seq1 = pF1KE6539.tfa, 273 bp
seq2 = pF1KE6539/gi568815577f_38022332.tfa (gi568815577f:38022332_38256399), 234068 bp

>pF1KE6539 273
>gi568815577f:38022332_38256399 (Chr21)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-177  (132084-132198)   91% ->
178-273  (133973-134068)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGAGCCTGGACCCAACTTTGTTACTGTGAGAAAGGGTCTTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGAGCCTGGACCCAACTTTGTTACTGTGAGAAAGGGTCTTCATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTCAAGATGGCATTT             GTTAAG CACCTACTGCTGGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>---- ||  |-|||||| -||||||
 100051 ATTCAAGATGGCATTTGTT...CAGTCTCTTTCTGTCACCTAG GCTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     87 GTGCAGTGGTTCAATCACGGATCACTGCAGCCTCCACCTCCCAGTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132108 GTGCAGTGGTTCAATCACGGATCACTGCAGCCTCCACCTCCCAGTTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137 AAATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGCAGCTAGGATTACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 132158 AAATTCTCATGTCTCAGCCTCCTGAGCAGCTAGGATTACAGGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    178 ACAAACCTTGGAAATCAAGAAAGTTCTGGAATGATGAAGCTGTTCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133973 ACAAACCTTGGAAATCAAGAAAGTTCTGGAATGATGAAGCTGTTCATGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    228 AAGACCGAAAGTGCTGGCCCAGTATGAGTCCATTCAGTTCATGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134023 AAGACCGAAAGTGCTGGCCCAGTATGAGTCCATTCAGTTCATGCCG