seq1 = pF1KE6532.tfa, 552 bp
seq2 = pF1KE6532/gi568815595f_48922145.tfa (gi568815595f:48922145_49123169), 201025 bp

>pF1KE6532 552
>gi568815595f:48922145_49123169 (Chr3)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-270  (100202-100394)   100% ->
271-337  (100558-100624)   100% ->
338-438  (100732-100832)   100% ->
439-552  (100912-101025)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCGCTCTCGCGCTACGTAGCTTGTACCGAGCGCGACCCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCGCTCTCGCGCTACGTAGCTTGTACCGAGCGCGACCCTCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCTGTCCGCCCGTTGAGCTTCCCTG         GGCCCCGCGGCGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 GCGCTGTCCGCCCGTTGAGCTTCCCTGGTG...CAGGGCCCCGCGGCGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCATCGGCTCTCGCCGGCGGATGACGAGCTGTATCAGCGGACGCGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100216 GGCATCGGCTCTCGCCGGCGGATGACGAGCTGTATCAGCGGACGCGCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTCTGCTGCAACGCGAGGCCGCTCAGGCAATGTACATCGACAGCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100266 TCTCTGCTGCAACGCGAGGCCGCTCAGGCAATGTACATCGACAGCTACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCGCGGCTTCATGATAAACGGAAACCGCGTGCTCGGCCCCTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100316 CAGCCGCGGCTTCATGATAAACGGAAACCGCGTGCTCGGCCCCTGCGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCTCCCGCACTCGGTGGTGCAGTGGAAC         GTGGGATCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100366 TGCTCCCGCACTCGGTGGTGCAGTGGAACGTG...CAGGTGGGATCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGGACATCACCGAAGACAGCTTTTCCCTCTTCTGGTTGCTGGAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100570 CAGGACATCACCGAAGACAGCTTTTCCCTCTTCTGGTTGCTGGAGCCCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATAG         AGATCGTGGTGGTGGGGACTGGAGACCGGACCGAGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100620 GATAGGTA...TAGAGATCGTGGTGGTGGGGACTGGAGACCGGACCGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCTGCAGTCCCAGGTGCTTCAAGCCATGAGGCAGCGGGGCATTGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 GGCTGCAGTCCCAGGTGCTTCAAGCCATGAGGCAGCGGGGCATTGCTGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGTGCAGGACACG         CCCAATGCCTGTGCCACCTTCAACTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100818 GAAGTGCAGGACACGGTG...CAGCCCAATGCCTGTGCCACCTTCAACTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGTGTCATGAAGGCCGAGTAACTGGAGCTGCTCTCATCCCTCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100938 CCTGTGTCATGAAGGCCGAGTAACTGGAGCTGCTCTCATCCCTCCACCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .
    515 GAGGGACTTCACTTACATCTTTGGGCCAAGCTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100988 GAGGGACTTCACTTACATCTTTGGGCCAAGCTGCTCAA