seq1 = pF1KE6508.tfa, 525 bp
seq2 = pF1KE6508/gi568815593f_53460663.tfa (gi568815593f:53460663_53783218), 322556 bp

>pF1KE6508 525
>gi568815593f:53460663_53783218 (Chr5)

1-98  (100001-100098)   98% ->
99-177  (142790-142868)   98% ->
178-350  (185571-185743)   98% ->
351-424  (197889-197962)   100% ->
425-525  (222456-222556)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGTCTCAATGTCAGTGGTACTGAGGCAGACGTTGTGGCGGAG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGTGTCAATGTCAGTGGTACTGAGGCAGACGTTGTGGCGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAGGGCAGTGGCTGTAGCTGCCCTTTCCGTTTCCAGGGTTCCGACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 AAGGGCAGTGGCTGTAGCTGCCCTTTCCGTTTCCAGGGTTCCGACCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        GTCGTTGAGGACTTCCTCATGGAGATTGGCACAGGACCAGACT
        >...>>>|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100101 A...CAGGTCGTTGAGGACTTCCACATGGAGATTGGCACAGGACCAGACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAAGACACACAACTCATAACAGTTGATGAAAAATTG         GATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 142833 CAAGACACACAACTCATAACAGTTGATGAAAAATTGGTA...TAGGATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACTACTTTAACTGGCGTTCCAGAAGAGCATATAAAAACTAGAAAAGTCA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185576 CACTACTTTAACTGGAGTTCCAGAAGAGCATATAAAAACTAGAAAAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGATCTTTGTTCCTGCTCGCAATAACATGCAGTCTGGAGTAAACAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185626 GGATCTTTGTTCCTGCTCGCAATAACATGCAGTCTGGAGTAAACAACACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAAATGGAAGATGGAGTTTGATACCAGGGAGCGATGGGAAAATCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 185676 AAGAAATGGAAGATGGAGTTTGATACCAGAGAGCGATGGGAAAATCCTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GATGGGTTGGGCATCAAC         GGCTGATCCCTTATCCAACATGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 185726 GATGGGTTGGGCATCAACGTG...CAGGGCTGATCCCTTATCCAACATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCTAACCTTCAGTACTAAAGAAGATGCAGTTTCCTTTGCAGAAAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197912 TTCTAACCTTCAGTACTAAAGAAGATGCAGTTTCCTTTGCAGAAAAAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 G         GATGGAGCTATGACATTGAAGAGAGGAAGGTTCCAAAACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197962 GGTA...TAGGATGGAGCTATGACATTGAAGAGAGGAAGGTTCCAAAACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAGTCCAAGTCTTATGGTGCAAACTTTTCTTGGAACAAAAGAACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222496 CAAGTCCAAGTCTTATGGTGCAAACTTTTCTTGGAACAAAAGAACAAGAG

    550     .    :
    515 TATCCACAAAA
        |||||||||||
 222546 TATCCACAAAA