seq1 = pF1KE6487.tfa, 1521 bp
seq2 = pF1KE6487/gi568815595r_125906410.tfa (gi568815595r:125906410_126168219), 261810 bp

>pF1KE6487 1521
>gi568815595r:125906410_126168219 (Chr3)

(complement)

1-273  (100001-100273)   99% ->
274-381  (117170-117277)   100% ->
382-453  (134542-134613)   100% ->
454-598  (141741-141885)   100% ->
599-745  (145288-145434)   100% ->
746-890  (151345-151489)   100% ->
891-970  (152647-152726)   100% ->
971-1105  (155471-155605)   100% ->
1106-1254  (159340-159488)   100% ->
1255-1366  (160995-161106)   99% ->
1367-1521  (161656-161810)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGGACAGAGACCCGGCAGCGGAGGCTGGACAGCTGTGGCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGGGACAGAGACCCGGCAGCGGAGGCTGGACAGCTGTGGCAAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGAGCTGGGGCTTCCTCACCCCCTCAGCACAGGAGGACTCCCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGGAGCTGGGGCTTCCTCACCCCCTCAGCACAGGAGGACTCCCTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCAGAAGATGGAGCTCTCAGGGCCCCTGAGAGCCAAAGCGTGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTCAGAAGATGGAGCTCTCAGGGCCCCTGAGAGCCAAAGCGTGACCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCCACTGGAGACTGAGCCTAGCAGGGAGACCGCCTGGTCCATAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100151 AAGCCACTGGAGACTGAGCCTAGCAGGGAGACCACCTGGTCCATAGGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAGGTGACCGTGCCCTTCATGTTTGCAGGCCTGGGACTGTCCTGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCAGGTGACCGTGCCCTTCATGTTTGCAGGCCTGGGACTGTCCTGGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCATGCTTCTGGACTATTTCCAG         CACTGGCCTGTGTTTGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100251 GCATGCTTCTGGACTATTTCCAGGTA...CAGCACTGGCCTGTGTTTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGTGAAAGACCTTTTGACATTGGTGCCGCCCCTGGTGGGCCTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117188 GAGGTGAAAGACCTTTTGACATTGGTGCCGCCCCTGGTGGGCCTGAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAACCTGGAGATGACACTGGCATCCAGACTCTCCACAGCT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 117238 GAACCTGGAGATGACACTGGCATCCAGACTCTCCACAGCTGTA...TAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCAACACTGGACAAATTGATGACCCCCAGGAGCAGCACAGAGTCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134543 CCAACACTGGACAAATTGATGACCCCCAGGAGCAGCACAGAGTCATCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCAACCTGGCCCTCATCCAG         GTGCAGGCCACTGTCGTGGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 134593 AGCAACCTGGCCCTCATCCAGGTG...CAGGTGCAGGCCACTGTCGTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCTTGGCTGCTGTGGCTGCGCTGCTGTTGGGCGTGGTGTCTCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141761 GCTCTTGGCTGCTGTGGCTGCGCTGCTGTTGGGCGTGGTGTCTCGAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGTGGATGTCGCCAAGGTGGAGTTGCTGTGTGCCAGCAGTGTCCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141811 AAGTGGATGTCGCCAAGGTGGAGTTGCTGTGTGCCAGCAGTGTCCTCACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCTTCCTTGCAGCCTTTGCCCTGG         GGGTGCTGATGGTCTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 141861 GCCTTCCTTGCAGCCTTTGCCCTGGGTG...CAGGGGTGCTGATGGTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TATAGTGATTGGTGCTCGAAAGCTCGGGGTCAACCCAGACAACATTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145304 TATAGTGATTGGTGCTCGAAAGCTCGGGGTCAACCCAGACAACATTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGCCCATTGCAGCCAGCCTGGGAGACCTCATCACACTGTCCATTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145354 