seq1 = pF1KE6488.tfa, 1677 bp
seq2 = pF1KE6488/gi568815587r_57385099.tfa (gi568815587r:57385099_57614111), 229013 bp

>pF1KE6488 1677
>gi568815587r:57385099_57614111 (Chr11)

(complement)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-332  (112783-112960)   100% ->
333-388  (113069-113124)   100% ->
389-465  (113257-113333)   100% ->
466-558  (116267-116359)   100% ->
559-692  (117948-118081)   100% ->
693-871  (119941-120119)   100% ->
872-1018  (122250-122396)   100% ->
1019-1054  (122486-122521)   100% ->
1055-1193  (122750-122888)   100% ->
1194-1335  (124720-124861)   100% ->
1336-1409  (125123-125196)   100% ->
1410-1533  (126894-127017)   100% ->
1534-1677  (128870-129013)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCCACGCTGCAACAGGCGTACCGGAGGCGCTGGTGGATGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCCACGCTGCAACAGGCGTACCGGAGGCGCTGGTGGATGGCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGGCTGTGCTGGAGAACCTCTTCTTCTCTGCTGTACTCCTGGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGGCTGTGCTGGAGAACCTCTTCTTCTCTGCTGTACTCCTGGGCTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCCCTGTTGATCATTCTGAAGAACGAGGGCTTCTATTCCAGCACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCCTGTTGATCATTCTGAAGAACGAGGGCTTCTATTCCAGCACGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAG         CTGAGAGCAGCACCAACACCACCCAGGATGAGCAGCG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAGGTA...CAGCTGAGAGCAGCACCAACACCACCCAGGATGAGCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGGTGGCCAGGCTGTGACCAGCAGGACGAGATGCTCAACCTGGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112820 CAGGTGGCCAGGCTGTGACCAGCAGGACGAGATGCTCAACCTGGGCTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATTGGTTCCTTCGTGCTCAGCGCCACCACCCTGCCACTGGGGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112870 CCATTGGTTCCTTCGTGCTCAGCGCCACCACCCTGCCACTGGGGATCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGACCGCTTTGGCCCCCGACCCGTGCGGCTGGTTGGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 112920 ATGGACCGCTTTGGCCCCCGACCCGTGCGGCTGGTTGGCAGGTG...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCCTGCTTCACTGCGTCCTGCACCCTCATGGCCCTGGCCTCCCGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113069 TGCCTGCTTCACTGCGTCCTGCACCCTCATGGCCCTGGCCTCCCGGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGGAAG         CTCTGTCTCCGTTGATATTCCTGGCGCTGTCCCTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113119 TGGAAGGTG...CAGCTCTGTCTCCGTTGATATTCCTGGCGCTGTCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGGCTTTGGTGGCATCTGCCTAACGTTCACTTCACTCACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 113292 AATGGCTTTGGTGGCATCTGCCTAACGTTCACTTCACTCACGGTG...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  CTGCCCAACATGTTTGGGAACCTGCGCTCCACGTTAATGGCCCTCATGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116266 GCTGCCCAACATGTTTGGGAACCTGCGCTCCACGTTAATGGCCCTCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGGCTCTTACGCCTCTTCTGCCATTACGTTCCCAGGAATCAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116316 TTGGCTCTTACGCCTCTTCTGCCATTACGTTCCCAGGAATCAAGGTA...

