seq1 = pF1KE6481.tfa, 1539 bp
seq2 = pF1KE6481/gi568815596f_70835955.tfa (gi568815596f:70835955_71065118), 229164 bp

>pF1KE6481 1539
>gi568815596f:70835955_71065118 (Chr2)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-174  (107704-107759)   98% ->
175-273  (122092-122190)   100% ->
274-367  (122379-122472)   100% ->
368-445  (123064-123141)   100% ->
446-585  (123985-124124)   100% ->
586-687  (124967-125068)   100% ->
688-785  (125642-125739)   100% ->
786-909  (126823-126946)   100% ->
910-1060  (127208-127358)   99% ->
1061-1143  (127618-127700)   100% ->
1144-1248  (128484-128588)   99% ->
1249-1378  (128782-128911)   100% ->
1379-1539  (129004-129164)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCATGGAGATAGACAGCAGGCCTGGGGGGCTCCCCGGCAGTAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCATGGAGATAGACAGCAGGCCTGGGGGGCTCCCCGGCAGTAGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCTAGGTGCAGCCCGAGAACACATGCAGGCGGTCACCCGAAACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCTAGGTGCAGCCCGAGAACACATGCAGGCGGTCACCCGAAACTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCCACCCCCGTGTCA         CCTACAGGACTGTGTGCAGTGTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||| |||
 100101 TCACCCACCCCCGTGTCAGTG...CAGCCTACAGGACTGTGTGCAGCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGGGCCCCTGGTGGTGCTGGACCGGGTCAAG         TTTGCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 107727 AACGGGCCCCTGGTGGTGCTGGACCGGGTCAAGGTA...CAGTTTGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTATGCGGAGATCGTCCACTTCACCCTCCCAGATGGGACTCAGAGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122100 GTATGCGGAGATCGTCCACTTCACCCTCCCAGATGGGACTCAGAGGAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCAGGTGCTTGAGGTGGCTGGCACCAAGGCGATTGTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 122150 GGCAGGTGCTTGAGGTGGCTGGCACCAAGGCGATTGTTCAGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGTTTGAAGGGACATCAGGGATCGATGCCAGGAAGACCACTTGCGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122379 GTGTTTGAAGGGACATCAGGGATCGATGCCAGGAAGACCACTTGCGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TACAGGGGACATCCTACGAACTCCGGTGTCAGAGGACATGCTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122429 TACAGGGGACATCCTACGAACTCCGGTGTCAGAGGACATGCTGGGTG...

