seq1 = pF1KE6490.tfa, 1776 bp
seq2 = pF1KE6490/gi568815581f_28373713.tfa (gi568815581f:28373713_28597266), 223554 bp

>pF1KE6490 1776
>gi568815581f:28373713_28597266 (Chr17)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-231  (115502-115630)   100% ->
232-368  (116742-116878)   100% ->
369-574  (116989-117194)   100% ->
575-755  (117725-117905)   100% ->
756-878  (118018-118140)   100% ->
879-1097  (119859-120077)   100% ->
1098-1186  (120305-120393)   100% ->
1187-1308  (120679-120800)   100% ->
1309-1470  (121943-122104)   100% ->
1471-1608  (122738-122875)   100% ->
1609-1776  (123387-123554)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCTGCTGGCAGGCCCTGTGGGCCTATCGCTCCTACCTGATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCTGCTGGCAGGCCCTGTGGGCCTATCGCTCCTACCTGATCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCTTCGTGCCCATTCTCCTGCTGCCTCTGCCCATCCTCGTCCCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCTTCGTGCCCATTCTCCTGCTGCCTCTGCCCATCCTCGTCCCCAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         GAGGCCTACTGCGCGTATGCCATCATCCTCATGGCGCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...CAGGAGGCCTACTGCGCGTATGCCATCATCCTCATGGCGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCTGGTGCACTGAGGCCCTGCCCCTGGCCGTCACTGCCCTCTTCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115541 TTCTGGTGCACTGAGGCCCTGCCCCTGGCCGTCACTGCCCTCTTCCCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATCCTGTTCCCTATGATGGGCATCGTGGATGCCTCTGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 115591 AATCCTGTTCCCTATGATGGGCATCGTGGATGCCTCTGAGGTG...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGCCGTCGAGTATCTTAAGGACTCCAACCTCCTGTTCTTCGGGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116743 TTGCCGTCGAGTATCTTAAGGACTCCAACCTCCTGTTCTTCGGGGGGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGTGGCCATCGCGGTGGAACACTGGAACCTGCATAAACGCATCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116793 CTGGTGGCCATCGCGGTGGAACACTGGAACCTGCATAAACGCATCGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCGTGTCCTCCTCATCGTTGGGGTGCGGCCTGCCCC         GCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116843 CCGTGTCCTCCTCATCGTTGGGGTGCGGCCTGCCCCGTG...TAGGCTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCTGGGCTTCATGCTGGTCACGGCCTTCCTGTCCATGTGGATCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116994 TCCTGGGCTTCATGCTGGTCACGGCCTTCCTGTCCATGTGGATCAGCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACGGCCACCTCAGCCATGATGGTGCCCATCGCACATGCCGTCCTGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117044 ACGGCCACCTCAGCCATGATGGTGCCCATCGCACATGCCGTCCTGGACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGCACAGCTCGCAAGCCAGCAGCAACGTCGAGGAGGGCAGCAACAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117094 GCTGCACAGCTCGCAAGCCAGCAGCAACGTCGAGGAGGGCAGCAACAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACCTTCGAGCTCCAGGAACCAAGTCCCCAGAAGGAGGTGACCAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117144 CCACCTTCGAGCTCCAGGAACCAAGTCCCCAGAAGGAGGTGACCAAGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 G         ATAATGGGCAGGCCCTCCCTGTCACGTCTGCCTCTTCGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117194 GGTG...CAGATAATGGGCAGGCCCTCCCTGTCACGTCTGCCTCTTCGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGGAGGGCACATCTCAGCCAGAAGCATCTCCACCTCACCCAGTGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117765 GGGGAGGGCACATCTCAGCCAGAAGCATCTCCACCTCACCCAGTGCATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCTGTGCGTGTGCTACTCCGCCAGCATCGGGGGCATCGCCACGCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117815 GCCTGTGCGTGTGCTACTCCGCCAGCATCGGGGGCATCGCCACGCTGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCACCGCACCCAACCTGGTGCTGCAAGGCCAGATCAACTC         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117865 GGCACCGCACCCAACCTGGTGCTGCAAGGCCAGATCAACTCGTG...