seq1 = pF1KE6533.tfa, 336 bp
seq2 = pF1KE6533/gi568815592r_35695149.tfa (gi568815592r:35695149_35897288), 202140 bp

>pF1KE6533 336
>gi568815592r:35695149_35897288 (Chr6)

(complement)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-207  (101436-101558)   100% ->
208-336  (102012-102140)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAAGATCCTGATCCTCCTGCTTGTCGCCCTCTCTGTGGCCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAAGATCCTGATCCTCCTGCTTGTCGCCCTCTCTGTGGCCTATGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTCCTGGCCCCCGGGGGATCATTATCAACCTG         GAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 AGCTCCTGGCCCCCGGGGGATCATTATCAACCTGGTA...CAGGAGAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAGCTCTGCATGAATAGTGCCCAGTGTAAGAGCAATTGCTGCCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101443 GTGAGCTCTGCATGAATAGTGCCCAGTGTAAGAGCAATTGCTGCCAGCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAAGTGCGCTGGGCCTGGCCCGCTGCACATCCATGGCCAGCGAGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101493 TCAAGTGCGCTGGGCCTGGCCCGCTGCACATCCATGGCCAGCGAGAACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAGTGCTCTGTCAAG         ACGCTCTATGGGATTTACTACAAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101543 CGAGTGCTCTGTCAAGGTG...CAGACGCTCTATGGGATTTACTACAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCCCTGTGAGCGTGGCCTGACCTGTGAGGGAGACAAGACCATCGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 GTCCCTGTGAGCGTGGCCTGACCTGTGAGGGAGACAAGACCATCGTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCATCACCAACACCAACTTTGGCATCTGCCATGACGCTGGACGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102087 TCCATCACCAACACCAACTTTGGCATCTGCCATGACGCTGGACGCTCCAA

    350 
    333 GCAG
        ||||
 102137 GCAG