seq1 = pF1KE6568.tfa, 564 bp
seq2 = pF1KE6568/gi568815595f_68985048.tfa (gi568815595f:68985048_69204633), 219586 bp

>pF1KE6568 564
>gi568815595f:68985048_69204633 (Chr3)

1-176  (100001-100176)   100% ->
177-394  (116792-117009)   100% ->
395-564  (119417-119586)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGTTAATATCGCCCCACTCCGCGCCTGGGACGATTTCTTCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGTTAATATCGCCCCACTCCGCGCCTGGGACGATTTCTTCCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCGATCGCTTTGCCCGGCCGGACTTCAGGGACATTTCCAAATGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCGATCGCTTTGCCCGGCCGGACTTCAGGGACATTTCCAAATGGAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCGCGTAGTGAGCAACCTGCTCTATTACCAGACCAACTACCTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCGCGTAGTGAGCAACCTGCTCTATTACCAGACCAACTACCTGGTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGCCATGATGATTTCCATTGTGGG         GTTTCTGAGTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100151 GCTGCCATGATGATTTCCATTGTGGGGTA...CAGGTTTCTGAGTCCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAACATGATCCTGGGAGGAATCGTGGTGGTGCTGGTGTTCACAGGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116807 CAACATGATCCTGGGAGGAATCGTGGTGGTGCTGGTGTTCACAGGGTTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGGGCAGCCCACAATAAAGACGTCCTTCGCCGGATGAAGAAGCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116857 TGTGGGCAGCCCACAATAAAGACGTCCTTCGCCGGATGAAGAAGCGCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCACGACGTTCGTTATGGTGGTCATGTTGGCGAGCTATTTCCTTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116907 CCCACGACGTTCGTTATGGTGGTCATGTTGGCGAGCTATTTCCTTATCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATGTTTGGAGGAGTCATGGTCTTTGTGTTTGGCATTACTTTTCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116957 CATGTTTGGAGGAGTCATGGTCTTTGTGTTTGGCATTACTTTTCCTTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGT         TGATGTTTATCCATGCATCGTTGAGACTTCGGAACCTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117007 TGTGTA...CAGTGATGTTTATCCATGCATCGTTGAGACTTCGGAACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAACAAACTGGAGAATAAAATGGAAGGAATAGGTTTGAAGAGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119455 AAGAACAAACTGGAGAATAAAATGGAAGGAATAGGTTTGAAGAGGACACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GATGGGCATTGTCCTGGATGCCCTAGAACAGCAGGAAGAAGGCATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119505 GATGGGCATTGTCCTGGATGCCCTAGAACAGCAGGAAGAAGGCATCAACA

    550     .    :    .    :    .    :
    533 GACTCACTGACTATATCAGCAAAGTGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 119555 GACTCACTGACTATATCAGCAAAGTGAAGGAA