seq1 = pF1KE6491.tfa, 1800 bp
seq2 = pF1KE6491/gi568815579f_13854338.tfa (gi568815579f:13854338_14060992), 206655 bp

>pF1KE6491 1800
>gi568815579f:13854338_14060992 (Chr19)

1-132  (98176-98307)   100% ->
133-230  (100003-100100)   100% ->
231-366  (100189-100324)   100% ->
367-473  (101575-101681)   100% ->
474-613  (101786-101925)   100% ->
614-784  (102015-102185)   100% ->
785-1219  (104708-105142)   100% ->
1220-1311  (105245-105336)   100% ->
1312-1440  (105430-105558)   100% ->
1441-1526  (105647-105732)   100% ->
1527-1631  (105950-106054)   100% ->
1632-1747  (106128-106243)   100% ->
1748-1800  (106603-106655)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCCAGCTCGAAATCGGAGCGGAACAGCGGGGCTGGGAGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  98176 ATGGCGCCCAGCTCGAAATCGGAGCGGAACAGCGGGGCTGGGAGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGCCCCGGGGGAGCCGGAGGGAAGCGGGCAGCAGGGCGGCGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  98226 CGGCGGCCCCGGGGGAGCCGGAGGGAAGCGGGCAGCAGGGCGGCGGCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCACGTCCTCAAGCAGCTGGAGCGGGTCAAG         ATCAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  98276 AGCACGTCCTCAAGCAGCTGGAGCGGGTCAAGGTG...CAGATCAGCGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCTCTCCCCTCGCCTCTTCCGGAAGCTGCCTCCCCGGGTGTGCGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 CAGCTCTCCCCTCGCCTCTTCCGGAAGCTGCCTCCCCGGGTGTGCGTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCAAGAACATTGTGGATGAGGACTTCCTCTATGCAGG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100062 CCTCAAGAACATTGTGGATGAGGACTTCCTCTATGCAGGGTG...CAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATATCTTCCTGGGCTTTTCCAAATGCGGCCGCTACGTCCTCTCCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100191 ATATCTTCCTGGGCTTTTCCAAATGCGGCCGCTACGTCCTCTCCTACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGCAGCAGTGGGGATGACGACTTCTCCTTCTACATCTACCATCTGTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100241 AGCAGCAGTGGGGATGACGACTTCTCCTTCTACATCTACCATCTGTACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGGGAGTTCAACGTTCACAGCAAGCTCAAGCTG         GTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100291 GTGGGAGTTCAACGTTCACAGCAAGCTCAAGCTGGTA...CAGGTCCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTTCGGCTATTCCAGGACGAGGAGATCTACAGCGACCTGTACCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101582 AGGTTCGGCTATTCCAGGACGAGGAGATCTACAGCGACCTGTACCTGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTATGCGAGTGGCCCAGCGACGCCTCCAAGGTCATCGTCTTCGGCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101632 GTATGCGAGTGGCCCAGCGACGCCTCCAAGGTCATCGTCTTCGGCTTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474          CACCCGCTCGGCCAACGGGATGCTCATGAACATGATGATGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101682 GTG...CAGCACCCGCTCGGCCAACGGGATGCTCATGAACATGATGATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAGTGACGAGAACCACCGTGACATCTACGTCAGCACCGTGGCCGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101827 TGAGTGACGAGAACCACCGTGACATCTACGTCAGCACCGTGGCCGTGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCGCCAGGCCGCTGTGCTGCTTGCCAGGATGCCAGCCGAGCCCACCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 101877 CCGCCAGGCCGCTGTGCTGCTTGCCAGGATGCCAGCCGAGCCCACCCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614         GAGACCCGAATGCACAGTGCCTACGGCATGGCTTCATGCTGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101927 TG...CAGGAGACCCGAATGCACAGTGCCTACGGCATGGCTTCATGCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACACCAAGTACCAGGTGGTCTACCCCTTCCCCACCTTCCAGCCCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102057 ACACCAAGTACCAGGTGGTCTACCCCTTCCCCACCTTCCAGCCCGCCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAGCTCAAGAAGGACCAGGTGGTGCTGCTCAACACCAGCTACTCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102107 CAGCTCAAGAAGGACCAGGTGGTGCTGCTCAACACCAGCTACTCCCTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCCTGCGCCGTCTCCGTCCACTCGGCAG         GTGACAGGAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102157 GGCCTGCGCCGTCTCCGTCCACTCGGCAGGTA...TAGGTGACAGGAGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTGCCAAATCCTGTATGACCACAGCACCTGCCCCCTGGCGCCTGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104720 