seq1 = pF1KE6565.tfa, 519 bp
seq2 = pF1KE6565/gi568815597r_97620891.tfa (gi568815597r:97620891_98020922), 400032 bp

>pF1KE6565 519
>gi568815597r:97620891_98020922 (Chr1)

(complement)

38-150  (137547-137659)   100% ==
232-321  (280442-280531)   100% ->
322-483  (299252-299413)   100% ->
484-519  (299997-300032)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     38 AGAGTATCCTGGCTTTAAATCCTCGAACACAAACTCATGCAACTCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137547 AGAGTATCCTGGCTTTAAATCCTCGAACACAAACTCATGCAACTCTGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88 TCCACTTCGGCCAAGAAATTAGACAAGAAACATTGGAAAAGAAATCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137597 TCCACTTCGGCCAAGAAATTAGACAAGAAACATTGGAAAAGAAATCCTGA

    100     .    :
    138 TAAGAACTGCTTT
        |||||||||||||
 137647 TAAGAACTGCTTT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232 AGATGCCTGAAATGTGCAGATGCCCCGTGTCAGAAGAGCTGTCCAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280442 AGATGCCTGAAATGTGCAGATGCCCCGTGTCAGAAGAGCTGTCCAACTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    282 TCTTGATATTAAATCATTCATCACAAGTATTGCAAACAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 280492 TCTTGATATTAAATCATTCATCACAAGTATTGCAAACAAGGTA...CAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    323 ACTATTATGGAGCTGCTAAGATGATATTTTCTGACAACCCACTTGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299253 ACTATTATGGAGCTGCTAAGATGATATTTTCTGACAACCCACTTGGTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    373 ACTTGTGGAATGGTATGTCCAACCTCTGATCTTTGTGTAGGTGGATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299303 ACTTGTGGAATGGTATGTCCAACCTCTGATCTTTGTGTAGGTGGATGCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    423 TTTATATGCCACTGAAGAGGGACCCATTAATATTGGTGGATTGCAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299353 TTTATATGCCACTGAAGAGGGACCCATTAATATTGGTGGATTGCAGCAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473 TTGCTACTGAG         ACTTTGATCCTGGCTTTCTCTTTAATGAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 299403 TTGCTACTGAGGTA...TAGACTTTGATCCTGGCTTTCTCTTTAATGAAT

    300     .
    514 CATTTG
        ||||||
 300027 CATTTG