CGCCCATTGCAGCCAGCCTGGGAGACCTCATCACACTGTCCATTCTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTGGTTAGCAGCTTCTTCTACAGACACAAAG         ATAGTCGGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 145404 TTGGTTAGCAGCTTCTTCTACAGACACAAAGGTA...CAGATAGTCGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCTGACGCCGCTGGTCTGCCTCAGCTTTGCGGCTCTGACCCCAGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151355 TCTGACGCCGCTGGTCTGCCTCAGCTTTGCGGCTCTGACCCCAGTGTGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCTCATTGCCAAGCAGAGCCCACCCATCGTGAAGATCCTGAAGTTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151405 TCCTCATTGCCAAGCAGAGCCCACCCATCGTGAAGATCCTGAAGTTTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TGGTTCCCAATCATCCTGGCCATGGTCATCAGCAG         TTTCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 151455 TGGTTCCCAATCATCCTGGCCATGGTCATCAGCAGGTG...CAGTTTCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGGACTCATCTTGAGCAAAACCGTTTCTAAACAGCAGTACAAAGGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152653 AGGACTCATCTTGAGCAAAACCGTTTCTAAACAGCAGTACAAAGGCATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CGATATTTACCCCCGTCATATGTG         GTGTTGGTGGCAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 152703 CGATATTTACCCCCGTCATATGTGGTA...TAGGTGTTGGTGGCAATCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGGCCATTCAGACCAGCCGAATCTCAACCTACCTGCACATGTGGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155488 GTGGCCATTCAGACCAGCCGAATCTCAACCTACCTGCACATGTGGAGTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ACCTGGCGTCCTGCCCCTCCAGATGAAGAAATTCTGGCCCAACCCGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155538 ACCTGGCGTCCTGCCCCTCCAGATGAAGAAATTCTGGCCCAACCCGTGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTACTTTCTGCACGTCAG         AAATCAATTCCATGTCAGCTCGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 155588 CTACTTTCTGCACGTCAGGTG...CAGAAATCAATTCCATGTCAGCTCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GTCCTGCTCTTGCTGGTGGTCCCAGGCCATCTGATTTTCTTCTACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159363 GTCCTGCTCTTGCTGGTGGTCCCAGGCCATCTGATTTTCTTCTACATCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTACCTGGTGGAGGGTCAGTCAGTCATAAACAGCCAGACCTTTGTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159413 CTACCTGGTGGAGGGTCAGTCAGTCATAAACAGCCAGACCTTTGTGGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCTACCTGCTGGCAGGCCTGATCCAG         GTGACAATCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 159463 TCTACCTGCTGGCAGGCCTGATCCAGGTA...CAGGTGACAATCCTGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TACCTGGCAGAAGTGATGGTTCGGCTGACTTGGCACCAGGCCCTGGATCC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161010 TACCTCGCAGAAGTGATGGTTCGGCTGACTTGGCACCAGGCCCTGGATCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGACAACCACTGCATCCCCTACCTTACAGGGCTGGGGGACCTGCTCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 161060 TGACAACCACTGCATCCCCTACCTTACAGGGCTGGGGGACCTGCTCGGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1367       GTTCAAGCTCCGTGGGCCACACTGCTGCTGTGCCAAGAAGGTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161110 ...CAGGTTCAAGCTCCGTGGGCCACACTGCTGCTGTGCCAAGAAGGTGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ACAGCCTCCCCAGGATGGGGCCTCATACAACCCTTCATCTGCACTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161700 ACAGCCTCCCCAGGATGGGGCCTCATACAACCCTTCATCTGCACTCAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TTTAATCGTGTCCTTGCTGTCTTTTTATTTTCCTTTTTGTTTGTTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161750 TTTAATCGTGTCCTTGCTGTCTTTTTATTTTCCTTTTTGTTTGTTAGCAA

   1600     .    :
   1511 AAACCTCTATT
        |||||||||||
 161800 AAACCTCTATT