seq1 = pF1KE6604.tfa, 729 bp
seq2 = pF1KE6604/gi568815592r_49592776.tfa (gi568815592r:49592776_49809196), 216421 bp

>pF1KE6604 729
>gi568815592r:49592776_49809196 (Chr6)

(complement)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-183  (108413-108529)   100% ->
184-271  (109306-109393)   100% ->
272-417  (110690-110835)   100% ->
418-515  (111240-111337)   100% ->
516-604  (113273-113361)   100% ->
605-729  (116297-116421)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTTACTACCGGTGTTGTTTCTGGTTACTGTGCTGCTTCCATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTTACTACCGGTGTTGTTTCTGGTTACTGTGCTGCTTCCATCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCTGCAGAAGGAAAG         GATCCCGCTTTTACTGCTTTGTTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCTGCAGAAGGAAAGGTA...TAGGATCCCGCTTTTACTGCTTTGTTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCACCCAGTTGCAAGTGCAAAGGGAGATTGTAAATAAACACAATGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108438 CCACCCAGTTGCAAGTGCAAAGGGAGATTGTAAATAAACACAATGAACTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAAAGCAGTCTCTCCACCTGCCAGTAACATGCTAAAGATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 108488 AGGAAAGCAGTCTCTCCACCTGCCAGTAACATGCTAAAGATGGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  GAATGGAGCAGAGAGGTAACAACGAATGCCCAAAGGTGGGCAAACAAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109305 GGAATGGAGCAGAGAGGTAACAACGAATGCCCAAAGGTGGGCAAACAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCACTTTACAACATAGTGATCCAGAGGACCGCAAAACCA         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 109355 GCACTTTACAACATAGTGATCCAGAGGACCGCAAAACCAGTA...TAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAAGATGTGGTGAGAATCTCTATATGTCAAGTGACCCTACTTCCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110692 ACAAGATGTGGTGAGAATCTCTATATGTCAAGTGACCCTACTTCCTGGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCTGCAATCCAAAGCTGGTATGACGAGATCCTAGATTTTGTCTATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110742 TTCTGCAATCCAAAGCTGGTATGACGAGATCCTAGATTTTGTCTATGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAGGACCAAAGAGTCCCAATGCAGTTGTTGGACATTATACTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110792 TAGGACCAAAGAGTCCCAATGCAGTTGTTGGACATTATACTCAGGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418    CTTGTTTGGTACTCGACTTACCAGGTAGGCTGTGGAATTGCCTACTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111237 CAGCTTGTTTGGTACTCGACTTACCAGGTAGGCTGTGGAATTGCCTACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCCAATCAAGATAGTCTAAAATACTACTATGTTTGCCAATATTGTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111287 TCCCAATCAAGATAGTCTAAAATACTACTATGTTTGCCAATATTGTCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 C         TGGTAATAATATGAATAGAAAGAATACCCCGTACCAACAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111337 CGTA...CAGTGGTAATAATATGAATAGAAAGAATACCCCGTACCAACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAACACCTTGTGCCGGTTGCCCTGATGACTGTGACAAAGGACTATGCA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113313 GGAACACCTTGTGCCGGTTGCCCTGATGACTGTGACAAAGGACTATGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    605         CCAATAGTTGCCAGTATCAAGATCTCCTAAGTAACTGTGATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113363 TA...CAGCCAATAGTTGCCAGTATCAAGATCTCCTAAGTAACTGTGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTTGAAGAATACAGCTGGCTGTGAACATGAGTTACTCAAGGAAAAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116339 CCTTGAAGAATACAGCTGGCTGTGAACATGAGTTACTCAAGGAAAAGTGC

    750     .    :    .    :    .    :
    697 AAGGCTACTTGCCTATGTGAGAACAAAATTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 116389 AAGGCTACTTGCCTATGTGAGAACAAAATTTAC