seq1 = pF1KE6547.tfa, 303 bp
seq2 = pF1KE6547/gi568815579f_44848479.tfa (gi568815579f:44848479_45049246), 200768 bp

>pF1KE6547 303
>gi568815579f:44848479_45049246 (Chr19)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-215  (100223-100382)   99% ->
216-303  (100681-100768)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACACGACTCCTCCCAGCTCTGTTTCTTGTCCTCCTGGTATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCACACGACTCCTCCCAGCTCTGTTTCTTGTCCTCCTGGTATTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTTG         AGGTCCAGGGGACCCAACAGCCCCAGCAAGATGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTTGGTG...CAGAGGTCCAGGGGACCCAACAGCCCCAGCAAGATGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCTAGCCCGACCCTCCTCACCCAGGTGAAGGAATCTCTCTCCAGTTAC
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100259 TGCCTAGCCCGACCTTCCTCACCCAGGTGAAGGAATCTCTCTCCAGTTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGGAGTCAGCAAAGACAGCCGCCCAGAACCTGTACGAGAAGACATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100309 TGGGAGTCAGCAAAGACAGCCGCCCAGAACCTGTACGAGAAGACATACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCCGCTGTAGATGAGAAACTCAG         GGACTTGTACAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100359 GCCCGCTGTAGATGAGAAACTCAGGTA...CAGGGACTTGTACAGCAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCACAGCAGCCATGAGCACTTACACAGGCATTTTTACTGACCAAGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 GCACAGCAGCCATGAGCACTTACACAGGCATTTTTACTGACCAAGTTCTT

    300     .    :    .    :
    283 TCTGTGCTGAAGGGAGAGGAG
        |||||||||||||||||||||
 100748 TCTGTGCTGAAGGGAGAGGAG