seq1 = pF1KE6478.tfa, 1449 bp
seq2 = pF1KE6478/gi568815593r_151216820.tfa (gi568815593r:151216820_151447460), 230641 bp

>pF1KE6478 1449
>gi568815593r:151216820_151447460 (Chr5)

(complement)

1-164  (100001-100164)   100% ->
165-255  (103194-103284)   100% ->
256-344  (103863-103951)   100% ->
345-440  (104478-104573)   100% ->
441-525  (108317-108401)   100% ->
526-744  (111914-112132)   100% ->
745-843  (114139-114237)   100% ->
844-1010  (122009-122175)   100% ->
1011-1180  (125246-125415)   100% ->
1181-1449  (130373-130641)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGTGACAAAAAGTACTGAGGGTCCCCAGGGAGCCGTTGCCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGTGACAAAAAGTACTGAGGGTCCCCAGGGAGCCGTTGCCATCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTGGACCTTATGTCGCCTCCTGAAAGTGCCAAGAAGTTGGAGAACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTGGACCTTATGTCGCCTCCTGAAAGTGCCAAGAAGTTGGAGAACAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCTACATTCTTGGATGAAAGTCCTTCAGAGTCAGCAGGCTTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCTACATTCTTGGATGAAAGTCCTTCAGAGTCAGCAGGCTTGAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCAAGGGCATAAC         AGTGTTCCAGGCCTTGATTCACCTGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCAAGGGCATAACGTG...TAGAGTGTTCCAGGCCTTGATTCACCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAAGGCAACATGGGCACAGGGATCCTGGGACTACCCCTCGCTGTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103221 GAAAGGCAACATGGGCACAGGGATCCTGGGACTACCCCTCGCTGTGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGCGGGCATCCTG         ATGGGCCCACTCAGTCTGCTGGTGATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103271 ACGCGGGCATCCTGGTA...CAGATGGGCCCACTCAGTCTGCTGGTGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTTCATTGCCTGCCACTGTATGCACATCCTGGTCAAGTGTGCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103890 GGCTTCATTGCCTGCCACTGTATGCACATCCTGGTCAAGTGTGCCCAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTTCTGTAAGAG         GCTTAACAAGCCCTTTATGGACTATGGGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103940 CTTCTGTAAGAGGTG...CAGGCTTAACAAGCCCTTTATGGACTATGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACACGGTGATGCATGGACTAGAAGCCAACCCCAACGCCTGGCTCCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104507 ACACGGTGATGCATGGACTAGAAGCCAACCCCAACGCCTGGCTCCAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CACGCTCACTGGGGAAG         GCATATCGTGAGCTTCTTCCTTAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104557 CACGCTCACTGGGGAAGGTA...TAGGCATATCGTGAGCTTCTTCCTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATCACCCAACTTGGCTTCTGCTGTGTGTACATTGTGTTTTTGGCTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 TATCACCCAACTTGGCTTCTGCTGTGTGTACATTGTGTTTTTGGCTGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTAAAACAG         GTAGTGGAAGCTGTTAATAGCACAACCAAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108391 ATTTAAAACAGGTA...CAGGTAGTGGAAGCTGTTAATAGCACAACCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACTGCTATTCCAATGAGACGGTGATTCTGACCCCCACCATGGACTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111944 AACTGCTATTCCAATGAGACGGTGATTCTGACCCCCACCATGGACTCGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTCTACATGCTCTCCTTCCTGCCCTTCCTGGTGCTGCTGGTCCTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111994 ACTCTACATGCTCTCCTTCCTGCCCTTCCTGGTGCTGCTGGTCCTCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAACCTCAGGATCTTGACCATCTTCTCCATGCTGGCCAACATCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112044 GGAACCTCAGGATCTTGACCATCTTCTCCATGCTGGCCAACATCAGCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGTCAGCTTGGTCATCATCATACAGTACATTACCCAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112094 CTGGTCAGCTTGGTCATCATCATACAGTACATTACCCAGGTG...TAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AATCCCAGACCCCAGCCGGTTGCCACTGGTAGCAAGCTGGAAGACCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114141 AATCCCAGACCCCAGCCGGTTGCCACTGGTAGCAAGCTGGAAGACCTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTCTCTTCTTCGGAACAGCCATTTTTTCTTTTGAAAGCATTGGTGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114191 CTCTCTTCTTCGGAACAGCCATTTTTTCTTTTGAAAGCATTGGTGTGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844       GTTCTGCCTCTGGAAAACAAGATGAAGAATGCCCGCCACTTCCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114241 ...TAGGTTCTGCCTCTGGAAAACAAGATGAAGAATGCCCGCCACTTCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCCATCCTGTCTTTGGGAATGTCCATCGTCACTTCCCTATACATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122053 AGCCATCCTGTCTTTGGGAATGTCCATCGTCACTTCCCTATACATTGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGCGGCTCTGGGCTACCTGCGGTTTGGAGATGACATCAAGGCCAGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122103 TGGCGGCTCTGGGCTACCTGCGGTTTGGAGATGACATCAAGGCCAGCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCCTTAACCTGCCTAACTGCTG         GCTGTACCAGTCTGTCAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122153 AGCCTTAACCTGCCTAACTGCTGGTA...CAGGCTGTACCAGTCTGTCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTTCTCTACATTGCCGGCATCCTGTGCACCTATGCCCTGCAGTTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125264 GCTTCTCTACATTGCCGGCATCCTGTGCACCTATGCCCTGCAGTTCTACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TCCCTGCAGAAATCATCATCCCCTTTGCCATCTCCCGGGTGTCAACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125314 TCCCTGCAGAAATCATCATCCCCTTTGCCATCTCCCGGGTGTCAACACGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGGGCACTGCCTCTGGATCTGTCCATTCGCCTCGTCATGGTCTGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125364 TGGGCACTGCCTCTGGATCTGTCCATTCGCCTCGTCATGGTCTGCCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AT         GCCTCCTGGCCATCCTCATCCCCCGCCTGGACCTGGTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125414 ATGTG...CAGGCCTCCTGGCCATCCTCATCCCCCGCCTGGACCTGGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCTCCCTGGTGGGCTCCGTGAGTGGCACCGCCCTGGCCCTCATCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130412 TCTCCCTGGTGGGCTCCGTGAGTGGCACCGCCCTGGCCCTCATCATCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCGCTCCTGGAGGTCACCACGTTCTACTCAGAGGGCATGAGCCCCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130462 CCGCTCCTGGAGGTCACCACGTTCTACTCAGAGGGCATGAGCCCCCTCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATCTTCAAGGACGCCCTGATCAGCATCCTGGGCTTCGTGGGCTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130512 CATCTTCAAGGACGCCCTGATCAGCATCCTGGGCTTCGTGGGCTTTGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TGGGGACCTACCAGGCCCTGGACGAGCTGCTCAAGTCAGAAGACTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130562 TGGGGACCTACCAGGCCCTGGACGAGCTGCTCAAGTCAGAAGACTCTCAC

   1500     .    :    .    :    .    :
   1420 CCCTTTTCCAACTCCACCACTTTTGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 130612 CCCTTTTCCAACTCCACCACTTTTGTTCGG