seq1 = pF1KE6545.tfa, 303 bp
seq2 = pF1KE6545/gi568815596f_46518773.tfa (gi568815596f:46518773_46724224), 205452 bp

>pF1KE6545 303
>gi568815596f:46518773_46724224 (Chr2)

1-16  (98511-98526)   100% ->
17-82  (100001-100066)   100% ->
83-137  (100855-100909)   100% ->
138-241  (104992-105095)   100% ->
242-303  (105391-105452)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGCGAAAAAT         GTGAAAAGAAACTTGGTACTGTTAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  98511 ATGGTGTGCGAAAAATGTG...CAGGTGAAAAGAAACTTGGTACTGTTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACTCCAGATACATGGAAAGATGGTGCTAGGAATACCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100026 CACTCCAGATACATGGAAAGATGGTGCTAGGAATACCACAGGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AAAGTGGTGGAAGAAAGCTGAATGAAAATAAAGCTTTGACTTCAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100855 AAAGTGGTGGAAGAAAGCTGAATGAAAATAAAGCTTTGACTTCAAAAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GCAAG         ATTTGATCCATATGGAAAGAATAAGTTCTCCACTTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100905 GCAAGGTG...TAGATTTGATCCATATGGAAAGAATAAGTTCTCCACTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TAGAATTTGTAAAAGTTCTGTGCACCAACCAGGTTCTCATTACTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105028 TAGAATTTGTAAAAGTTCTGTGCACCAACCAGGTTCTCATTACTGCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCTGTGCCTACAAAAAAG         GCATCTGTGCGATGTGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105078 GCTGTGCCTACAAAAAAGGTA...CAGGCATCTGTGCGATGTGTGGAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .
    265 AAGGTTTTGGATACCAAAAACTACAAGCAAACATCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105414 AAGGTTTTGGATACCAAAAACTACAAGCAAACATCTGTC