seq1 = pF1KE6526.tfa, 450 bp
seq2 = pF1KE6526/gi568815593f_54355790.tfa (gi568815593f:54355790_54556239), 200450 bp

>pF1KE6526 450
>gi568815593f:54355790_54556239 (Chr5)

1-450  (100001-100450)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAAAATCATTTTGAGGCACCTCATAGAGATTCCAGTGCGTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAAAATCATTTTGAGGCACCTCATAGAGATTCCAGTGCGTTACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGAGTTTGAAGCTCGAGGTCTAGAAGACTGCAGGCTGGATCATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAGTTTGAAGCTCGAGGTCTAGAAGACTGCAGGCTGGATCATGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TATATGCACTGCCTGGGCCAACCATCGTGGACCTGAGGAAAACCAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TATATGCACTGCCTGGGCCAACCATCGTGGACCTGAGGAAAACCAGGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCAGTCTCCTCCAGTGGACTCAGCGGCAGAGACGCCACCCCGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGCAGTCTCCTCCAGTGGACTCAGCGGCAGAGACGCCACCCCGAGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAATCCCACTTTCAGATCCTGCTGGACGTGGTCCAGTTCCTCCCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAATCCCACTTTCAGATCCTGCTGGACGTGGTCCAGTTCCTCCCTGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATCATCATTCAGACCTTCGAAGGCTGGCTACTGATAAAAGCACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 100251 ACATCATCATTCAGACCTTCGAAGGCTGGCTGCTGATAAAAGCACAACAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAACCAGAATGGATGAGCACGGTTTTATCTCAAGAAGCTTCACCCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAACCAGAATGGATGAGCACGGTTTTATCTCAAGAAGCTTCACCCGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTACAAACTACCAGATGGCGTGGAAATCAAAGATTTGTCTGCAGTCCTCT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTACAAACTACCAGATGGTGTGGAAATCAAAGATTTGTCTGCAGTCCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTCATGATGGAATTTTGGTGGTGGAAGTAAAGGATCCAGTTGGGACTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTCATGATGGAATTTTGGTGGTGGAAGTAAAGGATCCAGTTGGGACTAAG