seq1 = pF1KE6567.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KE6567/gi568815575f_2652275.tfa (gi568815575f:2652275_2911452), 259178 bp

>pF1KE6567 543
>gi568815575f:2652275_2911452 (ChrX)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-103  (118276-118317)   100% ->
104-127  (122442-122465)   100% ->
128-190  (129792-129854)   100% ->
191-256  (137370-137439)   94% ->
257-325  (142261-142329)   100% ->
326-376  (145036-145086)   100% ->
377-412  (155911-155946)   100% ->
413-529  (159062-159178)   100% ->
530-543  (162090-162103)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCTGGTGGGGACTTCCCTGTCTTGCGTTCCTGTGTTTTCTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCTGGTGGGGACTTCCCTGTCTTGCGTTCCTGTGTTTTCTAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACGCCCGAG         GTCAAAGAGACTTTGATTTGGCAGATGCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACGCCCGAGGTA...TAGGTCAAAGAGACTTTGATTTGGCAGATGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGATGACCCTG         AACCCACCAAGAAGCCAAACTCAG     
        ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||>>>..
 118306 TTGATGACCCTGGTA...CAGAACCCACCAAGAAGCCAAACTCAGGTG..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    128     ATATCTACCCAAAGCCAAAACCACCTTACTACCCACAGCCCGAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122471 .CAGATATCTACCCAAAGCCAAAACCACCTTACTACCCACAGCCCGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TCCCGACAGCGGTGGAA         ATATCTACCCAAGGCCAAAGCCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129838 TCCCGACAGCGGTGGAAGTA...CAGATATCTACCCAAGGCCAAAGCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 GCCCTCAACCCCAGCCTGGCAATTCCGGCAACAGTGGAGGTA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||---->>>.
 137394 GCCCTCAACCCCAGCCTGGCAATTCCGGCAACAGTGGAGGTAATGAGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    257      GTTACTTCAATGATGTGGACCGTGATGACGGACGCTACCCGCCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137444 ..CAGGTTACTTCAATGATGTGGACCGTGATGACGGACGCTACCCGCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    302 GGCCCAGGCCACGGCCGCCTGCAG         GAGGTGGCGGCGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 142306 GGCCCAGGCCACGGCCGCCTGCAGGTA...CAGGAGGTGGCGGCGGTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    343 TACTCCAGTTATGGCAACTCCGACAACACGCACG         GTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 145053 TACTCCAGTTATGGCAACTCCGACAACACGCACGGTA...CAGGTGGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    384 TCACCATTCAACGTATGGCAATCCAGAAG         GCAATATGGTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 155918 TCACCATTCAACGTATGGCAATCCAGAAGGTA...CAGGCAATATGGTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425 CAAAAATCGTGTCTCCCATCGTATCCGTGGTGGTGGTGACACTGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159074 CAAAAATCGTGTCTCCCATCGTATCCGTGGTGGTGGTGACACTGCTGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475 GCAGCAGCCAGTTATTTCAAACTAAACAATAGGAGAAATTGTTTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159124 GCAGCAGCCAGTTATTTCAAACTAAACAATAGGAGAAATTGTTTCAGGAC

    600     .    :    .    :    .
    525 CCATG         AACCAGAAAATGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||
 159174 CCATGGTA...CAGAACCAGAAAATGTC