seq1 = pF1KE6465.tfa, 1617 bp
seq2 = pF1KE6465/gi568815586f_100257392.tfa (gi568815586f:100257392_100520156), 262765 bp

>pF1KE6465 1617
>gi568815586f:100257392_100520156 (Chr12)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-354  (123310-123562)   100% ->
355-473  (133610-133728)   100% ->
474-588  (135978-136092)   100% ->
589-676  (138939-139026)   100% ->
677-763  (144386-144472)   100% ->
764-903  (144949-145088)   100% ->
904-1036  (146647-146779)   100% ->
1037-1147  (155379-155489)   100% ->
1148-1275  (160638-160765)   100% ->
1276-1617  (162424-162765)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTTTTAAAGCATTTGATACCTTCAAAGAAAAAATTCTGAAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTTTTAAAGCATTTGATACCTTCAAAGAAAAAATTCTGAAACCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAAGGAGTGAAGAACGCCGTGGGAGATTCTTTGGGAATTTTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAAGGAGTGAAGAACGCCGTGGGAGATTCTTTGGGAATTTTACAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         AAAAATCGATGGGACAACTGAGGAAGAAGATAACATTGAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...TAGAAAAATCGATGGGACAACTGAGGAAGAAGATAACATTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGAATGAAGAAGGAAGGCCGGTGCAGACGTCCAGGCCAAGCCCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123350 CTGAATGAAGAAGGAAGGCCGGTGCAGACGTCCAGGCCAAGCCCCCCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCGACTGCCACTGCTGCGGCCTCCCCAAGCGTTACATCATTGCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123400 CTGCGACTGCCACTGCTGCGGCCTCCCCAAGCGTTACATCATTGCTATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAGTGGGCTGGGATTCTGCATTTCCTTTGGGATCCGGTGCAATCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123450 TGAGTGGGCTGGGATTCTGCATTTCCTTTGGGATCCGGTGCAATCTTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTTGCCATTGTGGAAATGGTCAACAATAGCACCGTATATGTTGATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123500 GTTGCCATTGTGGAAATGGTCAACAATAGCACCGTATATGTTGATGGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCGGAAATTCAG         ACAGCACAGTTTAACTGGGATCCAGAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123550 ACCGGAAATTCAGGTT...CAGACAGCACAGTTTAACTGGGATCCAGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGTGGGCCTTATCCATGGATCTTTTTTCTGGGGCTATATTATGACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133638 CAGTGGGCCTTATCCATGGATCTTTTTTCTGGGGCTATATTATGACACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTCCAGGTGGTTTCATTTCAAACAAGTTTGCTGCTAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 133688 ATTCCAGGTGGTTTCATTTCAAACAAGTTTGCTGCTAACAGGTA...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTCTTTGGAGCTGCCATCTTCTTAACATCGACTCTGAACATGTTTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135978 GGTCTTTGGAGCTGCCATCTTCTTAACATCGACTCTGAACATGTTTATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTCTGCAGCCAGAGTGCATTACGGATGCGTCATGTGTGTCAGAATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136028 CCTCTGCAGCCAGAGTGCATTACGGATGCGTCATGTGTGTCAGAATTCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAAGGTTTAGTGGAG         GGTGTGACCTACCCAGCCTGCCATGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 136078 CAAGGTTTAGTGGAGGTA...CAGGGTGTGACCTACCCAGCCTGCCATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATGTGGAGTAAGTGGGCACCACCTTTGGAGAGAAGCCGACTGGCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138965 GATGTGGAGTAAGTGGGCACCACCTTTGGAGAGAAGCCGACTGGCCACAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCTCTTTTTGTG         GTTCCTATGCAGGGGCAGTGGTTGCCATG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 139015 CCTCTTTTTGTGGTG...CAGGTTCCTATGCAGGGGCAGTGGTTGCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCCTGGCTGGGGTGTTGGTGCAGTACATTGGATGGTCCTCTGTCTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144415 