seq1 = pF1KE6483.tfa, 1659 bp
seq2 = pF1KE6483/gi568815587f_64491557.tfa (gi568815587f:64491557_64701548), 209992 bp

>pF1KE6483 1659
>gi568815587f:64491557_64701548 (Chr11)

1-402  (100001-100402)   99% ->
403-506  (101223-101326)   99% ->
507-661  (101849-102003)   100% ->
662-830  (102079-102247)   100% ->
831-954  (106960-107083)   100% ->
955-1070  (107252-107367)   100% ->
1071-1285  (108120-108334)   99% ->
1286-1394  (108811-108919)   100% ->
1395-1598  (109179-109382)   100% ->
1599-1659  (109932-109992)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATTTTCTGAACTCCTGGACCTCGTGGGTGGCCTGGGCAGGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATTTTCTGAACTCCTGGACCTCGTGGGTGGCCTGGGCAGGTTCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTTCTCCAGACGATGGCTCTGATGGTCTCCATCATGTGGCTGTGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTTCTCCAGACGATGGCTCTGATGGTCTCCATCATGTGGCTGTGTACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAGCATGCTGGAGAACTTCTCGGCCGCCGTGCCCAGCCACCGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAGCATGCTGGAGAACTTCTCGGCCGCCGTGCCCAGCCACCGCTGCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCACCCCTCCTGGACAACAGCACGGCTCAGGCCAGCATCCTAGGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCACCCCTCCTGGACAACAGCACGGCTCAGGCCAGCATCCTAGGGAGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAGTCCTGAGGCCCTCCTGGCTATTTCCATCCCGCCGGGCCCCAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAGTCCTGAGGCCCTCCTGGCTATTTCCATCCCGCCGGGCCCCAACCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCCCATCAGTGCCGCCGCTTCCGCCAGCCACAGTGGCAGCTCTTGGAC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCCCACCAGTGCCGCCGCTTCCGCCAGCCACAGTGGCAGCTCTTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCAATGCCACGGCCACCAGCTGGAGCGAGGCCGACACGGAGCCGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCAATGCCACGGCCACCAGCTGGAGCGAGGCCGACACGGAGCCGTGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGATGGCTGGGTCTATGACCGCAGCATCTTCACCTCCACAATCGTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGATGGCTGGGTCTATGACCGCAGCATCTTCACCTCCACAATCGTGGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AG         TGGAACCTCGTGTGTGACTCTCACGCTCTGAAGCCCATG
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100401 AGGTA...CAGTGGAACCTCGTGTGTGACTCTCATGCTCTGAAGCCCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCCAGTCCATCTACCTGGCTGGGATTCTGGTGGGAGCTGCTGCGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101262 GCCCAGTCCATCTACCTGGCTGGGATTCTGGTGGGAGCTGCTGCGTGCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCCTGCCTCAGACAG         GTTTGGGCGCAGGCTGGTGCTAACCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101312 CCCTGCCTCAGACAGGTG...CAGGTTTGGGCGCAGGCTGGTGCTAACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGAGCTACCTTCAGATGGCTGTGATGGGTACGGCAGCTGCCTTCGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101875 GGAGCTACCTTCAGATGGCTGTGATGGGTACGGCAGCTGCCTTCGCCCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCTTCCCCGTGTACTGCCTGTTCCGCTTCCTGTTGGCCTTTGCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101925 GCCTTCCCCGTGTACTGCCTGTTCCGCTTCCTGTTGGCCTTTGCCGTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGGCGTCATGATGAACACGGGCACTCTCC         TGATGGAGTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101975 AGGCGTCATGATGAACACGGGCACTCTCCGTA...CAGTGATGGAGTGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGGCGGCACGGGCCCGACCCTTGGTGATGACCTTGAACTCTCTGGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102091 CGGCGGCACGGGCCCGACCCTTGGTGATGACCTTGAACTCTCTGGGCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGCTTCGGCCATGGCCTGACAGCTGCAGTGGCCTACGGTGTGCGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102141 AGCTTCGGCCATGGCCTGACAGCTGCAGTGGCCTACGGTGTGCGGGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GACACTGCTGCAGCTGGTGGTCTCGGTCCCCTTCTTCCTCTGCTTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102191 