seq1 = pF1KE6477.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KE6477/gi568815587f_124963368.tfa (gi568815587f:124963368_125186018), 222651 bp

>pF1KE6477 1515
>gi568815587f:124963368_125186018 (Chr11)

1-59  (100001-100059)   100% ->
60-141  (113390-113471)   100% ->
142-235  (113863-113956)   100% ->
236-314  (114083-114161)   100% ->
315-450  (115745-115880)   100% ->
451-527  (116317-116393)   100% ->
528-694  (117247-117413)   100% ->
695-732  (118054-118091)   100% ->
733-885  (118387-118539)   100% ->
886-976  (118877-118967)   100% ->
977-1039  (120448-120510)   100% ->
1040-1125  (120867-120952)   100% ->
1126-1174  (121458-121506)   100% ->
1175-1248  (121699-121772)   98% ->
1249-1327  (122028-122106)   100% ->
1328-1425  (122210-122307)   100% ->
1426-1490  (122587-122651)   100% ->
1491-1515  (122837-122861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGTCCTCCCTGGCTCCGGGAGTCTGGTTCTTCCGGGCCTTCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGTCCTCCCTGGCTCCGGGAGTCTGGTTCTTCCGGGCCTTCTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACAGCTG         GTTCCGAGGCCTCATCCTGCTGCTGACCTTCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACAGCTGGTG...CAGGTTCCGAGGCCTCATCCTGCTGCTGACCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAATTTACGCCTGCTATCACATGTCCAGGAAGCCTATCAGTATCGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113422 TAATTTACGCCTGCTATCACATGTCCAGGAAGCCTATCAGTATCGTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          AGCCGTCTGCACCAGAACTGCTCGGAGCAGATCAAACCCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113472 GTG...CAGAGCCGTCTGCACCAGAACTGCTCGGAGCAGATCAAACCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAATGATACTCACAGTCTCAATGACACCATGTGGTGCAGCTGGGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113904 CAATGATACTCACAGTCTCAATGACACCATGTGGTGCAGCTGGGCCCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTG         ACAAGGACAACTATAAGGAGTTACTAGGGGGCGTGGAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113954 TTGGTA...CAGACAAGGACAACTATAAGGAGTTACTAGGGGGCGTGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACGCCTTCCTCATCGCCTATGCCATCGGCATGTTCATCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114121 AACGCCTTCCTCATCGCCTATGCCATCGGCATGTTCATCAGGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGGGGTTTTTGGGGAGCGGCTTCCGCTCCGTTACTACCTCTCAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115745 TGGGGTTTTTGGGGAGCGGCTTCCGCTCCGTTACTACCTCTCAGCTGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTGCTCAGTGGCCTTTTCACCTCGCTCTTTGGCCTGGGATATTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115795 TGCTGCTCAGTGGCCTTTTCACCTCGCTCTTTGGCCTGGGATATTTCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACATCCACGAGCTCTGGTACTTTGTGGTCATCCAG         GTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 115845 AACATCCACGAGCTCTGGTACTTTGTGGTCATCCAGGTA...CAGGTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TAATGGACTCGTCCAGACCACAGGCTGGCCCTCTGTGGTGACCTGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116322 TAATGGACTCGTCCAGACCACAGGCTGGCCCTCTGTGGTGACCTGTGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCAACTGGTTCGGGAAGGGGAA         GCGGGGGTTCATCATGGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116372 GCAACTGGTTCGGGAAGGGGAAGTG...CAGGCGGGGGTTCATCATGGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATCTGGAATTCCCACACATCTGTGGGCAACATCCTGGGCTCCCTGATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117266 ATCTGGAATTCCCACACATCTGTGGGCAACATCCTGGGCTCCCTGATCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CGGCATCTGGGTGAACGGGCAGTGGGGCCTGTCGTTCATCGTGCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117316 CGGCATCTGGGTGAACGGGCAGTGGGGCCTGTCGTTCATCGTGCCTGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCATTACTGCCGTCATGGGCGTCATCACCTTCCTCTTCCTCATCGAAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 117366 TCATTACTGCCGTCATGGGCGTCATCACCTTCCTCTTCCTCATCGAACGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695        ACCCAGAAGATGTGGACTGCGCCCCTCCTCAGCACCAC     
