seq1 = pF1KE6484.tfa, 1863 bp
seq2 = pF1KE6484/gi568815591f_134887934.tfa (gi568815591f:134887934_135145911), 257978 bp

>pF1KE6484 1863
>gi568815591f:134887934_135145911 (Chr7)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-124  (101317-101377)   100% ->
125-310  (105560-105745)   100% ->
311-418  (129119-129226)   99% ->
419-557  (144911-145049)   100% ->
558-1337  (146216-146995)   99% ->
1338-1500  (149485-149647)   99% ->
1501-1627  (156092-156218)   100% ->
1628-1728  (157541-157641)   100% ->
1729-1841  (157866-157978)   100% ->
1842-1863  (163089-163110)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGAAGATTCAGAAAAGGAAGACTATTCAGACAGAACAATCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGAAGATTCAGAAAAGGAAGACTATTCAGACAGAACAATCAGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAAGATGAATCG         GATGAGGATATGTTCATGAAATTTGTAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAAGATGAATCGGTA...TAGGATGAGGATATGTTCATGAAATTTGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAAGATCTTCATCGGTGTGCACTTTTAACAG         CTGACTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101345 GTGAAGATCTTCATCGGTGTGCACTTTTAACAGGTT...CAGCTGACTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTTGGTGATCCCTTCTTCCCCCGGACTACACAGATACTATTAGAATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105568 TTTGGTGATCCCTTCTTCCCCCGGACTACACAGATACTATTAGAATATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTAGGGAGATGGGTGCCACGTCTTCGTGAACCAAGGGATTTATATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105618 GCTAGGGAGATGGGTGCCACGTCTTCGTGAACCAAGGGATTTATATGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTCTTCTTCTGGTCCATTGAGCCCAACACGGTGGCCATACCATTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105668 TCTCTTCTTCTGGTCCATTGAGCCCAACACGGTGGCCATACCATTGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTCATCGATGAAAAAGTCCAGCATATTG         ATTGGACTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105718 GTCATCGATGAAAAAGTCCAGCATATTGGTA...CAGATTGGACTCCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTGTCCTGAGCCAGTGTATATCCCAACGGGCTTAGAAACGCAACCCCTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 129132 TTGTCCTGAGCCAGTGTATATCCCAACGGGCTTAGAAACGGAACCCCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATCCAGACTCCAAGGAAGCTACTGTGGTTTATCTAGCTGAAGATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 129182 ATCCAGACTCCAAGGAAGCTACTGTGGTTTATCTAGCTGAAGATGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     CTTACAAAGAGCCCTGTTTTGTGTATTCCCGAGTTGGGGGTAACCG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129232 .CAGCTTACAAAGAGCCCTGTTTTGTGTATTCCCGAGTTGGGGGTAACCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACACCTTTGAAGCAGCCTGTGGATTACCGTGACAATACTTTGATGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144957 AACACCTTTGAAGCAGCCTGTGGATTACCGTGACAATACTTTGATGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGCAAGGTTTGAGAGTGGTAATCTACAGAAGGTAGTCAAAGT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 145007 AAGCAAGGTTTGAGAGTGGTAATCTACAGAAGGTAGTCAAAGTGTA...T

