seq1 = pF1KE6556.tfa, 462 bp
seq2 = pF1KE6556/gi568815586f_9569735.tfa (gi568815586f:9569735_9792932), 223198 bp

>pF1KE6556 462
>gi568815586f:9569735_9792932 (Chr12)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-172  (111189-111299)   98% ->
173-357  (118168-118352)   100% ->
358-462  (123094-123198)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATGACAGTAACAATGTGGAGAAAGACATTACACCATCTGAATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATGACAGTAACAATGTGGAGAAAGACATTACACCATCTGAATTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCAAACCCAG         GTTGTGTGCATTCAAAAGAGCATTCTATTA
        |||||||||||>>>...>>>||||| ||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCAAACCCAGGTA...CAGGTTGTCTGCATTCAAAAGAGCATTCTATTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGCTACCTTAATTTGGCGCTTATTTTTCTTAATCATGTTTCTGACAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111219 AAGCTACCTTAATTTGGCGCTTATTTTTCTTAATCATGTTTCTGACAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAGTGTGTGGAATGGTTGCTGCTTTAAGTG         CAATAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||| |>>>...>>>||||||||||
 111269 ATAGTGTGTGGAATGGTTGCTGCTTTAAGCGGTA...CAGCAATAAGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAACTGCCATCAAGAGCCATCAGTATGTCTTCAAGCTGCATGCCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118178 TAACTGCCATCAAGAGCCATCAGTATGTCTTCAAGCTGCATGCCCAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTGGATTGGTTTTCAAAGAAAGTGTTTCTATTTTTCTGATGACACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118228 GCTGGATTGGTTTTCAAAGAAAGTGTTTCTATTTTTCTGATGACACCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTGGACATCAAGTCAGAGGTTTTGTGACTCACAAGATGCTGATCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118278 AACTGGACATCAAGTCAGAGGTTTTGTGACTCACAAGATGCTGATCTTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGGTTGAAAGCTTCCAGGAACTG         AATTTCCTGTTGAGAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 118328 TCAGGTTGAAAGCTTCCAGGAACTGGTA...AAGAATTTCCTGTTGAGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATAAAGGCCCATCTGATCACTGGATTGGGCTGAGCAGAGAACAAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123110 ATAAAGGCCCATCTGATCACTGGATTGGGCTGAGCAGAGAACAAGGCCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .
    424 CCATGGAAATGGATAAATGGTACTGAATGGACAAGACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123160 CCATGGAAATGGATAAATGGTACTGAATGGACAAGACAG