ACCAGGTA...CAGGCCTCCCATGTGAGTGCAGCCAGCTGCGCAAGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCGGGGAGATGGACAACCAGGTCTCTCAGCTGACCAGCGAGCTCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139140 TCGGGGAGATGGACAACCAGGTCTCTCAGCTGACCAGCGAGCTCAAGTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCAAGAATG         CTGTCGCCGGTGTGCGCGAGACGGAGAGCAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 139190 ATCAAGAATGGTA...CAGCTGTCGCCGGTGTGCGCGAGACGGAGAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GATCTACCTGCTGGTGAAGGAGGAGAAGCGCTACGCGGACGCCCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139418 GATCTACCTGCTGGTGAAGGAGGAGAAGCGCTACGCGGACGCCCAGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCTGCCAGGGCCGCGGGGGCACGCTGAGCATGCCCAAGGACGAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139468 CCTGCCAGGGCCGCGGGGGCACGCTGAGCATGCCCAAGGACGAGGCTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGGCCTGATGGCCGCATACCTGGCGCAAGCCGGCCTGGCCCGTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139518 AATGGCCTGATGGCCGCATACCTGGCGCAAGCCGGCCTGGCCCGTGTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CATCGGCATCAACGACCTGGAGAAGGAGGGCGCCTTCGTGTACTCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139568 CATCGGCATCAACGACCTGGAGAAGGAGGGCGCCTTCGTGTACTCTGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACTCCCCCATGCGGACCTTCAACAAGTGGCGCAGCGGTGAGCCCAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139618 ACTCCCCCATGCGGACCTTCAACAAGTGGCGCAGCGGTGAGCCCAACAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCTACGACGAGGAGGACTGCGTGGAGATGGTGGCCTCGGGCGGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139668 GCCTACGACGAGGAGGACTGCGTGGAGATGGTGGCCTCGGGCGGCTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGACGTGGCCTGCCACACCACCATGTACTTCATGTGTGAGTTTGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139718 CGACGTGGCCTGCCACACCACCATGTACTTCATGTGTGAGTTTGACAAGG

    850     .
    806 AGAACATG
        ||||||||
 139768 AGAACATG