seq1 = pF1KE6548.tfa, 324 bp
seq2 = pF1KE6548/gi568815577f_42793334.tfa (gi568815577f:42793334_43009018), 215685 bp

>pF1KE6548 324
>gi568815577f:42793334_43009018 (Chr21)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-169  (103594-103714)   100% ->
170-324  (115531-115685)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCCCGTGTTTGCTGCGGCAAGGACGAGCCGGGGCGCTGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCTGCCCCGTGTTTGCTGCGGCAAGGACGAGCCGGGGCGCTGAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        ACTATGCTCCAGGAAGCCCAGGTGTTTCGAGGACTTGCTTCTA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGACTATGCTCCAGGAAGCCCAGGTGTTTCGAGGACTTGCTTCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGTTTCTTTGTCTGCGGAATCAGGGAAGAGTGAAAAGGGTCAGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103637 CGGTTTCTTTGTCTGCGGAATCAGGGAAGAGTGAAAAGGGTCAGCCACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATTCCAAGAAGCAAAGTCCACCAAAAA         AGCCAGCCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103687 AATTCCAAGAAGCAAAGTCCACCAAAAAGTA...CAGAGCCAGCCCCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCCTGCTGAGCCGTTTGACAACACTACCTACAAGAACCTGCAGCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115544 GCCTGCTGAGCCGTTTGACAACACTACCTACAAGAACCTGCAGCATCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACTACAGCACGTACACCTTCTTAGACCTCAACCTCGAACTCTCAAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115594 ACTACAGCACGTACACCTTCTTAGACCTCAACCTCGAACTCTCAAAATTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGATGCCTCAGCCCTCCTCAGGCCGGGAGTCACCTCGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115644 AGGATGCCTCAGCCCTCCTCAGGCCGGGAGTCACCTCGACAC