seq1 = pF1KE6466.tfa, 1842 bp
seq2 = pF1KE6466/gi568815586r_91071.tfa (gi568815586r:91071_309986), 218916 bp

>pF1KE6466 1842
>gi568815586r:91071_309986 (Chr12)

(complement)

1-214  (100001-100214)   99% ->
215-349  (105289-105423)   100% ->
350-490  (107107-107247)   100% ->
491-578  (108138-108225)   100% ->
579-711  (109204-109336)   100% ->
712-846  (111056-111190)   100% ->
847-950  (111984-112087)   100% ->
951-1075  (112486-112610)   100% ->
1076-1188  (113105-113217)   100% ->
1189-1326  (113726-113863)   100% ->
1327-1429  (114660-114762)   100% ->
1430-1530  (116610-116710)   100% ->
1531-1701  (117339-117509)   100% ->
1702-1842  (118776-118916)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGGGAAGGTGGCAGTGCAAGAGCGTGGGCCTCCTGCGGTCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
 100001 ATGGACGGGAAGGTGGCAGTGCAAGAGTGTGGGCCTCCTGCAGTCTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCCCCGAGGAGGGAGAGAAGTTGGACCAGGAAGACGAGGACCAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTCCCCGAGGAGGGAGAGAAGTTGGACCAGGAAGACGAGGACCAGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGATCGGGGCCAATGGACCAACAAGATGGAGTTTGTGCTGTCAGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGATCGGGGCCAATGGACCAACAAGATGGAGTTTGTGCTGTCAGTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGAGATCATTGGGCTGGGCAATGTCTGGAGGTTTCCCTATCTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGAGATCATTGGGCTGGGCAATGTCTGGAGGTTTCCCTATCTCTGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAAAACGGAGGTG         GAGCCTTCTTCATCCCCTACTTCATCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAAAACGGAGGTGGTG...CAGGAGCCTTCTTCATCCCCTACTTCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTTCTTTGTCTGCGGCATCCCGGTGTTCTTCCTGGAGGTGGCGTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105316 TCTTCTTTGTCTGCGGCATCCCGGTGTTCTTCCTGGAGGTGGCGTTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAATACACCAGCCAAGGGAGTGTCACAGCCTGGAGGAAGATCTGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105366 CAATACACCAGCCAAGGGAGTGTCACAGCCTGGAGGAAGATCTGCCCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTCCAGG         GCATTGGTCTGGCATCTGTGGTCATCGAGTCAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105416 CTTCCAGGGTA...AAGGCATTGGTCTGGCATCTGTGGTCATCGAGTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTGAATGTCTACTACATCATCATCCTTGCCTGGGCTCTCTTCTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107140 ATTTGAATGTCTACTACATCATCATCCTTGCCTGGGCTCTCTTCTACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCAGCTCCTTCACTTCTGAGCTGCCCTGGACGACCTGCAACAACTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107190 TTCAGCTCCTTCACTTCTGAGCTGCCCTGGACGACCTGCAACAACTTTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAACACAG         AGCATTGCACGGACTTTCTGAACCACTCAGGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107240 GAACACAGGTA...CAGAGCATTGCACGGACTTTCTGAACCACTCAGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCGGCACAGTGACCCCATTTGAGAATTTTACCTCACCTGTCATGGAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108171 CCGGCACAGTGACCCCATTTGAGAATTTTACCTCACCTGTCATGGAATTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGGGA         GAGACGAGTTCTGGGCATCACCTCGGGCATCCATGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108221 TGGGAGTA...CAGGAGACGAGTTCTGGGCATCACCTCGGGCATCCATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGGGCTCCCTGCGCTGGGAGCTGGCCCTGTGCCTCCTGCTCGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109240 CCTGGGCTCCCTGCGCTGGGAGCTGGCCCTGTGCCTCCTGCTCGCCTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCATCTGCTATTTCTGCATCTGGAAGGGGGTCAAGTCCACAGGCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109290 TCATCTGCTATTTCTGCATCTGGAAGGGGGTCAAGTCCACAGGCAAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712       GTGGTTTATTTCACAGCCACGTTTCCGTACCTGATGCTTGTCAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109340 ...CAGGTGGTTTATTTCACAGCCACGTTTCCGTACCTGATGCTTGTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTTGCTGATCAGAGGTGTCACCCTTCCCGGAGCCTACCAGGGCATCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111100 TTTGCTGATCAGAGGTGTCACCCTTCCCGGAGCCTACCAGGGCATCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACTACTTGAAGCCAGATTTGTTCCGCCTCAAGGACCCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 111150 