seq1 = pF1KE6564.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE6564/gi568815582r_88709701.tfa (gi568815582r:88709701_88827254), 117554 bp

>pF1KE6564 540
>gi568815582r:88709701_88827254 (Chr16)

(complement)

1-80  (15356-15435)   100% ->
81-193  (15599-15709)   97% ->
194-321  (16705-16832)   100% ->
322-400  (17107-17185)   100% ->
401-540  (17415-17554)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGACTCCGAGCTGCAGCTGGTTGAGCAGCGGATCCGCAGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15356 ATGGCCGACTCCGAGCTGCAGCTGGTTGAGCAGCGGATCCGCAGCTTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACTTCCCCACCCCAGGCGTGGTATTCAG         GGACATCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  15406 CGACTTCCCCACCCCAGGCGTGGTATTCAGGTG...CAGGGACATCTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGTCCTGAAGGACCCCGCCTCCTTCCGCGCCGCCATCGGCCTCCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15610 CCGTCCTGAAGGACCCCGCCTCCTTCCGCGCCGCCATCGGCCTCCTGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGACACCTGAAGGCGACCCACGGGGGCCGCATCGACTACATCGCAGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| -
  15660 CGACACCTGAAGGCGACCCACGGGGGCCGCATCGACTACATCGCAGGCG 

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AG         ACTCCCGAGGCTTCCTCTTTGGCCCCTCCCTGGCCCAGG
        |->>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  15709 A GTG...TAGACTCCCGAGGCTTCCTCTTTGGCCCCTCCCTGGCCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTTGGACTGGGCTGCGTGCTCATCCGAAAGCGGGGGAAGCTGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  16744 AGCTTGGACTGGGCTGCGTGCTCATCCGAAAGCGGGGGAAGCTGCCAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCACTCTGTGGGCCTCCTATTCCCTGGAGTACGGGAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
  16794 CCCACTCTGTGGGCCTCCTATTCCCTGGAGTACGGGAAGGTA...CAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAGCTGGAGATTCAGAAAGACGCCCTGGAGCCAGGACAGAGGGTGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17109 TGAGCTGGAGATTCAGAAAGACGCCCTGGAGCCAGGACAGAGGGTGGTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCGTGGATGATCTGCTGGCCACTGGTG         GAACCATGAACGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  17159 TCGTGGATGATCTGCTGGCCACTGGTGGTA...CAGGAACCATGAACGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCTGTGAGCTGCTGGGCCGCCTGCAGGCTGAGGTCCTGGAGTGCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17429 GCCTGTGAGCTGCTGGGCCGCCTGCAGGCTGAGGTCCTGGAGTGCGTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGGTGGAGCTGACCTCGCTTAAGGGCAGGGAGAAGCTGGCACCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  17479 CCTGGTGGAGCTGACCTCGCTTAAGGGCAGGGAGAAGCTGGCACCTGTAC

    550     .    :    .    :    .
    515 CCTTCTTCTCTCTCCTGCAGTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||
  17529 CCTTCTTCTCTCTCCTGCAGTATGAG