GACACTGCTGCAGCTGGTGGTCTCGGTCCCCTTCTTCCTCTGCTTTTTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ACTCCTG         GTGGCTGGCAGAGTCGGCACGATGGCTCCTCACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102241 ACTCCTGGTG...AAGGTGGCTGGCAGAGTCGGCACGATGGCTCCTCACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ACAGGCAGGCTGGATTGGGGCCTGCAGGAGCTGTGGAGGGTGGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106994 ACAGGCAGGCTGGATTGGGGCCTGCAGGAGCTGTGGAGGGTGGCTGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CAACGGAAAGGGGGCAGTGCAGGACACCCTGACCCCTGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107044 CAACGGAAAGGGGGCAGTGCAGGACACCCTGACCCCTGAGGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCTTGCTTTCAGCCATGCGGGAGGAGCTGAGCATGGGCCAGCCTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107253 TCTTGCTTTCAGCCATGCGGGAGGAGCTGAGCATGGGCCAGCCTCCTGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGCCTGGGCACCCTGCTCCGCATGCCCGGACTGCGCTTCCGGACCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107303 AGCCTGGGCACCCTGCTCCGCATGCCCGGACTGCGCTTCCGGACCTGTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTCCACGTTGTGCTG         GTTCGCCTTTGGCTTCACCTTCTTCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107353 CTCCACGTTGTGCTGGTA...CAGGTTCGCCTTTGGCTTCACCTTCTTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCCTGGCCCTGGACCTGCAGGCCCTGGGCAGCAACATCTTCCTGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108146 GCCTGGCCCTGGACCTGCAGGCCCTGGGCAGCAACATCTTCCTGCTCCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ATGTTCATTGGTGTCGTGGACATCCCAGCCAAGATGGGCGCCCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108196 ATGTTCATTGGTGTCGTGGACATCCCAGCCAAGATGGGCGCCCTGCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCTGAGCCACCTGGGCCGCCGCCCCACGCTGGCCGCATCCCTGTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108246 GCTGAGCCACCTGGGCCGCCGCCCCACGCTGGCCGCATCCCTGTTGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CGGGGCTCTGCATTCTGGCCAACACGCTGGTGCCCCACG         AA
        | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108296 CAGGGCTCTGCATTCTGGCCAACACGCTGGTGCCCCACGGTG...CAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ATGGGGGCTCTGCGCTCAGCCTTGGCCGTGCTGGGGCTGGGCGGGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108813 ATGGGGGCTCTGCGCTCAGCCTTGGCCGTGCTGGGGCTGGGCGGGGTGGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGCTGCCTTCACCTGCATCACCATCTACAGCAGCGAGCTCTTCCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108863 GGCTGCCTTCACCTGCATCACCATCTACAGCAGCGAGCTCTTCCCCACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGCTCAG         GATGACGGCAGTGGGCTTGGGCCAGATGGCAGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108913 TGCTCAGGTG...CAGGATGACGGCAGTGGGCTTGGGCCAGATGGCAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CGTGGAGGAGCCATCCTGGGGCCTCTGGTCCGGCTGCTGGGTGTCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109213 CGTGGAGGAGCCATCCTGGGGCCTCTGGTCCGGCTGCTGGGTGTCCATGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CCCCTGGCTGCCCTTGCTGGTGTATGGGACGGTGCCAGTGCTGAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109263 CCCCTGGCTGCCCTTGCTGGTGTATGGGACGGTGCCAGTGCTGAGTGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGGCCGCACTGCTTCTGCCCGAGACCCAGAGCTTGCCGCTGCCCGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109313 TGGCCGCACTGCTTCTGCCCGAGACCCAGAGCTTGCCGCTGCCCGACACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATCCAAGATGTGCAGAACCA         GGCAGTAAAGAAGGCAACACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109363 ATCCAAGATGTGCAGAACCAGTG...CAGGGCAGTAAAGAAGGCAACACA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGGCACGCTGGGGAACTCTGTCCTAAAATCCACACAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109953 TGGCACGCTGGGGAACTCTGTCCTAAAATCCACACAGTTT