seq1 = pF1KE6578.tfa, 312 bp
seq2 = pF1KE6578/gi568815596f_119267585.tfa (gi568815596f:119267585_119472315), 204731 bp

>pF1KE6578 312
>gi568815596f:119267585_119472315 (Chr2)

1-60  (100001-100060)   100% ->
61-178  (100604-100721)   100% ->
179-241  (103156-103218)   100% ->
242-312  (104661-104731)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGGGCGACCTCTGGCTCCTCCCGCCTGCCTCTGCCAATCCGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGGGCGACCTCTGGCTCCTCCCGCCTGCCTCTGCCAATCCGGGCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGACAGAG         GCTGAGTTTGAGAAAGCTGCAGAGGAGGTTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGACAGAGGTC...TAGGCTGAGTTTGAGAAAGCTGCAGAGGAGGTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCACCTTAAGACCAAGCCATCGGATGAGGAGATGCTGTTCATCTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100635 GGCACCTTAAGACCAAGCCATCGGATGAGGAGATGCTGTTCATCTATGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACTACAAACAAGCAACTGTGGGCGACATAAATACAG         AACG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100685 CACTACAAACAAGCAACTGTGGGCGACATAAATACAGGTA...AAGAACG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCCGGGATGTTGGACTTCACGGGCAAGGCCAAGTGGGATGCCTGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103160 GCCCGGGATGTTGGACTTCACGGGCAAGGCCAAGTGGGATGCCTGGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTGAAAG         GGACTTCCAAGGAAGATGCCATGAAAGCTTAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103210 AGCTGAAAGGTA...CAGGGACTTCCAAGGAAGATGCCATGAAAGCTTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .
    274 ATCAACAAAGTAGAAGAGCTAAAGAAAAAATACGGGATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104693 ATCAACAAAGTAGAAGAGCTAAAGAAAAAATACGGGATA