seq1 = pF1KE6554.tfa, 456 bp
seq2 = pF1KE6554/gi568815589r_93024911.tfa (gi568815589r:93024911_93234217), 209307 bp

>pF1KE6554 456
>gi568815589r:93024911_93234217 (Chr9)

(complement)

1-75  (100001-100075)   100% ->
76-304  (107580-107808)   100% ->
305-456  (109156-109307)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCGGGAACCGAGGAGTACGAGCTCAACGGCGGCCTGCCTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTCGGGAACCGAGGAGTACGAGCTCAACGGCGGCCTGCCTCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACACCCGGCTCCCCGGACGCCTCG         CCGGCCCGCTGGGGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100051 CACACCCGGCTCCCCGGACGCCTCGGTA...CAGCCGGCCCGCTGGGGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGAGGCACGGGCCCATCAACGTGAACCATTACGCCAGCAAGAAGAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107596 GGAGGCACGGGCCCATCAACGTGAACCATTACGCCAGCAAGAAGAGCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCGAGAGCATGCTGGACATCGCGCTGCTGATGGCCAACGCGTCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107646 GCCGAGAGCATGCTGGACATCGCGCTGCTGATGGCCAACGCGTCCCAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAGGCCGTCGTGGAACAGGGCCCCAGCTTCGCCTTCTATGTGCCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107696 GAAGGCCGTCGTGGAACAGGGCCCCAGCTTCGCCTTCTATGTGCCCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTCCTCATCTCCATCTCCCTTGTGCTGCAGATCGGCGTGGGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107746 TGGTCCTCATCTCCATCTCCCTTGTGCTGCAGATCGGCGTGGGGGTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCATCTTCCTTG         TCAAGTACGACCTTAACAACCCGGCCAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107796 CTCATCTTCCTTGGTA...CAGTCAAGTACGACCTTAACAACCCGGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCACGCCAAGCTGGACTTCCTCAACAACCTGGCCACGGGCCTGGTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109184 GCACGCCAAGCTGGACTTCCTCAACAACCTGGCCACGGGCCTGGTGTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATCGTGGTAGTCAACATCTTCATCACGGCCTTCGGGGTCCAGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109234 TCATCGTGGTAGTCAACATCTTCATCACGGCCTTCGGGGTCCAGAAGCCC

    450     .    :    .    :
    433 TTGATGGACATGGCACCCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||
 109284 TTGATGGACATGGCACCCCAGCAG