seq1 = pF1KE6516.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KE6516/gi568815586f_65208580.tfa (gi568815586f:65208580_65563319), 354740 bp

>pF1KE6516 555
>gi568815586f:65208580_65563319 (Chr12)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-185  (118247-118355)   100% ->
186-263  (119947-120024)   100% ->
264-292  (160419-160447)   100% ->
293-390  (245149-245246)   100% ->
391-555  (254576-254740)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGCATTCAACCTGCTGCATTTGGTGACAAAGAGCCAGCCAGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGCATTCAACCTGCTGCATTTGGTGACAAAGAGCCAGCCAGTAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTCGAGCCTGTGGGCTTCCCTCAG         GGTCGTGTAGGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CCTTCGAGCCTGTGGGCTTCCCTCAGGTT...CAGGGTCGTGTAGGGATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAAGAACTGTAAGGTGGTCTTTTCCCAGCAGGAACTGAGGAAGCGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118262 AAAAGAACTGTAAGGTGGTCTTTTCCCAGCAGGAACTGAGGAAGCGGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACACCCCTGCAGTACCATGTCACTCAGGAGAAAGGGACCGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 118312 ACACCCCTGCAGTACCATGTCACTCAGGAGAAAGGGACCGAAAGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    TGCCTTTGAAGGAGAATACACACATCACAAAGATCCTGGAATATATA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119944 CAGTGCCTTTGAAGGAGAATACACACATCACAAAGATCCTGGAATATATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATGTGTTGTTTGTGGAACTCCATTGTTTAA         GTCAGAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 119994 AATGTGTTGTTTGTGGAACTCCATTGTTTAAGTA...CAGGTCAGAAACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAATTTGACTCCGGTTCAG         GTTGGCCTTCATTCCACGATGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 160429 AAATTTGACTCCGGTTCAGGTA...CAGGTTGGCCTTCATTCCACGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GATCAATTCTGAGGCAATCACATTCACAGATGACTTTTCCTATGGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245171 GATCAATTCTGAGGCAATCACATTCACAGATGACTTTTCCTATGGGATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACAGGGTGGAAACAAGCTGCTCTCAG         TGTGGTGCTCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 245221 ACAGGGTGGAAACAAGCTGCTCTCAGGTG...CAGTGTGGTGCTCACCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GGGCACATTTTTGATGATGGGCCTCGTCCAACTGGGAAAAGATACTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254591 GGGCACATTTTTGATGATGGGCCTCGTCCAACTGGGAAAAGATACTGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAATTCGGCTGCCTTGTCTTTTACACCTGCGGATAGCAGTGGCACCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254641 AAATTCGGCTGCCTTGTCTTTTACACCTGCGGATAGCAGTGGCACCGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGGAGGCAGTGGGGTCGCCAGCCCGGCCCAGGCAGACAAAGCGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254691 AGGGAGGCAGTGGGGTCGCCAGCCCGGCCCAGGCAGACAAAGCGGAGCTC