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    559    CTGATCTACGATGCCGGTGTGGCCTTCGTGGTCATCATGTTCACCTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117945 CAGCTGATCTACGATGCCGGTGTGGCCTTCGTGGTCATCATGTTCACCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCTGGCCTGGCCTGCCTTATCTTTCTGAACTGCACCCTCAACTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117995 GTCTGGCCTGGCCTGCCTTATCTTTCTGAACTGCACCCTCAACTGGCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCGAAGCCTTTCCTGCCCCTGAGGAAGTCAATTACAC         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 118045 TCGAAGCCTTTCCTGCCCCTGAGGAAGTCAATTACACGTG...CAGGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGATCAAGCTGAGTGGGCTGGCCCTGGACCACAAGGTGACAGGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119945 AAGATCAAGCTGAGTGGGCTGGCCCTGGACCACAAGGTGACAGGTGACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCTACACCCATGTGACCACCATGGGCCAGAGGCTCAGCCAGAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119995 CTTCTACACCCATGTGACCACCATGGGCCAGAGGCTCAGCCAGAAGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCAGCCTGGAGGACGGTTCGGATGCCTTCATGTCACCCCAGGATGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120045 CCAGCCTGGAGGACGGTTCGGATGCCTTCATGTCACCCCAGGATGTTCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCACCTCAGAAAACCTTCCTGAGA         GGTCTGTCCCCTTACG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 120095 GGCACCTCAGAAAACCTTCCTGAGAGTG...CAGGGTCTGTCCCCTTACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAAGAGCCTCTGCTCCCCCACTTTCCTGTGGAGCCTCCTCACCATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122266 CAAGAGCCTCTGCTCCCCCACTTTCCTGTGGAGCCTCCTCACCATGGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGACCCAGCTGCGGATCATCTTCTACATGGCTGCTGTGAACAAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122316 TGACCCAGCTGCGGATCATCTTCTACATGGCTGCTGTGAACAAGATGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGTACCTTGTGACTGGTGGCCAGGAGCATG         AGACAAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 122366 GAGTACCTTGTGACTGGTGGCCAGGAGCATGGTG...CAGAGACAAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 ACAGCAACAAAAGGTGGCAGAGACAG         TTGGGTTCTACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122496 ACAGCAACAAAAGGTGGCAGAGACAGGTA...CAGTTGGGTTCTACTCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCGTCTTCGGGGCCATGCAGCTGTTGTGCCTTCTCACCTGCCCCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122765 CCGTCTTCGGGGCCATGCAGCTGTTGTGCCTTCTCACCTGCCCCCTCATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGCTACATCATGGACTGGCGGATCAAGGACTGCGTGGACGCCCCAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122815 GGCTACATCATGGACTGGCGGATCAAGGACTGCGTGGACGCCCCAACTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGCACTGTCCTCGGAGATGCCAG         GGACGGGGTTGCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 122865 GGGCACTGTCCTCGGAGATGCCAGGTG...CAGGGACGGGGTTGCTACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AATCCATCAGACCACGCTACTGCAAGATCCAAAAGCTCACCAATGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124737 AATCCATCAGACCACGCTACTGCAAGATCCAAAAGCTCACCAATGCCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGTGCCTTCACCCTGACCAACCTGCTGCTTGTGGGTTTTGGCATCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124787 AGTGCCTTCACCCTGACCAACCTGCTGCTTGTGGGTTTTGGCATCACCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TCTCATCAACAACTTACACCTCCAG         TTTGTGACCTTTGTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124837 TCTCATCAACAACTTACACCTCCAGGTA...TAGTTTGTGACCTTTGTCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGCACACCATTGTTCGAGGTTTCTTCCACTCAGCCTGTGGGAGTCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125139 TGCACACCATTGTTCGAGGTTTCTTCCACTCAGCCTGTGGGAGTCTCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCTGCAGT         GTTCCCATCCAACCACTTTGGGACGCTGACAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 125189 GCTGCAGTGTG...CAGGTTCCCATCCAACCACTTTGGGACGCTGACAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CCTGCAGTCCCTCATCAGTGCTGTGTTCGCCTTGCTTCAGCAGCCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126927 CCTGCAGTCCCTCATCAGTGCTGTGTTCGCCTTGCTTCAGCAGCCACTTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TCATGGCGATGGTGGGACCCCTGAAAGGAGAGCCCTTCTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 126977 TCATGGCGATGGTGGGACCCCTGAAAGGAGAGCCCTTCTGGGTG...AAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GTGAATCTGGGCCTCCTGCTATTCTCACTCCTGGGATTCCTGTTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128870 GTGAATCTGGGCCTCCTGCTATTCTCACTCCTGGGATTCCTGTTGCCTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CTACCTCTTCTATTACCGTGCCCGGCTCCAGCAGGAGTACGCCGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128920 CTACCTCTTCTATTACCGTGCCCGGCTCCAGCAGGAGTACGCCGCCAATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GGATGGGCCCACTGAAGGTGCTTAGCGGCTCTGAGGTGACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128970 GGATGGGCCCACTGAAGGTGCTTAGCGGCTCTGAGGTGACCGCA