ACTACTTGAAGCCAGATTTGTTCCGCCTCAAGGACCCTCAGGTA...TAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGTGGATGGATGCGGGCACCCAGATCTTCTTCTCCTTTGCCATCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111984 GTGTGGATGGATGCGGGCACCCAGATCTTCTTCTCCTTTGCCATCTGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGGTGCCTGACAGCCCTGGGCAGCTACAACAAGTATCACAACAACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112034 GGGGTGCCTGACAGCCCTGGGCAGCTACAACAAGTATCACAACAACTGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAA         GGACTGCATCGCCCTCTGCTTCCTGAACAGTGCCACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112084 ACAAGTG...CAGGGACTGCATCGCCCTCTGCTTCCTGAACAGTGCCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCTTTGTGGCTGGGTTTGTTGTCTTCTCCATCCTGGGCTTCATGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112523 AGCTTTGTGGCTGGGTTTGTTGTCTTCTCCATCCTGGGCTTCATGTCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGCAAGGGGTGCCCATTTCTGAAGTGGCCGAGTCAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112573 AGAGCAAGGGGTGCCCATTTCTGAAGTGGCCGAGTCAGGTA...CAGGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGGGCTGGCCTTCATCGCCTTCCCCAAGGCTGTGACTATGATGCCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113108 CTGGGCTGGCCTTCATCGCCTTCCCCAAGGCTGTGACTATGATGCCCTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCCAGCTGTGGTCCTGCCTGTTCTTTATCATGCTCATATTCCTAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113158 TCCCAGCTGTGGTCCTGCCTGTTCTTTATCATGCTCATATTCCTAGGGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGACAGCCAG         TTTGTCTGTGTGGAGTGCCTGGTGACAGCCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 113208 GGACAGCCAGGTA...CAGTTTGTCTGTGTGGAGTGCCTGGTGACAGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCATAGACATGTTCCCCAGGCAGCTCCGGAAGAGCGGGCGGCGCGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113757 CCATAGACATGTTCCCCAGGCAGCTCCGGAAGAGCGGGCGGCGCGAGCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTCATCCTCACCATCGCCGTCATGTGCTACCTGATAGGGCTTTTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113807 CTCATCCTCACCATCGCCGTCATGTGCTACCTGATAGGGCTTTTCCTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CACCGAG         GGCGGGATGTACATCTTCCAGCTGTTTGACTACT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113857 CACCGAGGTG...CAGGGCGGGATGTACATCTTCCAGCTGTTTGACTACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGCTTCCAGTGGCATATGCCTGCTGTTCCTGTCATTGTTTGAAGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114694 ATGCTTCCAGTGGCATATGCCTGCTGTTCCTGTCATTGTTTGAAGTGGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TGCATAAGCTGGGTGTATG         GGGCGGACCGTTTCTATGACAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114744 TGCATAAGCTGGGTGTATGGTG...CAGGGGCGGACCGTTTCTATGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CATTGAGGACATGATTGGCTACCGGCCATGGCCCCTGGTGAAGATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116632 CATTGAGGACATGATTGGCTACCGGCCATGGCCCCTGGTGAAGATCTCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GGCTCTTCCTGACCCCTGGACTTTGCCTG         GCCACTTTCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116682 GGCTCTTCCTGACCCCTGGACTTTGCCTGGTA...CAGGCCACTTTCCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCTCCTTGAGCAAGTACACCCCCCTCAAGTACAACAACGTCTATGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117351 TTCTCCTTGAGCAAGTACACCCCCCTCAAGTACAACAACGTCTATGTGTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CCCGCCCTGGGGATACTCCATTGGCTGGTTCCTGGCTCTGTCCTCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117401 CCCGCCCTGGGGATACTCCATTGGCTGGTTCCTGGCTCTGTCCTCCATGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TCTGTGTCCCACTCTTCGTCGTCATCACCCTCCTGAAGACTCGGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117451 TCTGTGTCCCACTCTTCGTCGTCATCACCCTCCTGAAGACTCGGGGTCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 TTCAGGAAG         CGTCTGCGTCAGCTCATCACCCCTGACTCCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 117501 TTCAGGAAGGTA...CAGCGTCTGCGTCAGCTCATCACCCCTGACTCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TCTGCCACAGCCCAAGCAACATCCCTGCTTGGATGGCAGTGCTGGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118808 TCTGCCACAGCCCAAGCAACATCCCTGCTTGGATGGCAGTGCTGGCCGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACTTTGGGCCCTCCCCAACAAGGGAAGGACTGATAGCCGGGGAGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118858 ACTTTGGGCCCTCCCCAACAAGGGAAGGACTGATAGCCGGGGAGAAGGAG

   1950     .
   1834 ACCCATTTG
        |||||||||
 118908 ACCCATTTG