        >...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117416 G...TAGACCCAGAAGATGTGGACTGCGCCCCTCCTCAGCACCACGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733     GGTGAGCCAGCTGAGAACCAGGACAACCCTGAGGACCCTGGGAACA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118097 .CAGGGTGAGCCAGCTGAGAACCAGGACAACCCTGAGGACCCTGGGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GTCCCTGCTCTATCAGGGAGAGCGGCCTTGAGACTGTGGCCAAATGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118433 GTCCCTGCTCTATCAGGGAGAGCGGCCTTGAGACTGTGGCCAAATGCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGGGGCCATGCGAAGAGCCTGCTGCCATCAGCTTCTTTGGGGCGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118483 AAGGGGCCATGCGAAGAGCCTGCTGCCATCAGCTTCTTTGGGGCGCTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATCCCA         GGCGTGGTCGAGTTCTCTCTGTGTCTGCTGTTTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118533 GATCCCAGTA...CAGGGCGTGGTCGAGTTCTCTCTGTGTCTGCTGTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCAAGCTGGTCAGTTACACCTTCCTCTACTGGCTGCCCCTCTACATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118911 CCAAGCTGGTCAGTTACACCTTCCTCTACTGGCTGCCCCTCTACATCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AATGTGG         CTCACTTTAGTGCCAAGGAGGCTGGGGACCTGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118961 AATGTGGGTA...CAGCTCACTTTAGTGCCAAGGAGGCTGGGGACCTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TACACTCTTCGATGTTGGTGGCATCATAG         GCGGCATCGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120482 TACACTCTTCGATGTTGGTGGCATCATAGGTG...CAGGCGGCATCGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CAGGGCTCGTCTCTGACTACACCAATGGCAGGGCCACCACTTGCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120879 CAGGGCTCGTCTCTGACTACACCAATGGCAGGGCCACCACTTGCTGTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ATGCTCATCTTGGCTGCCCCCATG         ATGTTCCTGTACAACTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 120929 ATGCTCATCTTGGCTGCCCCCATGGTG...CAGATGTTCCTGTACAACTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CATTGGCCAGGACGGGATTGCCAGCTCCATAG         TGATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 121475 CATTGGCCAGGACGGGATTGCCAGCTCCATAGGTG...CAGTGATGCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TCATCTGTGGGGGCCTGGTCAATGGCCCATACGCGCTCATCACCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121708 TCATCTGTGGGGGCCTGGTCAATGGCCCATACGCGCTCATCACCACTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GTCTCTGCTGACCTG         GGGACTCACAAGAGCCTGAAGGGCAA
        ||||||||||| |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121758 GTCTCTGCTGATCTGGTG...CAGGGGACTCACAAGAGCCTGAAGGGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CGCCAAAGCCCTGTCCACGGTCACGGCCATCATTGACGGCACCGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122054 CGCCAAAGCCCTGTCCACGGTCACGGCCATCATTGACGGCACCGGCTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TAG         GTGCGGCTCTGGGGCCTCTGCTGGCTGGGCTCATCTCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122104 TAGGTC...CAGGTGCGGCTCTGGGGCCTCTGCTGGCTGGGCTCATCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CCCACGGGCTGGAACAATGTCTTCTACATGCTCATCTCTGCCGACGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122248 CCCACGGGCTGGAACAATGTCTTCTACATGCTCATCTCTGCCGACGTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 AGCCTGCTTG         CTCCTTTGCCGGTTAGTATACAAAGAGATCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122298 AGCCTGCTTGGTA...CAGCTCCTTTGCCGGTTAGTATACAAAGAGATCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1457 TGGCCTGGAAGGTGTCCCTGAGCAGAGGCAGCGG         CTCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122618 TGGCCTGGAAGGTGTCCCTGAGCAGAGGCAGCGGGTG...TAGCTCTAGT

   1650     .    :    .
   1498 ATGGTCCTAACCCACCAG
        ||||||||||||||||||
 122844 ATGGTCCTAACCCACCAG