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCTCTTCCCCCAAAACGGCAACGTGGTGAACTTCGCCTCCTGGTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118018 GCTCTTCCCCCAAAACGGCAACGTGGTGAACTTCGCCTCCTGGTTCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCGCCTTCCCCACCATGGTCATCTTGCTGCTGCTGGCCTGGTTGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118068 TCGCCTTCCCCACCATGGTCATCTTGCTGCTGCTGGCCTGGTTGTGGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGATCCTCTTCCTGGGCTTCAA         CTTCCGGAAGAACTTTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 118118 CAGATCCTCTTCCTGGGCTTCAAGTA...CAGCTTCCGGAAGAACTTTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATTGGGGAAAAGATGCAGGAGCAACAGCAGGCAGCCTACTGCGTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119877 CATTGGGGAAAAGATGCAGGAGCAACAGCAGGCAGCCTACTGCGTCATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGACCGAGCACAGGCTGCTGGGCCCCATGACCTTTGCAGAAAAGGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119927 AGACCGAGCACAGGCTGCTGGGCCCCATGACCTTTGCAGAAAAGGCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGCATCCTATTCGTCATCCTGGTGCTGCTCTGGTTCACCCGGGAGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119977 AGCATCCTATTCGTCATCCTGGTGCTGCTCTGGTTCACCCGGGAGCCGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTTTTTTCTTGGCTGGGGCAATTTGGCTTTTCCCAATGCCAAGGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120027 CTTTTTTCTTGGCTGGGGCAATTTGGCTTTTCCCAATGCCAAGGGGGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 G         CATGGTGTCCGATGGGACAGTGGCCATCTTCATCGGCATA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120077 GGTG...CAGCATGGTGTCCGATGGGACAGTGGCCATCTTCATCGGCATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ATTATGTTCATCATACCCTCCAAGTTCCCAGGGCTGACCCAGGACCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120345 ATTATGTTCATCATACCCTCCAAGTTCCCAGGGCTGACCCAGGACCCAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187         AAAACCCAGGGAAGCTGAAGGCCCCTCTTGGCCTCCTCGACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120395 TA...TAGAAAACCCAGGGAAGCTGAAGGCCCCTCTTGGCCTCCTCGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GGAAGACGGTGAACCAGAAGATGCCGTGGAATATCGTGTTATTGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120721 GGAAGACGGTGAACCAGAAGATGCCGTGGAATATCGTGTTATTGCTGGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGTGGCTATGCCCTGGCCAAGGGCAGTGAG         CGATCGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120771 GGTGGCTATGCCCTGGCCAAGGGCAGTGAGGTG...CAGCGATCGGGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GTCAGAGTGGCTGGGAAACAAGCTGACCCCACTGCAGAGTGTGCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121954 GTCAGAGTGGCTGGGAAACAAGCTGACCCCACTGCAGAGTGTGCCAGCTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CAGCCATTGCCATCATCCTCTCCCTCCTGGTGGCCACCTTCACCGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122004 CAGCCATTGCCATCATCCTCTCCCTCCTGGTGGCCACCTTCACCGAGTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACTAGCAACGTGGCCACCACTACGATCTTCCTGCCCATCCTAGCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122054 ACTAGCAACGTGGCCACCACTACGATCTTCCTGCCCATCCTAGCCTCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 G         GCCCAGGCCATCTGCCTCCACCCTCTCTACGTCATGCTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122104 GGTG...CAGGCCCAGGCCATCTGCCTCCACCCTCTCTACGTCATGCTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CCTGCACTCTGGCCACCTCCCTGGCCTTCATGTTGCCTGTGGCCACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122778 CCTGCACTCTGGCCACCTCCCTGGCCTTCATGTTGCCTGTGGCCACCCCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CCCAATGCCATCGTCTTCTCTTTCGGGGACCTCAAAGTGTTGGATATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 122828 CCCAATGCCATCGTCTTCTCTTTCGGGGACCTCAAAGTGTTGGATATGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1609        GCCCGGGCAGGATTCCTCCTCAACATCATTGGAGTCCTGATCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122878 A...CAGGCCCGGGCAGGATTCCTCCTCAACATCATTGGAGTCCTGATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TCGCACTGGCCATCAACAGCTGGGGCATCCCCCTCTTCAGCCTGCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123430 TCGCACTGGCCATCAACAGCTGGGGCATCCCCCTCTTCAGCCTGCACTCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TTCCCCTCCTGGGCACAGTCCAACACCACAGCCCAGTGCCTGCCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123480 TTCCCCTCCTGGGCACAGTCCAACACCACAGCCCAGTGCCTGCCAAGCCT

   1850     .    :    .    :    .
   1752 GGCCAACACCACCACACCAAGCCCC
        |||||||||||||||||||||||||
 123530 GGCCAACACCACCACACCAAGCCCC