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    368    GTCGGGTTTTCAATGGCTCCGGCAAGCCCATTGACAAGGGGCCAGTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123061 CAGGTCGGGTTTTCAATGGCTCCGGCAAGCCCATTGACAAGGGGCCAGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTCATGGCGGAGGACTTTCTGGATATCAATG         GCCAGCCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123111 GTCATGGCGGAGGACTTTCTGGATATCAATGGTG...CAGGCCAGCCCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAACCCGCACTCCCGCATCTACCCCGAGGAGATGATTCAGACGGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123995 CAACCCGCACTCCCGCATCTACCCCGAGGAGATGATTCAGACGGGCATTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTCCTATTGACGTCATGAACAGCATTGCCCGCGGCCAGAAGATCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124045 CTCCTATTGACGTCATGAACAGCATTGCCCGCGGCCAGAAGATCCCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCTCAGCAGCCGGGCTCCCCCACAATGAG         ATTGCCGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 124095 TTCTCAGCAGCCGGGCTCCCCCACAATGAGGTG...TAGATTGCCGCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATCTGCCGCCAGGCGGGGCTGGTGAAGAAGTCCAAGGCTGTGCTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124978 GATCTGCCGCCAGGCGGGGCTGGTGAAGAAGTCCAAGGCTGTGCTGGATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCATGACGACAACTTCGCCATCGTCTTTGCAGCCATGGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125028 ACCATGACGACAACTTCGCCATCGTCTTTGCAGCCATGGGGGTG...CAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGAACATGGAGACAGCCAGATTCTTCAAGTCTGACTTTGAGCAGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125642 GTGAACATGGAGACAGCCAGATTCTTCAAGTCTGACTTTGAGCAGAATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AACCATGGGGAACGTCTGCCTCTTCCTGAACTTGGCCAATGACCCCAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 125692 AACCATGGGGAACGTCTGCCTCTTCCTGAACTTGGCCAATGACCCCACGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    786        GATCGAGCGGATCATCACCCCGCGCCTGGCGCTGACCACTGCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125742 G...CAGGATCGAGCGGATCATCACCCCGCGCCTGGCGCTGACCACTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAATTCCTTGCCTACCAGTGTGAGAAGCATGTGCTGGTCATACTGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126866 GAATTCCTTGCCTACCAGTGTGAGAAGCATGTGCTGGTCATACTGACGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATGAGTTCCTATGCAGAGGCCTTGCGGGAG         GTCTCTGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 126916 CATGAGTTCCTATGCAGAGGCCTTGCGGGAGGTA...CAGGTCTCTGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTAGAGAGGAGGTGCCTGGGCGCCGAGGGTTTCCTGGATATATGTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127218 CTAGAGAGGAGGTGCCTGGGCGCCGAGGGTTTCCTGGATATATGTACACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GACCTGGCCACCATCTACGAGCGGGCGGGCCGTGTGGAGGGTCGGGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 127268 GACCTGGCCACCATCTACGAGCGGGCGGGCCGCGTGGAGGGTCGGGGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATCCATCACACAGATCCCCATCCTCACCATGCCCAACGACG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 127318 ATCCATCACACAGATCCCCATCCTCACCATGCCCAACGACGGTA...TAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATATCACCCACCCTATCCCAGACTTGACGGGCTTCATCACAGAGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127618 ATATCACCCACCCTATCCCAGACTTGACGGGCTTCATCACAGAGGGACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATCTACGTGGACAGACAGCTTCACAACAGACAG         ATCTACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 127668 ATCTACGTGGACAGACAGCTTCACAACAGACAGGTA...CAGATCTACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCCCATCAACGTGCTCCCTTCCCTGTCGCGTCTGATGAAGTCAGCCATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 128492 CCCCATCAACGTGCTCCCTTCCCTGTCGCGGCTGATGAAGTCAGCCATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GGGAAGGCATGACAAGAAAGGACCATGGAGATGTCTCCAACCAGCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128542 GGGAAGGCATGACAAGAAAGGACCATGGAGATGTCTCCAACCAGCTGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1249       TACGCCTGCTATGCCATCGGGAAGGACGTGCAGGCCATGAAGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128592 ...CAGTACGCCTGCTATGCCATCGGGAAGGACGTGCAGGCCATGAAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGTAGTTGGGGAGGAGGCGCTCACCTCTGAGGACCTGCTCTACCTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128826 AGTAGTTGGGGAGGAGGCGCTCACCTCTGAGGACCTGCTCTACCTGGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCCTGCAGAAGTTTGAGAAGAACTTCATCAATCAGG         GCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 128876 TCCTGCAGAAGTTTGAGAAGAACTTCATCAATCAGGGTA...TAGGCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TACGAGAACCGCTCGGTGTTCGAGTCGCTGGACCTGGGCTGGAAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129009 TACGAGAACCGCTCGGTGTTCGAGTCGCTGGACCTGGGCTGGAAGCTGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GCGCATCTTCCCCAAGGAGATGCTGAAGCGCATTCCGCAGGCCGTGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129059 GCGCATCTTCCCCAAGGAGATGCTGAAGCGCATTCCGCAGGCCGTGATCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ACGAGTTCTATTCCCGCGAGGGGGCGCTGCAGGACCTCGCGCCTGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129109 ACGAGTTCTATTCCCGCGAGGGGGCGCTGCAGGACCTCGCGCCTGACACT

   1650     .
   1534 GCGCTC
        ||||||
 129159 GCGCTC