TCTGCCAAATCCTGTATGACCACAGCACCTGCCCCCTGGCGCCTGCCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCCCTGAGCCCCAGAGCCCAGAGCTGCCCCCTGCCCTCCCCAGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104770 CCCCCTGAGCCCCAGAGCCCAGAGCTGCCCCCTGCCCTCCCCAGCTTCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTGAGGCGGCCCCAGCCCGTTCTTCTGGGTCTCCTGAGCCCTCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104820 CCCTGAGGCGGCCCCAGCCCGTTCTTCTGGGTCTCCTGAGCCCTCGCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCATTGCCAAAGCCAAGGAGTTTGTGGCTGACATCTTCCGCCGGGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104870 CCATTGCCAAAGCCAAGGAGTTTGTGGCTGACATCTTCCGCCGGGCCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGGCCAAGGGCGGGGTCCCTGAGGAAGCCCGGCCTGCCCTGTGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104920 GAGGCCAAGGGCGGGGTCCCTGAGGAAGCCCGGCCTGCCCTGTGCCCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACCCTCTGGCAGCCGCTGCCGTGCGCACTCTGAGCCCCTAGCCCTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104970 ACCCTCTGGCAGCCGCTGCCGTGCGCACTCTGAGCCCCTAGCCCTGTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAGAGACGGCACCCCGGGACAGCCCCCCTGCCTCGGAGGCACCTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105020 GAGAGACGGCACCCCGGGACAGCCCCCCTGCCTCGGAGGCACCTGCCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAGCCTGGCTATGTCAACTACACCAAGCTGTACTATGTGCTGGAGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105070 GAGCCTGGCTATGTCAACTACACCAAGCTGTACTATGTGCTGGAGTCCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGAGGGGACGGAGCCGGAGGATG         AGTTGGAGGACGACAAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105120 AGAGGGGACGGAGCCGGAGGATGGTG...CAGAGTTGGAGGACGACAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCTCCCTGCCCTTCGTGGTGACTGATCTTCGTGGCCGCAACCTGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105263 TCTCCCTGCCCTTCGTGGTGACTGATCTTCGTGGCCGCAACCTGCGGCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATGCGGGAGCGGACTGCTGTCCAG         GGCCAGTACCTGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 105313 ATGCGGGAGCGGACTGCTGTCCAGGTG...CAGGGCCAGTACCTGACAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGAGCAGCTCACACTAGACTTCGAATATGTTATCAATGAGGTCATCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105447 GGAGCAGCTCACACTAGACTTCGAATATGTTATCAATGAGGTCATCCGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ACGACGCTACCTGGGGCCATCAGTTCTGTTCTTTCAGCGACTATGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105497 ACGACGCTACCTGGGGCCATCAGTTCTGTTCTTTCAGCGACTATGACATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GTCATTCTGGAG         GTCTGCCCAGAAACCAACCAGGTCCTCAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105547 GTCATTCTGGAGGTG...CAGGTCTGCCCAGAAACCAACCAGGTCCTCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAACATTGGCCTGCTGCTCCTGGCCTTCCCGTCCCCCACTGAGGAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105676 CAACATTGGCCTGCTGCTCCTGGCCTTCCCGTCCCCCACTGAGGAGGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGCTCCG         ACCAAAGACCTATCACACCAGCCTCAAGGTGGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105726 AGCTCCGGTG...TAGACCAAAGACCTATCACACCAGCCTCAAGGTGGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TGGGACCTCAACACAGGGATCTTCGAGACAGTCAGTGTAGGCGACCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105984 TGGGACCTCAACACAGGGATCTTCGAGACAGTCAGTGTAGGCGACCTGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TGAGGTCAAAGGGCAGACCAG         CGGCAGTGTCTGGAGCTCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106034 TGAGGTCAAAGGGCAGACCAGGTG...CAGCGGCAGTGTCTGGAGCTCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ACCGCAAGAGCTGCGTGGACATGGTCATGAAGTGGCTGGTGCCGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106148 ACCGCAAGAGCTGCGTGGACATGGTCATGAAGTGGCTGGTGCCGGAGAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGCGGCCGCTACGTCAACAGGATGACCAATGAGGCGCTGCACAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106198 AGCGGCCGCTACGTCAACAGGATGACCAATGAGGCGCTGCACAAAGGTG.

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748      GGTGCTCCCTGAAGGTTCTGGTGGACAGCGAGCGATATACGTGGA
        ..>>>||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 106248 ..TAGGGTGCTCCCTGAAGGTTCTGGCGGACAGCGAGCGATATACGTGGA

   1900     .
   1793 TCGTGCTG
        ||||||||
 106648 TCGTGCTG