seq1 = pF1KE6517.tfa, 636 bp
seq2 = pF1KE6517/gi568815587f_73705025.tfa (gi568815587f:73705025_73964367), 259343 bp

>pF1KE6517 636
>gi568815587f:73705025_73964367 (Chr11)

1-21  (82948-82968)   95% ->
22-74  (100003-100055)   100% ->
75-112  (103289-103326)   100% ->
113-201  (120684-120772)   100% ->
202-371  (139783-139952)   100% ->
372-474  (154883-154985)   100% ->
475-564  (158148-158237)   100% ->
565-636  (159272-159343)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGGAACCTTGGGAAAG         GTGCTGTGCCTGAGGAACAA
        |||||||||||||||| ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  82948 ATGAGCGGAACCTTGGAAAAGGTA...TAGGTGCTGTGCCTGAGGAACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TACCATTTTTAAGCAAGCCTTTTCTCTCTTAAG         GTTTAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100023 TACCATTTTTAAGCAAGCCTTTTCTCTCTTAAGGTA...TAGGTTTAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CTTCAGGAGAGAAGCCCATCTATTCTGTAG         GTGGAATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 103297 CTTCAGGAGAGAAGCCCATCTATTCTGTAGGTA...TAGGTGGAATTCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 CTAAGTATCAGTCGGCCCTACAAGACAAAGCCCACCCACGGCATTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120695 CTAAGTATCAGTCGGCCCTACAAGACAAAGCCCACCCACGGCATTGGAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GTACAAGCACTTAATTAAAGCAGAAGAG         CCCAAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 120745 GTACAAGCACTTAATTAAAGCAGAAGAGGTA...CAGCCCAAGAAGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 AGGGAAAAGTGGAAGTGAGAGCCATTAATTTGGGGACAGATTATGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139796 AGGGAAAAGTGGAAGTGAGAGCCATTAATTTGGGGACAGATTATGAATAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GGGGTTTTAAATATTCATCTGACTGCATATGATATGACCCTGGCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139846 GGGGTTTTAAATATTCATCTGACTGCATATGATATGACCCTGGCAGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTATGCCCAGTATGTTCACAACCTCTGCAACTCTCTCTCCATTAAAGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139896 TTATGCCCAGTATGTTCACAACCTCTGCAACTCTCTCTCCATTAAAGTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGGAAAG         TTATGCAATGCCAACCAAAACCATAGAAGTGTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139946 AGGAAAGGTA...CAGTTATGCAATGCCAACCAAAACCATAGAAGTGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 CAGTTGCAGGACCAAGGCAGCAAAATGCTCCTGGACTCAGTGCTTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154917 CAGTTGCAGGACCAAGGCAGCAAAATGCTCCTGGACTCAGTGCTTACCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCATGAGCGAGTGGTTCAG         ATCAGCGGTTTGAGTGCTACGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 154967 CCATGAGCGAGTGGTTCAGGTA...CAGATCAGCGGTTTGAGTGCTACGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTGCAGAAATTTTCTTGGAAATAATCCAAAGCAGTCTTCCTGAAGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158170 TTGCAGAAATTTTCTTGGAAATAATCCAAAGCAGTCTTCCTGAAGGAGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGACTGTCAGTGAAGGAG         CACACTGAAGAAGACTTCAAGGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 158220 AGACTGTCAGTGAAGGAGGTA...TAGCACACTGAAGAAGACTTCAAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    588 ACGATTCAAAGCTCGACCAGAACTGGAAGAACTGTTGGCCAAGTTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159295 ACGATTCAAAGCTCGACCAGAACTGGAAGAACTGTTGGCCAAGTTGAAG