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    558   GGCAGAATACGAATACCAATTGACTGTACGCCCTGACCTCTTCACAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146214 AGGGCAGAATACGAATACCAATTGACTGTACGCCCTGACCTCTTCACAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAAACACACCCAGTGGTACTATTTCCAAGTCACTAATATGCGAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146264 TAAACACACCCAGTGGTACTATTTCCAAGTCACTAATATGCGAGCAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGTCTACAGATTCACTATTGTCAACTTCACCAAACCTGCTAGTCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146314 TAGTCTACAGATTCACTATTGTCAACTTCACCAAACCTGCTAGTCTTTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTCGGGGTATGCGCCCACTGTTCTATTCTGAAAAAGAGGCCAAGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146364 AGTCGGGGTATGCGCCCACTGTTCTATTCTGAAAAAGAGGCCAAGGCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCACATTGGCTGGCAGAGAATAGGAGACCAAATCAAGTATTATAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146414 TCACATTGGCTGGCAGAGAATAGGAGACCAAATCAAGTATTATAGGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCCAGGCCAAGATGGGCGCCATTATTTCTCTCTTACATGGACATTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146464 ACCCAGGCCAAGATGGGCGCCATTATTTCTCTCTTACATGGACATTTCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TTTCCACACAACAAAGATACCTGCTACTTTGCTCATTGCTATCCATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146514 TTTCCACACAACAAAGATACCTGCTACTTTGCTCATTGCTATCCATACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TTACACCAACCTGCAAGAATACCTTTCTGGCATCAATAATGATCCAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146564 TTACACCAACCTGCAAGAATACCTTTCTGGCATCAATAATGATCCAGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 GGTCAAAGTTTTGTAAAATACGTGTTTTGTGCCACACGCTTGCTAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146614 GGTCAAAGTTTTGTAAAATACGTGTTTTGTGCCACACGCTTGCTAGGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 ATGGTGTATATTTTAACAATCACTACCCCCTTGAAGAACTCTGACTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146664 ATGGTGTATATTTTAACAATCACTACCCCCTTGAAGAACTCTGACTCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AAAGCGGAAGGCTGTGATTCTGACTGCAAGGGTCCATCCAGGGGAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146714 AAAGCGGAAGGCTGTGATTCTGACTGCAAGGGTCCATCCAGGGGAAACCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACAGCTCTTGGATCATGAAAGGCTTCCTAGATTATATTTTAGGAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146764 ACAGCTCTTGGATCATGAAAGGCTTCCTAGATTATATTTTAGGAAACTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AGTGATGCACAGTTGCTTCGGGACACTTTTGTCTTCAAGGTGGTACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146814 AGTGATGCACAGTTGCTTCGGGACACTTTTGTCTTCAAGGTGGTACCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GCTGAATCCAGATGGTGTGATTGTGGGAAATTATCGCTGTTCCTTAGCTG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146864 GCTCAATCCAGATGGTGTGATTGTGGGAAATTATCGCTGTTCCTTAGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GACGGGATTTAAACCGTAATTATACATCTCTCCTGAAGGAATCTTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146914 GACGGGATTTAAACCGTAATTATACATCTCTCCTGAAGGAATCTTTTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TCTGTATGGTATACCCGGAACATGGTTCATAG         ACTGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 146964 TCTGTATGGTATACCCGGAACATGGTTCATAGGTA...CAGACTGATGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GAAACGAGAGGTTATATTATACTGTGATCTTCATGGCCATAGTAGGAAAG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149494 GAAACGAGAGGTTATTTTATACTGTGATCTTCATGGCCATAGTAGGAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 AGAACATCTTCATGTATGGCTGTGATGGTAGTGACAGATCTAAGACATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149544 AGAACATCTTCATGTATGGCTGTGATGGTAGTGACAGATCTAAGACATTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TACTTACAGCAACGAATCTTCCCACTTATGCTAAGCAAAAATTGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149594 TACTTACAGCAACGAATCTTCCCACTTATGCTAAGCAAAAATTGTCCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TAAA         TTTTCATTCTCAGCTTGCAAGTTTAATGTCCAGAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149644 TAAAGTA...CAGTTTTCATTCTCAGCTTGCAAGTTTAATGTCCAGAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GCAAAGAAGGAACAGGAAGGGTGGTAATGTGGAAAATGGGAATCAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156129 GCAAAGAAGGAACAGGAAGGGTGGTAATGTGGAAAATGGGAATCAGGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 AGCTTTACCATGGAGGCCACCTTCTGTGGATCTACTCTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 156179 AGCTTTACCATGGAGGCCACCTTCTGTGGATCTACTCTGGGTA...TAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 TAACAAACGAGGCACTCATTTCAGCACGAAAGACCTGGAATCAATGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157542 TAACAAACGAGGCACTCATTTCAGCACGAAAGACCTGGAATCAATGGGAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 ATCATTTTTGTGATTCTCTCTTGGATTATTGTGATCCCGACCGGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157592 ATCATTTTTGTGATTCTCTCTTGGATTATTGTGATCCCGACCGGACCAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729          TATTATCGGTGCCTGAAAGAATTAGAAGAAATGGAAAGACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157642 GTA...TAGTATTATCGGTGCCTGAAAGAATTAGAAGAAATGGAAAGACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TATAACCCTGGAAAAAGTCTTTGAGGATTCAGACACACCTGTGATAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157907 TATAACCCTGGAAAAAGTCTTTGAGGATTCAGACACACCTGTGATAGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TTACATTGGATGTAGAGTCTAG         AGAACTGACATTTTTATTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 157957 TTACATTGGATGTAGAGTCTAGGTA...CAGAGAACTGACATTTTTATTG

   1950 
   1861 AGA
        |||
 163108 AGA