seq1 = pF1KE6486.tfa, 1752 bp
seq2 = pF1KE6486/gi568815586r_113199780.tfa (gi568815586r:113199780_113432878), 233099 bp

>pF1KE6486 1752
>gi568815586r:113199780_113432878 (Chr12)

(complement)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-309  (111531-111683)   100% ->
310-362  (111771-111823)   100% ->
363-420  (111972-112029)   100% ->
421-526  (112193-112298)   100% ->
527-694  (112381-112548)   100% ->
695-802  (113808-113915)   100% ->
803-862  (115878-115937)   100% ->
863-993  (116223-116353)   100% ->
994-1135  (117403-117544)   100% ->
1136-1257  (122524-122645)   100% ->
1258-1411  (125035-125188)   100% ->
1412-1492  (126304-126384)   100% ->
1493-1557  (128494-128558)   100% ->
1558-1752  (132905-133099)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGCAGAAGGCTGAATCTGCGCTGGGCACTGAGTGTGCTTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGCAGAAGGCTGAATCTGCGCTGGGCACTGAGTGTGCTTTGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTAATGGCGGAGACAGTGTCTGGGACTAGGGGCTCGTCTACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTAATGGCGGAGACAGTGTCTGGGACTAGGGGCTCGTCTACAGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCACATTAGCCCCCAGTTTCCAGCTTCAGGTGTGAACCAGACCCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTCACATTAGCCCCCAGTTTCCAGCTTCAGGTGTGAACCAGACCCCCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTAGAC         TGCCGCAAGGTGTGTGGCCTGAATGTCTCTGACCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTAGACGTG...CAGTGCCGCAAGGTGTGTGGCCTGAATGTCTCTGACCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTGACTTCATCCGGACCAACCCTGACTGCCACAGTGATGGGGGGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111566 CTGTGACTTCATCCGGACCAACCCTGACTGCCACAGTGATGGGGGGTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGACTACCTGGAAGGCATCTTCTGCCACTTCCCTCCCAGCCTCCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111616 TGGACTACCTGGAAGGCATCTTCTGCCACTTCCCTCCCAGCCTCCTCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGCTGTCACTCTCTAC         GTTTCCTGGCTGCTCTACCTGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111666 CTGGCTGTCACTCTCTACGTG...CAGGTTTCCTGGCTGCTCTACCTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGATTCTGGGAGTCACCGCAGCCAAGTT         TTTCTGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 111794 TCTGATTCTGGGAGTCACCGCAGCCAAGTTGTG...TAGTTTCTGCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTTGTCGGCCATTTCTACCACACTGAAGCTCTCCCACAACGTGGCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111983 ACTTGTCGGCCATTTCTACCACACTGAAGCTCTCCCACAACGTGGCAGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    421       GGCGTCACCTTCCTGGCATTTGGGAATGGTGCACCTGACATCTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112033 ...CATGGCGTCACCTTCCTGGCATTTGGGAATGGTGCACCTGACATCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGTGCCCTGGTGGCCTTCTCTGACCCGCACACAGCCGGCCTGGCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112237 CAGTGCCCTGGTGGCCTTCTCTGACCCGCACACAGCCGGCCTGGCCCTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGCACTGTTTG         GCGCTGGCGTGCTGGTTACCACAGTGGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112287 GGGCACTGTTTGGTG...CAGGCGCTGGCGTGCTGGTTACCACAGTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCGGAGGCATTACCATCCTACACCCCTTCATGGCTGCCTCCAGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112410 GCCGGAGGCATTACCATCCTACACCCCTTCATGGCTGCCTCCAGGCCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTTCAGGGACATCGTTTTCTACATGGTGGCTGTGTTCCTGACCTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112460 CTTCAGGGACATCGTTTTCTACATGGTGGCTGTGTTCCTGACCTTCCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTCTTCCGTGGCAGGGTCACCCTGGCATGGGCTCTGG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112510 TGCTCTTCCGTGGCAGGGTCACCCTGGCATGGGCTCTGGGTG...CAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACCTGGGCTTGTATGTGTTCTATGTGGTCACTGTGATTCTCTGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113810 TACCTGGGCTTGTATGTGTTCTATGTGGTCACTGTGATTCTCTGCACCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATCTACCAACGGCAACGGAGAGGATCTCTGTTCTGCCCCATGCCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113860 GATCTACCAACGGCAACGGAGAGGATCTCTGTTCTGCCCCATGCCAGTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCCAG         AGATCCTCTCAGACTCCGAGGAGGACCGGGTATCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113910 CTCCAGGTA...CAGAGATCCTCTCAGACTCCGAGGAGGACCGGGTATCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCTAATACCAACAGCTATGACTACG         GTGATGAGTACCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 115913 TCTAATACCAACAGCTATGACTACGGTG...CAGGTGATGAGTACCGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GCTGTTCTTCTACCAGGAGACCACGGCTCAGATCCTGGTCCGGGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116239 GCTGTTCTTCTACCAGGAGACCACGGCTCAGATCCTGGTCCGGGCCCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATCCCCTGGATTACATGAAGTGGAGAAGGAAATCAGCATACTGGAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116289 ATCCCCTGGATTACATGAAGTGGAGAAGGAAATCAGCATACTGGAAAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTCAAGGTGTTCAAG         CTGCCTGTGGAGTTCCTGCTGCTCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 116339 CTCAAGGTGTTCAAGGTA...CAGCTGCCTGTGGAGTTCCTGCTGCTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CACAGTCCCCGTCGTGGACCCGGACAAGGATGACCAGAACTGGAAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117429 CACAGTCCCCGTCGTGGACCCGGACAAGGATGACCAGAACTGGAAACGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCCTCAACTGTCTGCATCTGGTTATCAGCCCCCTGGTTGTGGTCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117479 CCCTCAACTGTCTGCATCTGGTTATCAGCCCCCTGGTTGTGGTCCTGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTGCAGTCGGGGACCT         ATGGTGTCTATGAGATAGGCGGCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 117529 CTGCAGTCGGGGACCTGTG...CAGATGGTGTCTATGAGATAGGCGGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGTTCCCGTCTGGGTCGTGGTGGTGATCGCAGGCACAGCCTTGGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122549 CGTTCCCGTCTGGGTCGTGGTGGTGATCGCAGGCACAGCCTTGGCTTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TGACCTTTTTTGCCACATCTGACAGCCAGCCCCCCAGGCTTCACTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 122599 TGACCTTTTTTGCCACATCTGACAGCCAGCCCCCCAGGCTTCACTGGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1258       CTCTTTGCTTTCCTGGGCTTTCTGACCAGCGCCCTGTGGATCAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122649 ...CAGCTCTTTGCTTTCCTGGGCTTTCTGACCAGCGCCCTGTGGATCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CGCGGCCGCCACAGAGGTGGTGAACATCTTGCGGTCCCTGGGTGTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125079 CGCGGCCGCCACAGAGGTGGTGAACATCTTGCGGTCCCTGGGTGTGGTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TCCGGCTGAGCAACACTGTGCTGGGGCTCACGCTGCTGGCCTGGGGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125129 TCCGGCTGAGCAACACTGTGCTGGGGCTCACGCTGCTGGCCTGGGGGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AGCATTGGAG         ATGCCTTCTCGGATTTCACACTGGCTCGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 125179 AGCATTGGAGGTG...CAGATGCCTTCTCGGATTTCACACTGGCTCGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGGCTACCCACGGATGGCGTTCTCCGCCTGCTTTGGCGGCATCATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126335 GGGCTACCCACGGATGGCGTTCTCCGCCTGCTTTGGCGGCATCATCTTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493          ACATCCTCGTGGGTGTGGGGCTGGGCTGCCTGCTCCAGATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126385 GTA...CAGACATCCTCGTGGGTGTGGGGCTGGGCTGCCTGCTCCAGATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TCCCGAAGCCACACAGAAGTGAAG         CTGGAGCCAGACGGACT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 128535 TCCCGAAGCCACACAGAAGTGAAGGTG...CAGCTGGAGCCAGACGGACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GCTGGTGTGGGTCCTGGCAGGCGCCCTGGGGCTCAGCCTCGTCTTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132922 GCTGGTGTGGGTCCTGGCAGGCGCCCTGGGGCTCAGCCTCGTCTTCTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TGGTCTCAGTCCCATTGCAGTGCTTCCAGCTCAGCAGAGTCTATGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132972 TGGTCTCAGTCCCATTGCAGTGCTTCCAGCTCAGCAGAGTCTATGGCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TGCCTGCTCCTCTTCTACCTGAACTTCCTTGTCGTGGCCCTCCTCACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133022 TGCCTGCTCCTCTTCTACCTGAACTTCCTTGTCGTGGCCCTCCTCACTGA

   1850     .    :    .    :    .
   1725 ATTTGGAGTGATTCACCTGAAAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||
 133072 ATTTGGAGTGATTCACCTGAAAAGCATG