CCCCTGGCTGGGGTGTTGGTGCAGTACATTGGATGGTCCTCTGTCTTTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATTTATG         GCATGTTTGGGATTATTTGGTACATGTTTTGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 144465 TATTTATGGTG...CAGGCATGTTTGGGATTATTTGGTACATGTTTTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGTTGCAGGCCTATGAGTGCCCAGCAGCTCATCCAACAATATCCAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144982 TGTTGCAGGCCTATGAGTGCCCAGCAGCTCATCCAACAATATCCAATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAAGACCTATATAGAGACAAGCATAGGAGAGGGGGCCAACGTGGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145032 GAGAAGACCTATATAGAGACAAGCATAGGAGAGGGGGCCAACGTGGTTAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCTAAGT         GTGGGTCTCTTGTCAGCAGTCCCACACATGGTTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145082 TCTAAGTGTA...CAGGTGGGTCTCTTGTCAGCAGTCCCACACATGGTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGACAATCGTTGTACCTATTGGAGGACAATTGGCTGATTATTTAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146681 TGACAATCGTTGTACCTATTGGAGGACAATTGGCTGATTATTTAAGAAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGACAAATTTTAACCACAACTGCTGTCAGAAAAATCATGAACTGTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 146731 AGACAAATTTTAACCACAACTGCTGTCAGAAAAATCATGAACTGTGGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1037         GTTTTGGCATGGAGGCAACCTTACTCCTGGTGGTTGGCTTTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146781 TA...CAGGTTTTGGCATGGAGGCAACCTTACTCCTGGTGGTTGGCTTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGCATACCAAAGGGGTGGCTATCTCCTTTCTGGTACTTGCTGTAGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155421 CGCATACCAAAGGGGTGGCTATCTCCTTTCTGGTACTTGCTGTAGGATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGTGGCTTCGCTATTTCAG         GTTTTAATGTCAACCACCTGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 155471 AGTGGCTTCGCTATTTCAGGTA...TAGGTTTTAATGTCAACCACCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CATTGCCCCACGCTATGCCAGCATTCTCATGGGGATCTCAAACGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160660 CATTGCCCCACGCTATGCCAGCATTCTCATGGGGATCTCAAACGGAGTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GAACCCTCTCTGGAATGGTCTGTCCCCTCATTGTCGGTGCAATGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160710 GAACCCTCTCTGGAATGGTCTGTCCCCTCATTGTCGGTGCAATGACCAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CACAAG         ACCCGTGAAGAATGGCAGAATGTGTTCCTCATAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160760 CACAAGGTA...TAGACCCGTGAAGAATGGCAGAATGTGTTCCTCATAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGCCCTGGTGCATTACAGTGGTGTGATCTTCTATGGGGTCTTTGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162459 TGCCCTGGTGCATTACAGTGGTGTGATCTTCTATGGGGTCTTTGCTTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GGGAGAAACAGGAGTGGGCTGACCCAGAGAATCTCTCTGAGGAGAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162509 GGGAGAAACAGGAGTGGGCTGACCCAGAGAATCTCTCTGAGGAGAAATGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGAATCATTGACCAGGACGAATTAGCTGAGGAGATAGAACTCAACCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162559 GGAATCATTGACCAGGACGAATTAGCTGAGGAGATAGAACTCAACCATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GAGTTTTGCGAGTCCCAAAAAGAAGATGTCTTATGGAGCCACCTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162609 GAGTTTTGCGAGTCCCAAAAAGAAGATGTCTTATGGAGCCACCTCCCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ATTGTGAAGTCCAGAAGAAGGAATGGAAAGGACAGAGAGGAGCGACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162659 ATTGTGAAGTCCAGAAGAAGGAATGGAAAGGACAGAGAGGAGCGACCCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GATGAGGAAGAGCTGACATCCTACCAGAATGAAGAGAGAAACTTCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162709 GATGAGGAAGAGCTGACATCCTACCAGAATGAAGAGAGAAACTTCTCAAC

   1700     .
   1611 TATATCC
        |||||||
 162759 TATATCC