seq1 = pF1KE6507.tfa, 630 bp
seq2 = pF1KE6507/gi568815589f_68935783.tfa (gi568815589f:68935783_69172759), 236977 bp

>pF1KE6507 630
>gi568815589f:68935783_69172759 (Chr9)

1-165  (100001-100165)   99% ->
166-263  (110603-110700)   100% ->
264-384  (117358-117478)   100% ->
385-482  (129156-129253)   100% ->
483-630  (136830-136977)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGACTCTCGGGCGCCGCGCAGTAGCCGGCCTCCTGGCGTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGACTCTCGGGCGCCGCGCAGTAGCCGGCCTCCTGGCGTCACCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGCCCAGGCCCAGACCCTCACCCGGGTCCCGCGGCCGGCAGAGTTGG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAGCCCAGGCCCAGACCCTCACCCGGGTCCCGCGGCCGGCAGAGTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCACTCTGCGGCCGCCGTGGCCTGCGCACCGACATCGATGCGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCACTCTGCGGCCGCCGTGGCCTGCGCACCGACATCGATGCGACCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCCCCGCCGCGCA         AGTTCGAACCAACGTGGCCTCAACCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCCCCGCCGCGCAGTA...CAGAGTTCGAACCAACGTGGCCTCAACCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTTGGAATGTCAAAAAGCAGAGTGTCTATTTGATGAATTTGAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110629 GATTTGGAATGTCAAAAAGCAGAGTGTCTATTTGATGAATTTGAGGAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGAACTTTGGGCCACCCAGG         CTCTCTAGATGAGACCACC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110679 CTGGAACTTTGGGCCACCCAGGGTA...CAGCTCTCTAGATGAGACCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGAAAGACTAGCAGAGGAAACGCTGGACTCTTTAGCAGAGTTTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117377 TATGAAAGACTAGCAGAGGAAACGCTGGACTCTTTAGCAGAGTTTTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGACCTTGCAGACAAGCCATACACGTTTGAGGACTATGATGTCTCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117427 AGACCTTGCAGACAAGCCATACACGTTTGAGGACTATGATGTCTCCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GG         AGTGGTGTCTTAACTGTCAAACTGGGTGGAGATCTAGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117477 GGGTA...TAGAGTGGTGTCTTAACTGTCAAACTGGGTGGAGATCTAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACCTATGTGATCAACAAGCAGACGCCAAACAAGCAAATCTGGCTATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129195 ACCTATGTGATCAACAAGCAGACGCCAAACAAGCAAATCTGGCTATCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCATCCAG         TGGACCTAAGCGTTATGACTGGACTGGGAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 129245 TCCATCCAGGTA...CAGTGGACCTAAGCGTTATGACTGGACTGGGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTGGGTGTACTCCCACGACGGCGTGTCCCTCCATGAGCTGCTGGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136862 ACTGGGTGTACTCCCACGACGGCGTGTCCCTCCATGAGCTGCTGGCCGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCTCACTAAAGCCTTAAAAACCAAACTGGACTTGTCTTCCTTGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136912 GAGCTCACTAAAGCCTTAAAAACCAAACTGGACTTGTCTTCCTTGGCCTA

    650     .    :    .
    615 TTCCGGAAAAGATGCT
        ||||||||||||||||
 136962 TTCCGGAAAAGATGCT