seq1 = pF1KE6469.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KE6469/gi568815581r_34828051.tfa (gi568815581r:34828051_35061393), 233343 bp

>pF1KE6469 1590
>gi568815581r:34828051_35061393 (Chr17)

(complement)

1-137  (100001-100137)   99% ->
138-201  (101744-101807)   96% ->
202-336  (102700-102834)   100% ->
337-510  (106795-106968)   100% ->
511-614  (109341-109444)   100% ->
615-725  (118488-118598)   100% ->
726-885  (118751-118910)   100% ->
886-968  (120773-120855)   100% ->
969-1065  (121681-121777)   100% ->
1066-1213  (122064-122211)   100% ->
1214-1347  (128894-129027)   100% ->
1348-1450  (130343-130445)   100% ->
1451-1523  (132360-132432)   100% ->
1524-1590  (133277-133343)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGATAAAGGCCGTCAACTCCAAGGCTGAGGTGGCGCGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100001 ATGGCTGCGATAAAGGCCGTCAACTCCAAGGCTGAGGTGGCGCGGGCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCAGCTTTGGCTGTCAATATATGCGCCGCCCGAGGGCTGCAGGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCAGCTTTGGCTGTCAATATATGCGCCGCCCGAGGGCTGCAGGATGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGGACCAACTTGGGTCCTAAAGGCACCATGAAAAT         GCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100101 TGCGGACCAACTTGGGTCCTAAAGGCACCATGAAAATGTG...CAGGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTTCTGGTGCAGGTGACATCAAACTCACCAAAGATGGCAATGTACTGCT
        | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 101748 GTTTCTGGTGCAGGTGACATCAAACTCACCAAAGATGGCAATGTGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGATGAGATG         CAAATTCAACATCCAACAGCTTCCTTGATAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101798 CGATGAGATGGTG...CAGCAAATTCAACATCCAACAGCTTCCTTGATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAAAAGTAGCAACAGCTCAGGATGACGTCACAGGAGATGGTACTACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102731 CAAAAGTAGCAACAGCTCAGGATGACGTCACAGGAGATGGTACTACTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGTTCTAATTATTGGAGAGTTATTAAAACAAGCTGACCTGTACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102781 AATGTTCTAATTATTGGAGAGTTATTAAAACAAGCTGACCTGTACATTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAG         GGCCTGCACCCTAGAATAATAGCTGAAGGATTTGAAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102831 TGAGGTA...CAGGGCCTGCACCCTAGAATAATAGCTGAAGGATTTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCAAAGATAAAAGCACTTGAAGTTTTGGAGGAAGTTAAAGTGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106832 CTGCAAAGATAAAAGCACTTGAAGTTTTGGAGGAAGTTAAAGTGACAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGATGAAAAGAAAAATCCTCTTAGATGTAGCTAGAACATCATTACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106882 GAGATGAAAAGAAAAATCCTCTTAGATGTAGCTAGAACATCATTACAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAAGTTCATGCTGAACTGGCTGATGTCTTAACAGAG         GTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106932 TAAAGTTCATGCTGAACTGGCTGATGTCTTAACAGAGGTA...CAGGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGGTGGATTCTGTTTTGGCTGTTAGAAGACCAGGTTACCCTATTGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109345 TGGTGGATTCTGTTTTGGCTGTTAGAAGACCAGGTTACCCTATTGATCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCATGGTAGAAATAATGGAGATGAAGCATAAATTAGGAACAGATACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109395 TTCATGGTAGAAATAATGGAGATGAAGCATAAATTAGGAACAGATACAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615          GTTGATCCAAGGATTAGTTTTGGATCATGGTGCCCGTCATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109445 GTA...TAGGTTGATCCAAGGATTAGTTTTGGATCATGGTGCCCGTCATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGATATGAAGAAGCGAGTAGAAGATGCATTTATCCTTATTTGCAACGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118529 CAGATATGAAGAAGCGAGTAGAAGATGCATTTATCCTTATTTGCAACGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCACTGGAATATGAAAAAAC         AGAGGTGAACTCTGGTTTCTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118579 TCACTGGAATATGAAAAAACGTG...TAGAGAGGTGAACTCTGGTTTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTATAAGACTGCAGAAGAGAAAGAGAAATTGGTAAAAGCTGAAAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118772 TTATAAGACTGCAGAAGAGAAAGAGAAATTGGTAAAAGCTGAAAGAAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTATTGAAGATAGAGTACAAAAAATAATAGACCTGAAGGACAAAGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118822 TTATTGAAGATAGAGTACAAAAAATAATAGACCTGAAGGACAAAGTCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCTCAGTCAAATAAAGGATTTGTCGTCATTAATCAAAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118872 GCTCAGTCAAATAAAGGATTTGTCGTCATTAATCAAAAGGTG...TAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AATTGATCCATTTTCCTTAGATTCTCTTGCAAAACATGGAATAGTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120775 AATTGATCCATTTTCCTTAGATTCTCTTGCAAAACATGGAATAGTAGCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTCGCAGAGCAAAAAGAAGAAATATGGAAAG         ACTCTCTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120825 TTCGCAGAGCAAAAAGAAGAAATATGGAAAGGTA...CAGACTCTCTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCTTGTGGTGGAATGGCCGTGAATTCTTTTGAAGATCTCACTGTAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121691 GCTTGTGGTGGAATGGCCGTGAATTCTTTTGAAGATCTCACTGTAGATTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTGGGACATGCTGGTCTTGTGTATGAGTATACATTA         GGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 121741 CTTGGGACATGCTGGTCTTGTGTATGAGTATACATTAGTG...TAGGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGAAAAGTTCACTTTTATTGAGGAGTGTGTTAACCCTTGCTCTGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122068 AAGAAAAGTTCACTTTTATTGAGGAGTGTGTTAACCCTTGCTCTGTTACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTGTTGGTTAAAGGACCAAATAAGCATACTCTCACACAAGTCAAGGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122118 TTGTTGGTTAAAGGACCAAATAAGCATACTCTCACACAAGTCAAGGATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATAAGAGATGGACTTCGTGCTATCAAAAATGCCATTGAAGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 122168 CATAAGAGATGGACTTCGTGCTATCAAAAATGCCATTGAAGATGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1214    GTTGTATGGTTCCTGGAGCTGGTGCAATTGAAGTGGCAATGGCTGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128891 TAGGTTGTATGGTTCCTGGAGCTGGTGCAATTGAAGTGGCAATGGCTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GCTCTTGTTACATATAAGAACAGTATAAAAGGAAGAGCTCGTCTTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128941 GCTCTTGTTACATATAAGAACAGTATAAAAGGAAGAGCTCGTCTTGGAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCAAGCTTTTGCTGATGCCTTACTCATTATTCCCAAG         GTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 128991 CCAAGCTTTTGCTGATGCCTTACTCATTATTCCCAAGGTA...AAGGTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TTGCTCAGAATGCTGGTTATGACCCACAGGAAACATTAGTAAAAGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130347 TTGCTCAGAATGCTGGTTATGACCCACAGGAAACATTAGTAAAAGTTCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCTGAGCATGTCGAGTCAAAACAACTTGTGGGCGTAGATTTGAATACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 130397 GCTGAGCATGTCGAGTCAAAACAACTTGTGGGCGTAGATTTGAATACAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451         GTGAGCCAATGGTAGCAGCAGATGCAGGAGTTTGGGATAATT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130447 TA...CAGGTGAGCCAATGGTAGCAGCAGATGCAGGAGTTTGGGATAATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATTGTGTAAAAAAACAACTTCTTCACTCTTG         CACAGTGATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 132402 ATTGTGTAAAAAAACAACTTCTTCACTCTTGGTA...TAGCACAGTGATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GCCACCAACATTCTCCTGGTTGATGAAATTATGCGAGCTGGGATGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133287 GCCACCAACATTCTCCTGGTTGATGAAATTATGCGAGCTGGGATGTCTTC

   1700     .
   1584 TCTCAAA
        |||||||
 133337 TCTCAAA